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1、1,第二讲 文摘型生物医学数据库,信息资源中心 医学文献检索教研室 http:/,2,主讲内容,MEDLINE&PubMed检索系统 SinoMed中国生物医学文献服务系统 EM&EMB荷兰医学文摘 BA&BIOSIS Previews美国生物学文摘 (基于OVID/ISI Web of Knowledge系统平台) CA&SciFinder Scholar美国化学文摘 CINAHL美国护理学数据库,3,数据库检索 A P15,4,一、PubMed数据库简介,PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的医学数据库查询系统。 网址： htt
2、p:/www. pubmed.gov http:/ http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed,5,PUBMED免费 5000种左右来源期刊,其中英文期刊约占85% 2000万余条高质量的文献题录/摘要 每日完成来自全球的检索200万次 医学护理牙科兽医保健临床前 生命科学的期刊 全文链接超过 3000+种 数据更新迅速:每日更新（星期二星期六）,特点：收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备，可部分获取原文。,6,二、通过PubMed可检索如下信息,oldMedline MEDLINE PreMedline 出版商提供的书目信息 NCBI其它数据库的相关记录,7,
3、oldMedline,1950-1965年间发表的200多万篇文献 没有MeSH字段和摘要 记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。,8,MEDLINE,是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库，收录1966年以来70多个国家4000种左右生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。每条记录均带有PubMed-Indexed for MEDLINE标志。,9,收集未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个临时库。NLM每天把最新记录加入到PreMedline库中，每条记录均带有PubMed-in Process标志。工作人员在一周
4、内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。,PreMedline,10,Pre-Medline,Medline,New Data,Collect,PubMed,Process,11,出版商提供的书目信息,出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做如下标记： PubMed-as supplied by publisher 。,12,PubMed建立了与NCBI其他数据库之间联系。它们是双向网络互连的关系（见下页图）。,NCBI其它数据库的相关记录,13,Affiliation AD Article Identi
5、fier AID All Fields ALL Author AU Book book Comment Corrections Corporate Author CN Create Date CRDT Completion Date DCOM EC/RN Number RN Editor ED Entrez Date EDAT Filter FILTER First Author Name 1AU Full Author Name FAU Full Investigator Name FIR,Grant Number GR Investigator IR ISBN ISBN Issue IP
6、Journal TA Language LA Last Author LASTAU Location ID LID MeSH Date MHDA MeSH Major Topic MAJR MeSH Subheadings SH MeSH Terms MH Modification Date LR NLM Unique ID JID Other Term OT Owner Pagination PG Personal Name as Subject PS,Pharamcological Action PA Place of Publication PL PMID PMID Publisher
7、PUBN Publication Date DP Publication Type PT Secondary Source ID SI Subset SB Supplementary ConceptNM Text Words TW Title TI Title/Abstract TIAB Transliterated Title TT UID PMID Volume VI,三、PubMed记录字段说明,15,四、PubMed基本检索,自由词检索 组合检索 字段限制检索 著者检索 刊名检索 日期或日期范围检索 截词检索 强制检索,16,PubMed基本检索,在检索框中键入一个或多个英文单词（大写
8、或小写均可），点击检索按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式，这就是它特有的“自动词汇匹配功能”。,自由词检索,17,PubMed对输入检索框中的检索词进行智能化地校对，将其逐步地与其数据库中的各类术语匹配的原则。,MeSH Translation Table 主题词注释表,Journals Translation Table 期刊注释表,Common Phrase List 常用词组表,Author Index 作者索引表,No Mapping,检索词拆分AND,自动词汇匹配,18,备注：,如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配的词时，
9、PubMed就将短语劈开，再重复以上顺序单独分别查找，直到找到相匹配的词。如果仍找不到匹配词，则用AND 将短语中的单个词连接起来在全部字段中查找。 例：检索 h1n1 influenza 转换为: h1n1All Fields AND (“influenza, human“MeSH Terms OR (“influenza“All Fields AND “human“All Fields) OR “human influenza“All Fields OR “influenza“All Fields),19,PubMed主页:www.pubmed.gov,h1n1 influenza,20,
10、21,22,Medline显示格式,23,PubMed基本检索,组合检索，常用的逻 辑关系词有AND,OR, NOT等。,逻辑与（AND） -检出记录中同时含有检索词A和检索词B. 如：A AND B,逻辑非（NOT） -在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。 如：A NOT B,逻辑或（OR） -检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。 如：A OR B,24,PubMed基本检索,采用字段限制方式进行检索， 检索规则： 检索词 字段标识 或 “检索词组”字段标识,字段限制检索,25,例：查找作者为crick在1993年发表有关DNA方面的文献. 检索式：DNAm
11、h AND crickau AND 1993dp,26,PubMed基本检索,常用检索字段描述和标识(1) Titleti：篇名字段 Abstractab：摘要字段 Affiliation ad：著者地址字段。 Author nameau：文章的作者，检索格式：姓+名。如：“smith ja“au Journal titleta：期刊名称。如：cellta Languagela：论文出版语种。语种检索时可只输入前3个字母，如：chila=chinesela；Englishlang=engla 比如：检索文章题目中含有高血压的中文文献 检索式:hypertensionti AND chila,2
12、7,例：检索文章题目中含有高血压的中文文献 检索式：hypertensionti AND chila,28,PubMed基本检索,常用检索字段描述和标识(2) Publication datedp:出版日期 指论文所在期刊的出版日期 日期检索的形式为：YYYY/MM/DDDP 要检索一段时期内的文章，日期之间可以加冒号，如： 1993/01:1995/06DP Publication typept:出版类型。有综述，新闻，传记，临床试验等。如：reviewpt MeSH termsmh：主题词字段。如：hypertensionmh Subheadingssh:副主题词。与主题词组配检索.,29
13、,PubMed基本检索,按照姓氏+空格+名首字母缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：smith ja或jones k, 系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一般用缩写。 考虑到作者姓名的不同形式，PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索，如：smith j将检索成smith ja,smith jb,smith jr 等。 精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作者字段限定AU，如：“smith j“au，这样可避免PubMed自动转换，实现精确查找。,作者姓名检索,30,PubMed基本检索,作者姓名检索 按照姓(全写) +名(
14、缩写)， 之间不用标点 键入作者姓名,smith j,31,PubMed基本检索,精确检索避免 PubMed自动 词汇转换，实 现精确查找,“smith j“au,32,PubMed基本检索,在检索框中键入期刊名，如：European journal of immunology ，系统的“自动词语匹配”功能会将它转换成 “Eur J Immunol journal”进行检索。 也可直接输入Medline的期刊标准缩写形式Eur J Immunol ，或输入该刊的ISSN号（国际标准连续出版物代码）检索，即：1521-4141。 如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：cancer， scien
15、ce，cell等，PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化处理，即 ： “cell”journal或“cell”ta 。,期刊检索,33,PubMed基本检索,期刊的一般检 索，是在检索 输入框中键入 期刊名或期刊 的ISSN号,Eur J Immunol,34,PubMed基本检索,截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。 截词符： * -代表零到多个字符，只可用于词尾。 如：bacter*，可以检出bacter，bacteria， bacteriophage ，bacterium等单词。,截词检索,35,PubMed基本检索,截词检索可以 扩大检索范围 提高查全率。,bacter*TI,36,PubMed基本检索,PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索。 如：在PubMed主页的检索提问框中键入“single cell”，并用双引号引起来。点击“GO”按钮，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。 如果不使用双引号进行强制检索，系统就会将其分成2个词：single和cell检索，其检索表达式为：single AND cell. 很明显这样
