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1、毕业设计（论文）（ 20XX届本科） 题 目： 凡纳滨对虾线粒体控制区群体遗传学分析 学 院： 水产与生命学院 专 业： 生物科学（海洋生物方向） 班 级： 姓 名： 学 号： 指导教师： 20XX年 XX 月 目录摘要 .3 ABSTRACT. 3 1绪论. 4 2 材料与方法.42.1研究样品来源及总DNA的提取.42.2 mtDNA控制区基因序列的扩增及测序.42.3 线粒体控制区序列的整理与分析.53 结果.53.1凡纳滨对虾线粒体DNA测序结果.53.2凡纳滨对虾单倍型及单倍型多样性.53.3凡纳滨对虾群体间的遗传分化与遗传距离.73.4 基于mtDNA控制区序列的凡纳滨对虾分子系统
2、树.94 讨论.104.1凡纳滨对虾种群遗传多样性.104.2凡纳滨对虾的遗传距离和遗传分化.104.3 线粒体DNA标记鉴别不同凡纳滨对虾养殖群体的可行性 .10.5.结论.11参考文献.11凡纳滨对虾的线粒体控制区群体遗传学分析摘要：本研究通过对4个凡纳滨对虾群体即G1、G2、S1、S2的线粒体DNA(mtDNA)控制区部分基因序列的测定，系统的分析了其遗传多样性，对比他们之间系统进化关系。在4个凡纳滨对虾群体共40个样本的线粒体控制区序列中共检测到17种单倍型，其中群体G1和G2单倍型数量最多，分别为8个和6个。S2群体单倍型数最少，仅有1个，S1和S2群体的单倍型个数均为1个。4个群体
3、单倍型多样性（H1）在0.4160.0900.9730.022，其中遗传多样性最高的为G1群体。AMOVE分析结果显示，来自群体间的遗传差异（57.03%）略高于群体内的变异（42.97%）。各群体的遗传分化Fst值均为正值，其中GD组与其他群体之间差异最大。用MEGA5.0基于遗传距离构建系统进化树，结果表明5个凡纳滨对虾群体中，S1和S2遗传距离最近（D=0.017），聚为一支，G2群体聚为一支，G1群体单独聚为一支，4个凡纳滨对虾群体中，4个群体共享单倍型H1，此外，S1和S2共享单倍型H2，G1和G2共享单倍型H11，可能是由于其在选育过程中亲本的遗传背景存在交叉，而G2群体与其他群体
4、遗传距离较远，可能与选择群体样本的地理位置差异相关。关键词：凡纳滨对虾；线粒体DNA控制区基因序列；遗传多样性；单倍型Genetic analysis for Mitochondrial control region groups of VannameiAbstract: The survey have compared and analyzed the relationship between the genetic diversity and systematic revolution by tasting he gene sequence of control region sectio
5、n of mtDNA of G1, G2, S1, S2 (4 group of Litopenaeus Vannamei). 17 kinds of haplotype was detected in the sequence of mitochondrial control region of the 4 group of Litopenaeus Vannamei in the 40 samples, and the groups of G1 and G2 had the maximum haplotype amount, separately are 8 and 6. Besides,
6、the S2 and S1 group had the least haplotype amount, which both only have 1. The diversity of the haplotype (H1) of the 4 groups was between 0.4160.090 and 0.4160.090, plus the highest group was G1. The analysis result of AMOVE showed that the genetic difference that came from dissimilar groups (57.0
7、3%) was higher than which came from the same group (42.97%). The Fst values (the genetic differentiation of each group) were all positive, and the differentiation within the G2 group and others is the most. The result of the systematic revolution tree built by MEGA5.0 based on the genetic distance d
8、iscovered that in the 4 groups of Litopenaeus Vannamei: S1 and S2 had the closest genetic distance of 0.017, so they gathered to be a branch; moreover, G2 and G1 gather to be branches respectively; whats more, the H1 was the shared haplotype in the 4 groups; furthermore, the G1 and G2 shared the H2
9、haplotype, whereas the SN and SF shared H11. Probably because of the overlap of their parents genetic background when breeding selection, while the G2 group was far from other groups in genetic distance, perhaps it was connected with the diversity of the geographic position of chosen group samples.K
10、ey words ：Litopenaeus vannamei;Control-region gene sequence of mtDNA;Genetic Diversity;Haplotype 1 绪论：凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei),俗称南美白对虾,太平洋白对虾,原分布于南美太平洋沿岸水域1 ,为世界上公认的优良养殖对虾品种之一。近几年来,凡纳滨对虾出现群体遗传性状变异,优良性状丢失、品质下降、生长缓慢。为保护和充分利用优良种质,有效解决人工养殖过程中出现的病害流行、个体小型化、产量和质量下降等问题,我国每年都从美国引进良种亲虾。为了恢复和优化种质,有效解决人工养殖过
11、程中出现的病害流行、个体小型化、产量和质量下降 等问题,中国先后进行了多次原始种的引种。在这种情况下,有必要对引进品种的种质资源及引种后的人工繁殖、选择育种对群体遗传多样性水平的影响进行了解,为今后合理开发、保护和利用凡纳滨 对虾的种质资源以及遗传改良奠定基础。 日前凡纳纳滨对虾在世界范围的养殖已经非常广泛，研究其用于养殖及生态多样越来越丰富。目前关于凡纳滨对虾遗传多样性及其相关分析的成果多来自于以限制性片段多态性（RFLP），随机扩增多态性DNA（RAPD），序列特异性扩增区（SCAR），线粒体DNA标记(mtDNA)，扩增片段长度多态性（AFLP），简单序列重复（SSR），表达序列标签(E
12、ST)，单核苷酸多态性（SNP）等分子标记分析技术为主的研究3-6，目前，生物线粒体DNA(mtDNA)已然成为研究动物系统天然进化和种群、种群遗传学的主要研究对象。通过分析、鉴定凡纳滨对虾mtDNA全序列或部分基因片段，全部分析结果其物种进化与遗传关系的已被广泛应用到南美白对虾的研究领域中,其中有关12S rRNA、16S rRNA、COI，D-loop等基因片段的研究较多7-11。凡纳滨对虾本身具有丰富的遗传多样性和遗传杂合水平12，而mtDNA具有独特的优点： DNA分子量小、单拷贝数高；结构和组织简单而高度保守；母系遗传，缺乏重组；DNA突变率高13-14。通过对凡纳滨对虾mtDNA控制区基因序列多态性展开研究，可以有效了解群体的遗传结构、变异程度、基因流动及系统发育进化等方面的情况，更为探究线粒体DNA控制区作为一种基因条形码来识别不同群体的遗传关系是否有效提供理论依据15。本研究正是以此为基础，以凡纳滨对虾为研究对象，设计引物得到凡纳滨对虾线粒体DNA控制区序列，分析检测控制区DNA序列作为一种基因识别标记在凡纳滨对虾不同养殖群体多态性研究中的可行性，大多数作为凡纳滨对虾选育群体的遗传育种选优、种群测评和生物多样性提供有利的科学方法。2 材料与方法2.1研究样品来源及总DNA的提取本研究材料样本取自美国塞班岛凡纳滨对虾养殖基地(S1、
