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3、分子动力学,性质计算,打印力场参数,MM2分子动力学模块,Chem3D详解,计算模块,力场参数,M2 Constant Value Quality Cubic stretch constant-2.000 4 Quartic stretch constant2.333 4 X-B,C,N,O-Y Stretch-Bend interaction force constant0.120 4 X-B,C,N,O-H Stretch-Bend interaction force constant0.090 4 Sextic bending constant (* 10*8)7.000 4 Cutof
4、f distance for charge/charge interactions35.000 4 Cutoff distance for charge/dipole interactions25.000 4 Cutoff distance for dipole/dipole interactions18.000 4 Cutoff distance for van der Waals interactions10.000 4 MM2 Atom Radius Eps Weight Reduct Lone Pairs Quality 5 1.500 0.047 1.008 0.915 0 4 2
5、1.940 0.044 12.000 0.000 0 4 Bond KS Bond Length Dipole Quality 2-5 4.600 1.100 0.000 4 2-2 9.600 1.337 0.000 4 Angle KB XR2 XRH XH2 Quality 2-2-5 0.360 120.0 120.5 0.0 4 2-2-2 0.430 120.0 0.0 0.0 4 Atoms Force Constant Quality 2-2 0.050 4 2-5 0.050 4 Torsional V1 V2 V3 Quality 5-2-2-5 0.000 15.000
6、0.000 4 2-2-2-5 0.000 9.000 -1.060 4 2-2-2-2 -0.930 8.000 0.000 4 PiAtom Electron Ionization Repulsion Quality 2 1 -11.160 11.134 4 PiBond DForce DLength Quality 2-2 4.600 0.166 4,3, 4次键伸缩常数,键伸缩-弯曲作用参数,截断距离,LJ非键参数,键伸缩参数,键弯曲(角)参数,键扭转参数,键(共轭)修正参数,MM2分子动力学模块,Chem3D详解,计算模块,优化构型(能量极小化),收敛要求: 最小均方根梯度(力),输
7、出结果,能量分解 总能量,MM2分子动力学模块,Chem3D详解,计算模块,分子动力学模拟,步长,结构输出间隔,轨迹步数,升温速率,目标温度,参数一览,MM2分子动力学模块,Chem3D详解,计算模块,分子动力学模拟,暂停/开始,停止,MM2分子动力学模块,Chem3D详解,计算模块,分子动力学模拟,输出结果,时间(10-15秒),总能,势能,温度,MM2分子动力学模块,Chem3D详解,计算模块,分子动力学模拟,输出结果,分子平动能 = 0,分子转动能 = 0,非平衡,平衡态,MM2分子动力学模块,Chem3D详解,计算模块,分子动力学模拟,输出结果,总能守恒!,温度控制!,MM2分子动力学
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9、猜测方法,分子对称性点群,内存要求,Chem3D详解,计算模块,GAMESS,性质,偶极,电子密度,静电势,Lowdin电荷和布居分析,分子面,Mulliken电荷和布居分析,电子势能,电子总能量,电子动能,Chem3D详解,计算模块,GAMESS,计算方法,激发态,密度泛函理论,从头算理论,基态,Chem3D详解,计算模块,GAMESS,等电子密度面(0.001),HF/STO-3G IR光谱,苯,甲醇,NMR光谱,Mopac计算界面,Chem3D详解,计算模块,优化平衡构型,优化过渡态,分子性质,IR光谱,Mopac计算界面,Chem3D详解,计算模块,作业类型,方法,波函数,优化方法,溶
10、剂模型,限制性优化,收敛要求,坐标,Mopac计算界面,Chem3D详解,计算模块,电荷,偶极,静电势,生成焓,超精细耦合常数,电离能,极化率,电荷,溶剂介电常数,Chem3D详解,分子面模块,分子面,探测半径,显示模式,颜色模式,分辨率,选择分子轨道,等值面值,溶剂面,总电子密度面,总自旋密度面,静电势面,分子轨道,清除所有面,Chem3D详解,分子面模块,SA面,总电子密度面 isoval=0.01,总电子密度面 /静电势 isoval=0.01,静电势isoval=1,Connolly面,HOMO轨道,LUMO轨道,甲醇,Chem3D详解,工具栏,新分子,打开,保存,拷贝,剪切,粘贴,恢
11、复,重复,打印,模型,背景,特效,红蓝,镜像,坐标,原子符号,原子编号,残基,全屏,电影播放,选择,平移,旋转,缩放,移动选中,键型,清除,饱和,调整,字符输入,擦写,分子面,探测半径,显示,配色,分辨率,分子轨道,等值,状态,优化,旋转,停止,Chem3D详解,文件格式,晶体结构文件,Gaussian输入输出文件,cif文件,pdb文件(蛋白质),Chem3D详解,晶体结构文件,有机分子晶体: CCDC数据库, http:/www.ccdc.cam.ac.uk,草酸晶体,Pbca空间群 (61),OXALAC06.dat,Chem3D详解,晶体结构文件,无机晶体: ICSD, AMCSD,A
12、merican Mineralogist Crystal Structural Database,http:/rruff.geo.arizona. edu/AMS/amcsd.php,不能正确处理周期性的体系!,Chem3D详解,生物大分子,pdb文件(蛋白质),RSCB PDB蛋白质晶体结构数据库,http:/www.rscb.org/pdb/home/home.do,1AAQ,Chem3D详解,振动模式,用JMOL显示GAMESS的频率分析输出文件,需要把Gamess输出文件修改一下才能用Jmol5.0正确读出!,将这些含 “REDUCED MASSES” 的行全部删除! 然后保存退出,此处只留一个空行!,Chem3D详解,振动模式,用JMOL显示GAMESS的频率分析输出文件,旋转分子,缩放,平移,选择,测量,轨迹/频率,Chem3D详解,振动模式,用JMOL显示GAMESS的频率分析输出文件,打开修改后的GAMESS输出文件*.out,打开“extras” “vibrate .”,Chem3D详解,振动模式,用JMOL显示GAMESS的频率分析输出文件,选择频率,观察,“绕CO键的内转动”,
