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1、Tripos/源资第四届分子模拟和药物设计软件源资第四届分子模拟和药物设计软件 SYBYL 培训班培训班 全新药物设计软件全新药物设计软件-MUSE 发布会邀请函发布会邀请函 培训主题：药效团模建及数据库搜索和管理培训主题：药效团模建及数据库搜索和管理 MUSE-2009 年年 3 月月 5 日，正式发布！日，正式发布！ Tripos 公司新平台 Pantheon 下的第一个产品。 “Pantheon”在希腊语中， 意思是“万神殿”， 是供奉宇宙主要神祗的宫殿。在万神殿中，你会见到神奇的远古众神，传说受到众神祝福的 人，将会得到无限的智慧和力量，被授予永远的财富。Tripos 公司即将推出 C
2、ADD 领域的 “Pantheon”，它集多年的科研实力与最新技术于一体，在药物设计和分子模拟领域打造一 个全新的“万神殿”。在“Pantheon”平台上，会陆续引入各种药物设计方法，2009 年 1 月，“万 神殿”里第一位向我们走来是 MUSE（缪斯）女神，她通常是一篇史诗或故事开启的象征。 MUSE 是为加快先导候选药物识别与优化而设计的一个成熟的全新药物设计工作流程。 利用 MUSE，CADD 科研工作者以及药物化学工作者可以进行满足特定设计指标的全新结 构、骨架、或侧链的识别。适用于先导化合物的替换、骨架替换或在固定母核周围产生新的 R-基团，生成满足多重设计指标的新颖类药化合物。采
3、用此产品，必将会在重大新药创制中 助您一臂之力！详细内容敬请关注我们的新品发布会。 SYBYL Tripos 公司（The New Tripos International）的旗舰产品 SYBYL 一直是全球制药及化学 工业所依赖的最先进的分子模拟和计算机辅助药物研发工具，持续的产品更新及功能增强， 使产品功能适用于整个药物研发阶段， 并逐渐渗入到生命科学， 环境科学， 化学化工等领域。 继Tripos/源资分子模拟和药物设计软件SYBYL2008 年成功举办三届培训班后（详情请 参见http:/www.tri- ， 应广大学员及相关领域专家的呼吁， Tripos/源资将在南 京举办第四届培训
4、班。如果您也有这方面需求，欢迎与我们合办后期的培训。 1 培训内容培训内容 本届培训将集中讲授 SYBYL 中药效团建模及数据库搜索和管理， 它们是计算机辅助药 物设计领域中非常实用的方法。综合使用这些方法，可以进行快速准确的虚拟筛选、生物活 性预测、化学结构信息检索等工作。本次培训涉及的模块包括： ? SYBYL 基础模块基础模块：SYBYL Base，MSS，Concord Sketch ? 药效团建模药效团建模：GALAHAD 与 GASP ? 数据库与化学信息管理数据库与化学信息管理：UNITY Base 与 UNITY 3D ? 全新药物设计全新药物设计：MUSE 在 SYBYL 中
5、提供了多种的药效团识别方式：GASP，GALAHAD。其中 GASP 识别的 是公共药效团。 根据经典的药效团理论， 结合于同一受体的分子其活性具有差别是因为它们 与受体的相互作用药效特征数量不一样导致，在 GALAHAD 中就可以允许出现部分匹配。 药效团建模与数据库搜索是分不开的，SYBYL 平台中 UNITY 与药效团建模方法紧密结合， 能完成基于药效团模型的虚拟筛选及精细的后处理工作。 UNITY 作为化学数据库搜索、分析、管理系统，能完成从简单到复杂的数据库搜索， 包括二维子结构搜索、三维数据库搜索、相似性搜索、基于药效团的搜索等。三维数据库搜 索方法有效地加速先导物的发现，柔性构象
6、的三维搜索可以快速发现满足提问结构的分子。 这些提问结构可以是基于分子、分子片段、药效团模型或受体位点。 此次培训，将从原理到应用讲解以上模块，并提供高性能电脑供学员上机实习；现场会 有专业技术人员为您的课题提供技术解答。 考虑到学员对SYBYL软件的熟悉程度有所差异， 培训期间，首日将进行 SYBYL 与 Linux 系统基础训练，以帮助初次接触 SYBYL 的学员尽 快入门；培训的后两天将讲授并实习进阶内容。本次培训提供两种学习方案： A. 参加全部三天培训，适合初次接触 SYBYL 的用户 B. 参加后两天培训，适合有一定 SYBYL 使用经验的用户 课程目标课程目标 SYBYL 基础模
7、块：SYBYL Base，MSS，Concord Sketch ? 鼠标与图形窗口操作 ? 分子表面渲染及性质计算（MOLCAD） ? 分子表格数据输入与导出，各种数据存储格式的转化（MSS） 药效团建模：GALAHAD 与 GASP ? 给定一个数据集，产生并检查药效团模型 ? 识别得分优势的模型 ? 将化合物叠合到药效团模型上，并检视叠合结果 ? 修饰药效团建模产生的药效团模型的药效特征及其约束 ? 进行数据库搜寻并评价富集因子 2 基于药效团的 3D-QSAR 研究：CoMFA，CoMSIA ? 基于药效团进行分子叠合 ? 采用基于药效团的分子叠合模型进行 CoMFA，CoMSIA 研究
8、 数据库与化学信息管理：UNITY Base 与 UNITY 3D ? 将SD格式的文件转换为SLN格式文件，及UNITY数据库 ? 学会柔性搜索，最后将命中分子导入分子表格中浏览 ? 在柔性搜索中使用扩展的搜索选项，包括“per search”和“per database”选项 ? 借助配体原子、供体、受体及疏水特征，撰写基于配体的3D搜索条件 ? 从受体-配体复合物出发，撰写3D查询条件。查询条件中的特征根据配体和受体原 子的位置确定 ? 建立Markush原子类型来搜索特定的原子 ? 使用部分匹配约束，实现查询条件的可变性 ? 基于受体的特征设置提问条件，搜索适合的配体分子 日程安排日程
9、安排 日期日期 时间时间 主讲人主讲人 内容内容 08:00 8:30 登记注册（方案 A 学员） 08:30 10:30 特邀嘉宾：陈敏伯教授特邀嘉宾：陈敏伯教授 药物设计中的统计数学方法（上）药物设计中的统计数学方法（上） 10:30 12:00 Tripos 中国区高级技术支 持：肖高铿先生 Linux 基础与 SYBYL 8.1 基本操作实 习（电脑操作） 13:3015:00 特邀嘉宾：陈敏伯教授特邀嘉宾：陈敏伯教授 药物设计中的统计数学方法（下）药物设计中的统计数学方法（下） 第一天第一天 （2009-3-4） 15:00-17:30 Tripos 中国区高级技术支 持：肖高铿先生
10、 SYBYL 8.1 基础模块与新特性操作练 习（电脑操作） 08:00 8:30 登记注册（方案 B 学员） 08:30 9:30 Tripos Senior Application Scientist: Dr. Gunther Stahl 全新药物设计软件- MUSE 发布会 09:30 12:00 Tripos 中国区高级技术支 持：肖高铿先生 GASP、GALAHAD 原理与应用 第二天第二天 （2009-3-5） 13:30 17:00 Tripos 中国区高级技术支 持：肖高铿先生 GASP、GALAHAD 实战（电脑操作） 08:30 12:00 Tripos Senior Ap
11、plication Scientist: Dr. Gunther Stahl UNITY 原理与应用第三天第三天 （2009-3-6） 13:30 17:00 Tripos Senior Application Scientist: Dr. Gunther Stahl UNITY 实战（电脑操作） 3 如何报名如何报名 如果您计划参加，请填好回执发给如下的 EMAIL 地址或通过电话与我们联系： TEL: 86-21-32504385 联系人: 陶小姐 EMAIL: Rebecca_taotri- FAX: 86-21-32504351 网址: www.tri- 价格及相关事项价格及相关事项
12、为了达到最佳培训效果，采取小班授课的方式，限额 30 人。Tripos/源资提供设备与场地， 收费标准 1000 元/人/天。企业用户享受 8 折优惠，即 800 元/人/天；学术用户享受 6 折优惠， 即 600 元/人/天；SYBYL 老客户享受 4 折优惠，即 400 元/人/天（每个课题组限额一人次优 惠），请于 2009 年 2 月 25 日之前完成汇款。 户名：源资信息科技（上海）有限公司 账号：1001242709300376015 开户行：工行虹桥开发区支行 源资信息科技（上海）有限公司源资信息科技（上海）有限公司 源资信息科技（上海）有限公司（Tri-I Biotech Sh
13、anghai Inc.）是上海交通大学产学合作的白 猫科技园区内之高新技术企业， 以提供客户从基因到蛋白质甚至到药物设计服务为宗旨之公 司，所代理的软件涵盖生命科学、化学科学、基因医学、蛋白质医学等，使客户能有连贯整 合的咨询及解决方案。 源资记事源资记事 ? 2008 年 5 月公司成立； ? 2008 年 6 月，成为美国 Tripos 公司在中国唯一的商业合作伙伴, 并将与 Tripos 一起在 上海成立亚洲的技术服务中心； ? 2008 年 7 月，成为美国 GeneGo 公司在中国唯一的商业合作伙伴； ? 2008 年 8 月，成为 CLC Bio 公司在中国唯一的商业合作伙伴； ?
14、 2008 年 8 月，成为 Sequencher 中国代理； ? 2008 年 9 月，应邀出席并赞助“理论与计算化学国际会议” ，TACC2008； ? 2008 年 10 月，成为 ACD/Llabs 中国唯一商业合作伙伴； ? 2008 年 12 月，成为 Gaussian 中国唯一商业合作伙伴； 专业培训专业培训 ? 2008 年 7 月，成功举办第一届 Tripos/源资分子模拟与药物设计软件 SYBYL 培训班； ? 2008 年 9 月，成功举办第二届 Tripos/源资分子模拟与药物设计软件 SYBYL 培训班； ? 2008 年 11 月，成功举办第三届 Tripos/源资分子模拟与药物设计软件 SYBYL 培训班； ? 2009 年 3 月，即将举办第四届 Tripos/源资分子模拟与药物设计软件 SYBYL 培训班。 4
