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1、 Pajek 分析和可视化大型网络的程序分析和可视化大型网络的程序 参考手册参考手册 List of commands with short explanation version 1.16 Vladimir Batagelj and Andrej Mrvar 翻译：先红、一生有我、傻大师、沧海回眸、AndyChang、comp network、遥遥、大头、三 叶草 整理：饭团 Ljubljana, October 4, 2006 1996, 2006 V. Batagelj, A. Mrvar. Free for noncommercial use. PdfLaTex version Oct
2、ober 1, 2003 Vladimir Batagelj Department of Mathematics, FMF University of Ljubljana, Slovenia http:/vlado.fmf.uni-lj.si/ vladimir.batageljfmf.uni-lj.si Andrej Mrvar Faculty of Social Sciences University of Ljubljana, Slovenia http:/mrvar.fdv.uni-lj.si/ andrej.mrvarfdv.uni-lj.si 目目 录录 1.Pajek介绍.1 2
3、.数据对象3 3 主窗口工具栏.7 3.1 File（文件） 7 3.2 Net（网络）.11 3.3 Nets(网).26 3.4 Operation（操作）.28 3.5 Partition（分类）.34 3.6 Partitions（分类） .35 3.7 Vector（向量） 35 3.8 Vectors（向量）.36 3.9 Permutation（排序）.37 3.10 Cluster（类）.37 3.11 Hierarchy（层次）.37 3.12 Options（选项）38 3.13 Info(信息) .40 3.14 Tools(工具).40 4 绘图窗口工具.42 4.1
4、主窗口绘图工具42 4.2 Layout（布局） .42 4.3 Layers（图层）43 4.4 GraphOnly（仅图形）.44 4.5 Previous（退回到前一次操作）.44 4.6 Redraw（重绘）44 4.7 Next（下一步）.44 4.8 Options（选项）45 4.9 Export (导出)47 4.10 Spin（旋转） .49 4.11 Move（移动）49 4.12 Info (信息) 49 5 Exports to EPS/SVG/VRML50 5.1 Defaults (默认值)50 5.2 Parameters in EPS,SVG and VRML
5、Defaults Window（在EPS/SVG/VRML默认窗口中 的参数）.50 5.3 Exporting Pictures to EPS/SVG 在输入文件中定义参数.52 6 在Pajek中使用Macros（宏）57 6.1 什么是Macro（宏）？.57 6.2 怎样标明一段宏？57 6.3 如何运行宏？57 6.4 例子57 6.5 重复最后的命令57 附加信息.59 Pajek Manual 1 1 Pajek 1.16 / October 4, 2006 1.Pajek介绍介绍 Pajek 运行在 Windows 环境，用于带上千及至数百万个结点大型网络的分析和可视化 操作。
6、在斯洛文尼亚语中 Pajek 是蜘蛛的意思。最新 Pajek 版本通过以下途径获取，但限于 非商业用途： http:/vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ 我们于1996年11月应用Delphi(Pascal)语言， 开始开发Pajek， 其中的一些程序由Matjaz Zaversnik 提供。 当看到现有的几种大型网络已有机器可读格式时， 我们萌发了开发 Pajek 的动机。 Pajek 向以下网络提供分析和可视化操作工具： 合著网、 化学有机分子、 蛋白质受体交互网、 家谱、 因特网、引文网、传播网（AIDS，新闻，创新） 、数据挖掘（2-mode
7、 网）等。大型网络集 在这里也可找到： http:/vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/ 对 Pajek 的设计工作，得益于我们先前的开发经历：包括开发 gragh 数据结构，以及 Gragh 和 X-graph 的算法库，集成 Stran, RelCalc, Draw, Energ，以及基于 SGML 的图形描述 语言 NetML 等的经历。 http:/vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/default.htm 图 1：Pajek / 蜘蛛 Pajek Manual 2 2 Pajek 1.16 / October 4,
8、 2006 图 2：处理大型网络的途径 设计 Pajek 的主要目的： ? 支持将大型网络分解成几个较小的网络，以便使用更历久的方法进一步处理； ? 向作用者提供一些强大的可视化操作工具； ? 执行分析大型网络有效算法（subquadratic） 。 通过 Pajek 可完成以下工作：在一个网络中搜索类（组成，重要结点的邻居，核等） ； 析取属于同一类的结点，并分别地显示出来，或者反映出结点的连接关系（更具体的局域视 角） ；在类内收缩结点，并显示类之间的关系（全局视角） 。 除普通网络（有向、无向、混合网络）外，Pajek 还支持多关系网络，2-mode 网络（二 分（二值）图网络由两类异质
9、结点构成） ，以及暂时性网络（动态图网络随时间演化） 。 Pajek Manual 3 3 Pajek 1.16 / October 4, 2006 图 3：Pajek 教材 此手册简单地解释了运行于最新版本 Pajek 上的所有程序。我们建议初学者阅读以下 Pajek 教材： de Nooy W., Mrvar A., Batagelj V. (2002) Exploratory Social Network Analysis With Pajek. Structural Analysis in the Social Sciences 27, Cambridge University Pre
10、ss, 2005. 希望对使用 Pajek 进行网络分析有一个概览，请阅读 NICTA 工作室的幻灯片： Batagelj V.: Workshop on Network Analysis, Sydney, Australia: 14th to 17th June 2005; at Nicta (National ICT Australia). http:/vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/doc/#NICTA 2.数据对象数据对象 Pajek 是专门用来分析大型网络（含有成百上千个结点）的专用程序。包含如下六 种参数： Pajek Manual 4 4 Paj
11、ek 1.16 / October 4, 2006 图 4：Pajek 主窗口 1. Networks（网络）主要对象（结点和边） 。默认扩展名为： .net。在输入文件中， 网络有多种表现方法： 利用弧线/边（如：1 2从 1 到 2 的连线） 利用弧线列表/边序列（如：1 2 3从 1 到 2 的连线和从 1 到 3 的连线） 矩阵格式 UCINET，GEDCOM，化学式 关于网络绘制的更详细的信息包含在输入文件中，在Exports to EPS/SVG/VRML章 节中对此有相关介绍。 2. Partitions（分类）它指明了每个结点分别属于哪个类，默认扩展名为:.clu.clu。 3
12、. Permutations（排序）将结点重新排列，默认扩展名：.per.per。 4. Clusters（类）结点的子集（如：来自分类中的一个类） 。默认扩展名：.cls.cls。 5. Hierarchies（层次）按层次关系排列的结点，例： 根结点 Root 下面有两个子群g1 和 g2。g2 是一个叶结点，包含 v5、v6、v7 三个 结点。g1 又包含两个子群-g11 和 g12.默认扩展名：.hie。 6. Vectors（向量）指明每个结点具有的数字属性（实数） 。默认扩展名：.vec。 双击所选的网络、分类就可以在屏幕上显示这个对象。 pajek 主窗口中的程序(见图 4)是根
13、据输入时的数据类型来组织编排的。 排序、分类和向量用于分别从不同角度反映结点的性质，例如结点组织顺序、类别 和数字特性。 Pajek Manual 5 5 Pajek 1.16 / October 4, 2006 Pajek Manual 6 6 Pajek 1.16 / October 4, 2006 Pajek Manual 7 7 Pajek 1.16 / October 4, 2006 3 主窗口工具栏主窗口工具栏 3.1 File（文件）（文件） 六种数据对象的输入/输出操作： ? 网络网络 networkN Read（读）从 Ascii 文件中读取网络。 Edit（编辑网络）选择结
14、点，显示其邻居，然后： * 添加新边到选定结点（在新边上双击鼠标左键） * 删除边（双击左键） * 更改边的属性值（单击右键） * 通过增加不可见的新结点将边细分为两条相互垂直的边（单击鼠标中键） Save 保存网络为 Ascii 文件 Export Matrix to EPS（将矩阵输出为 EPS）用 EPS 格式生成矩阵 * Original（普通）利用默认的计数方法（适合 1-Mode 和 2-Mode 网络） * Using Permutation（排序）利用当前排序。通过绘制附加线来区分选中的分类 中不同的类。 此选项适合于 1-Mode 和 2-Mode 网络。 如果在 2-Mod
15、e 网络中绘制附 加线， 则需要首先定义从属分类和以包含的类作为第二个分区的分区 （在分类菜单 中） 。 * Using Partition（分类）利用当前的分类。在记录窗口中列出了不同的类中边 的数目和密度（以及所选的两个类中的结点） 。另外，当密度用阴影图表示时，矩 阵被输出到 EPS。 1.Structural（结构化）根据类间最大可能的连边数目来定义密度（适合于 密度网络图） 2.Delta（三角化）根据拥有最大的输入和输出邻居结点数来定义密度（适合 于稀疏网络） 。 * only black borders（只有黑色边框）如果被检测到，则矩阵中的所有方阵都将 有黑色边框，否则，黑色边框将会变成白的，明亮的边框会变成黑色的。 Change Label 修改选定网络的标签。 dispose 从内存中删除所选的网络。 表 1：时间事件列表 事件事件 注释注释 TI t 原始事件后续事件从时间点 t 开始发生 TE t 终止事件当时间点 t 结束
