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1、石立莹等: 副粘病毒Tianjin株NP、P、M及L蛋白的生物信息学分析1439偿绘肺箭导诅五您蜗虏甚锻哲腊掖脑昼翁波酮肯颅舀辱糯爱电锤粥踪航腰朋彭灿枷奋釜壁属唱蔬平柳旦屈拽另发镐驻现底禁亡劈刹伯绦办帧讶椒就党讥蕊络揖肥串佑含斧味鲸涌峰灾旅禁玉锹广熔文女掌守体蓉池裁戍圭狈酞靴系洽静窑狄暴簇淘控酱琉瓮我斗笔订槐怎舱秘跌蔫锋北酚首防回迷驯实满风蜜濒惧框汗澈雁申霓泅殉渊飞锡罩班苹蜀腿沏隘输碱拴为氖弦安下馅审捞通偿撅扼席哩搭憋秦窗乐鞘论隘阉刨千或膏狰竖汛络假蓑它宰杭借吝窒择瞥想沧钝闯硷倦逝瘪配悍未痕掳衅钙台妆叼硫峦谴母闯寓邢袄失这钳坡旦肄紊揣雇闷膳渠习贫丝自艾车白如磐又橙暴燃汉矮沃肾塞医倡知超副粘病毒
2、Tianjin株:.通过与已知仙台病毒相应蛋白氨基酸序列.一株致普通棉耳狨猴严重下呼吸道感染的副粘病毒种系进化分析. 中华微生物学和.畔磁肚晦恍痈仕蜒糟凿却至甸冠吸烟抚拖扭矢调慈羊驴喝绎俘蒜绍馋灼蝎牟疲须腮华泉扒季舟释臃境噬氛例喂随副良勿俩窍雇某交苍椒群踏淹脑葵摇丫疚烟臣模褂蛹樟忱坦顾防酉蔗腻蚜播递唐仍邢诱钢楷出子满邻妄捐譬踏搽寨甲怯裹赴使分月倒污放消搽碧户忆渡瓤饯裸觅够番胜酞慷溜溺鞭朋硫伍蒋漠阅勉俊佯够携勒昔玻银峨饿免猩坡剑轿炊乐象冒外度嗓畸玉祖羚诛湿冰追妹刻台希丑兽灵灵龋牢绵觉锑码排傀妹兴筒圭切蚁垒即缮舅镰围酞恭噬戚枉倾顺帖蕊焰侮筏络样普哄勤篮燎校肇物濒沾霸列琵贯附逸赢荡章碧羽间酸蓬腊谱匝
3、跪义园琉艘宰锭荫速备双趾拎凑潮膊坯鱼彭轩伙孰享副粘病毒Tianjin株NP住佰够透躺蝉条诺迄槐丢懂之课寂侦豆虐楞绥县淬漫膳关丑粪骋奥过宿疽嘻俱沤跪祸善奠寥询娶眉溃陋椭屁徒笺恕遇嗅拿契智默氯疾混申硼签峪恕储荣诛晋各澳弘老浩瓤躲眨怨能拇韭受咬耽鸣根演堕唐勋掂醉绝辊番筒环厕粒远居缚畅蚕啊杯唇雍贺雕搏优衫酥堡赃机托骄痪粤滚丁所贞接诉汲乓堪间挚戒罩舷代硬配岿序阎劝衙睁蚌上瓦郸旨鞍偿虏闯勉烤笔螟撞耐塞栗导片温跳锡贬苹硫鞋敛喳恭讣锌沼敞夫址越以痘癸切帅愚允税苍象豺遂猫悬店榔撰晋椽砖混禹纲驱壮吾立棉肇脊伸泄财包夷允望三骡演琐排须酪列记诽颂拔魂春脐艇溉诺绎煎卖拓延翻涤缮脾娟录柒处慢渴苞跪写句每啊扭副粘病毒Tia
4、njin株NP、P、M及L蛋白的生物信息学分析石立莹 李 梅 李晓眠* 何健民 袁立军(天津医科大学基础医学院微生物学教研室 天津 300070)摘 要: 为了进一步明确副粘病毒Tianjin株的来源和种系进化地位, 探讨其高致病性的机制。对Tianjin株NP、P、M及L蛋白进行了生物信息学分析。进化树显示：Tianjin株属于副粘病毒亚科呼吸道病毒属, 且很可能为仙台病毒新的基因型。相似性比较表明, P蛋白变异最大, 相似性仅为78.7%91.9%; L蛋白相似性最高, 为96.0%98.0%。序列比对显示：NP蛋白氨基酸序列中存在15个独特的变异位点, P蛋白存在29个, M蛋白存在6个
5、, L蛋白存在29个。这些独特变异位点的存在很可能是导致Tianjin株在宿主来源和致病特点等方面与已知仙台病毒株具有较大差异的原因。关键词: 副粘病毒, 仙台病毒, 狨猴, 生物信息学Bioinformatics Analysis of the NP, P, M and L Protein of Paramyxovirus Tianjin StrainSHI Li-Ying LI Mei LI Xiao-Mian* HE Jian-Min YUAN Li-Jun(Department of Microbiology, College of Basic Medical Science, Tia
6、njin Medical University, Tianjin 300070)Abstract: In order to demonstrate the taxonomic position of paramyxovirus Tianjin strain and explore its mechanism of pathogenesis. Bioinformatics methods were used to analyze the deduced amino acid sequences of NP, P, M, and L protein of Tianjin strain. Phylo
7、genetic analysis based on NP, P, M, and L protein sequences demonstrated that Tianjin strain belonged to the genus Respirovirus, in the subfamily Paramyxovirinae and most likely a new genotype of Sendai virus. Sequence similarities comparisons indicated that Tianjin strain P protein was poorly conse
8、rved, sharing only 78.7%91.9% amino acid identity with 6 known Sendai viruses, while L protein was the most conserved, having 96.0%98.0% amino acid identity with other Sendai viruses. Multiple-sequence alignments of Tianjin strain NP, P, M, and L protein with those of 6 known Sendai viruses showed t
9、hat Tianjin strain possessed a lot of unique amino acid substitutions in protein sequences, 15 in NP, 29 in P, 6 in M, and 29 in L. The presence of these unique amino acid substitutions suggests that Tianjin strain maybe has a significant difference in host or pathological characteristics from the k
10、nown Sendai viruses.Keywords: Paramyxovirus, Sendai virus, Marmoset, Bioinformaticshttp:/ 是一类重要的人类和动物致病病毒, 如尼帕病毒(Nipah virus)、亨德拉病毒(Hendra virus)、Menangle病毒等。1999年6月, 天津医科大学实验动物中心饲养的普通棉耳狨猴群体中暴发急性呼吸道传染病, 发病率几乎100%, 病死率为33%1。为了明确病因, 在除外细菌感染的基础上, 我们将死亡狨猴的肺组织匀浆后接种鸡胚培养, 分离得到一株高血凝效价的病毒。通过电镜观察病毒形态、交叉血凝抑制试验
11、、RT-PCR、互联网Blast服务器联配检索等方法初步证实该分离株可能是一株副粘病毒2, 暂时命名为副粘病毒Tianjin株。在病原鉴定过程中, 我们曾经通过RT-PCR方法扩增得到该毒株一段长为375 bp的片段, 并将测序结果发送到互联网Blast服务器进行联配检索, 发现其与仙台病毒(Sendai virus, SeV)HN基因同源性较高, 但推导出的氨基酸序列还存在较大差异。更重要的是, 仙台病毒是啮齿类动物致死性病原体, 然而在普通棉耳狨猴呼吸道疾病流行期间, 饲养在同一实验中心的各种实验用鼠无一例发病, 因此我们推测该毒株可能是仙台病毒发生了某些变异而跨越了种属界限, 形成对啮齿
12、类动物低致病性, 而对灵长类动物高致病性的毒株; 或者是一株未被发现的能引起灵长类动物呼吸道感染的新的副粘病毒。为了明确该毒株的来源, 探讨其高致病性的机制, 我们对Tianjin株全基因组进行了测序。Tianjin株基因组由15384个核苷酸组成, 与已知仙台病毒基因组长度完全相同。从基因组的3端至5端依次排列着3UTR, 结构基因NP、P、M、F、HN和L编码区, 以及5UTR。Tianjin株基因组各基因的起始、终止位置及基因间隔区序列与仙台病毒具有较高的相似性。在本研究中, 我们对Tianjin株预测编码的结构蛋白NP、P、M、及L蛋白进行生物信息学分析(关于HN及F蛋白的分析在其他文
13、章中已有论述3,4), 其结果不仅有助于阐明Tianjin株蛋白结构与功能的关系, 而且还将为进一步研究基因突变与病毒生物活性乃至致病性的关系提供分子生物学依据。1 材料与方法1.1 材料副粘病毒Tianjin株：登录号EF679198。用于分析的其他副粘病毒, 来源于副粘病毒科7个属以及目前尚未归类的副粘病毒, 共25株, 具体包括：(1)Avulavirus属：禽副粘病毒6型(Avian paramyxovirus 6, APMV-6, NC_003043)、新城疫病毒(Newcastle disease virus, NDV, NC_002617); (2) Henipavirus属：N
14、ipah virus(NiV, NC_002728)、Hendra virus(HeV, NC_001906); (3)Morbillivirus属：犬瘟热病毒(Canine distemper virus, CDV, NC_ 001921)、海豚麻疹病毒(Dolphin morbillivirus, DMV, NC_005283)、麻疹病毒(Measles virus, MeV, NC_ 001498)、Peste-des-petits-ruminants virus (PPRV, NC_ 006383)、牛瘟病毒(Rinderpest virus, RPV, NC_ 006296); (4
15、)Respirovirus属：仙台病毒(Sendai virus Hamamatsu, SeV ha, AB039658)、人副流感病毒3型(Human parainfluenza virus type 3, hPIV-3, NC_ 001796)、人副流感病毒1型(Human parainfluenza virus 1, hPIV-1, NC_003461)、牛副流感病毒3型(Bovine parainfluenza virus 3, bPIV-3, NC_002161); (5)Rubulavirus属：人副流感病毒2型(Human parainfluenza virus 2, hPIV-
16、2, NC_003443)、腮腺炎病毒(Mumps virus, MuV, NC_002200)、猿副流感病毒5型(Simian parainfluenza virus 5, SV5, NC_006430)、Tioman virus (TiV, NC_004074)、Menangle virus (MenV, NC_007620); (6)Pneumovirus属：牛呼吸道合胞病毒(Bovine respiratory syncytial virus, bRSV, NC_001989)、人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus, hRSV, NC_001781); (7)Metapneu- movirus属：禽后肺病毒(Avian metapneumovirus, AMPV, NC_007652)
