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1、贵州师范大学本科毕业论文(设计)开题报告学院：生命科学学院 专业：生物科学 级别：2013 级课题名称 芒果的二级结构和B细胞抗原表位预测学生姓名 肖永华 学号 130903010027指导教师姓 名 黄小龙职称学位讲师博士一、 选题的理论、实际意义芒果( Mangifern indica L )又名檬果、望果、密望等。它属于系漆树科、芒果属中的一种常绿大乔木，它的果肉含糖量占 l1 24 ，矿物质占 03 05 ，蛋白占 03 10 ，脂肪占 01 09 ，而维生素 C占 2040 mg/100mg，维生素 A 占 06259 mg/100mg 1，因它的肉质细嫩、风味独特、气味香甜而素有“
2、热带果王”的美称。特性之一，它性喜温暖, 忌霜雪, 尤其是幼年树对低温特别敏感。因此，温度成为决定芒果自然分布的主要因素, 特性之二，芒果耐湿、耐旱的能力都较强, 一般情况下，在年降雨量为 700 2000mm 的地方均能生长良好。阳光充足对芒果枝梢生长、花芽分化以及开花结果都较为有利，特性之三，芒果树的生长对土壤要求不十分严格, 只需有机质丰富,土层深厚(2m 以上), 排水良好, pH 5 .5 7 .0 的壤土、冲积土为最适于种植条件 2。此外，人们用芒果果肉作为鲜食，有时以加工成果酱、果汁、奶昔和腌菜类食品等从而深受众多消费者们的爱戴，但任何事情都有它的两面性，尽管芒果因它的味道鲜美、
3、香甜可口，但是大部分人群在食用芒果或者接触芒果皮后会有各种临床过敏反应，这一生活现象限制了部分人群对芒果的消费。几丁质酶是一种植物抗逆相关蛋白，在植物防御系统中担负着重要的作用，特别是在植物抵御病害及低温的过程中发挥着重要的作用，在正常情况下，几丁质酶的表达量较低，但在低温、干早、盐胁迫等不利因素的诱导下表达量有明显增高。根据其水解位点的不同，将几丁质酶分为两类，第一类，切口位置在同聚物内部的为内切几丁质酶，第二类，切口位置在同聚物线性末端的为外切几丁质酶。根据其等电点范围的不同，将几丁质酶分为酸性酶和碱性酶两类。根据几丁质酶催化区氨基酸序列同源性，几丁质酶还可以分为 18、19 和 20家族
4、。属于 18家族的有细菌，真菌，病毒和一些植物的几丁质酶，部分植物和部分链霉菌属的几丁质酶属于 19家族，人类和链霉菌属的几丁质酶属于 20家族。几丁质酶主要有抗细菌、抗真菌、抗虫、抗冻、参与共生固氮以及参与植物的发育调控的功能 3。近年来已克隆多种植物的几丁质酶基因，核苷酸和氨基酸的序列分析表明，植物几丁质酶前体一般都含有一个 N端信号区、一个主结构区(催化区)和 C端延伸区 4。为了消除人们对芒果的过敏反应，本论文主要通过生物技术，相关软件和相关网站对芒果二级结构和 B细胞的抗原表位进行预测来减少或消除芒果对消费者的过敏作用，这样可以避免易感病人可能会导致的潜在严重临床危机。二、 研究动态
5、、见解目贵州目前分别在望谟、贞丰、册亨、兴义、等县(市)的南亚热带低热河谷区试种成功。从6 年至今，金煌芒、桂热 号、台农 号、桂热 号、等芒果新品种，分别在册亨县、兴义市、望谟县等相应地区进行环境适应性筛选及生产栽培试验示范5。芒果在贵州的发展前景，一就贵州自然气候特殊，立体气候明显，光照充足，昼夜温差较大的生产环境，二就山地芒果甜度高、香味浓、外观好的品质优势，三就位于西南内陆省区的交通枢纽优势，营建山地特色优质中晚熟芒果生产基地具有明显优势。有关部门计划到 年，着力建设贵州北盘江流域（镇宁县良田乡望谟县油迈乡）、南盘江流域（兴市沧江乡册亨县八渡镇）、红水河流域（ 望谟县蔗香镇罗） 5。几
6、丁质酶在其他物种的研究，目前对于几丁质的研究在梨，普通小麦，家蝇，甘蔗等领域都有研究，并获得了可喜的成果 6,7,8,9。除此之外，在动植物细胞的二级结构和抗原表位预测均有不同程度的研究，如天花粉蛋白的二级结构和 B细胞抗原表位预测，人白细胞介素-36 蛋白的二级结构及其 B细胞抗原表位的预测等 10,11,12,13。芒果作为重要的热带“水果王”的美称，但由芒果引发的不良反应不断引起人们的关注。这使得研究它的过敏成分势在必行，这样就可以有效的防止严重的疾病和可能存在的危机发生。因此，确定芒果果实中的过敏原，大大的有助于诊断和选择正确的治疗方法 。还有益于芒果产业的发展和人民经济效益的增收。基
7、于芒果产业的发展和贵州特殊气候的优势，通过学习相关软件与网站的使用，利用生物领域相关技术来对芒果的二级结构和 B细胞抗原表位的预测来减少或消除芒果对人们过敏作用，从而消除人们对芒果的过敏反应。这样就可以把芒果大量引进贵州大规模生产与种植。三、 研究思路、方法、技术路线通过网站 NCBI（http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/）搜索到芒果的蛋白质和二级结构，然后采用 SMART网站和 DNAStar软件预测该蛋白质的二级结构以及通过 Jameson-Wolf 法、Kyte-Doolittle 法、Emini 法和 Karplus-Schulz 法分别预测其抗原指数、亲水性、表面可
8、及性、柔韧性等参数，并综合分析预测该蛋白的 B 细胞抗原表位，得出的结果将为进一步寻找芒果 B细胞的最佳优势表位，单克隆抗体的制备等研究提供支持和一定的理论基础。技术路线如下所示。芒果几丁质酶DNAstar 软件综合分析预测该蛋白的 B 细胞抗原表位Jameson-Wolf 法、Kyte-Doolittle 法、Emini 法和 Karplus-Schulz 法抗原指数、亲水性、表面可及性、柔韧性等参数Smart（http:/smart.embl-heidelberg.de/）蛋白质，二级结构二级结构NCBI(http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/)四、 总体安排、进度计划20
9、16年 7-8月 通过知网查阅相关文献，建立相关知识理论体系。2016年 9-10月 学习相关网站和软件的使用2016年 10-11月 通过相关网站和软件搜索芒果蛋白质和二级结构并找出抗原指数、亲水性、表面可及性、柔韧性等参数2016年 12-1月 综合分析预测该蛋白的 B 细胞抗原表位2016年 1-2月 撰写论文初稿2016年 2-3月 提交毕业论文初稿，经指导老师审查后反复修改最终定稿。2016年 3-4月 论文打印，装订成册，准备论文答辩。五、主要参考文献1 龚德勇.贵州旱坡地芒果栽培技术J.农技服务,2010,27 （9）：11751176 ，11 82.2 龚德勇,刘清国, 周正邦
10、,李松峰 .贵州南亚热区发展芒果生产的前景与对策J.贵州农业科学,2008, 36(6): 141 143.3 余利敏.兴安落叶松几丁质酶基因的克隆及表达特性分析D. 硕士学位论文.内蒙古农业大学:2014.4 张力凡.农杆菌介导的几丁质酶基因转化花生的研究D. 硕士学位论文. 内蒙古农业大学:2008.5 龚德勇,彭扬, 王晓敏,黄海,吴小波 .贵州山地芒果生产优势及产业化前景J.江西农业学报,2016, 28(1) ： 3034.6 李伟阳,曾斌, 李疆,田嘉,李秀根 ,王苏珂.梨几丁质酶基因克隆及其生物信息学分析 J.中国农学通报,2015, 31(9): 184-193.7 国果,吴建
11、伟, 吴沁怡,付萍,张勇 .家蝇几丁质酶基因的序列分析、克隆和诱导表达J.中国人兽共患病学报,2012,28(6): 570-573.8 许颖,王竹青, 吴期滨,陈云,杨春春 ,冯敏谢,苏亚春.甘蔗几丁质酶基因 ScChi1 的克隆、序列分析及其表达J.基因组学与应用生物学,2015,34(6): 1258-1266.9 陈冬阳,杨明明, 高翔,张龙龙 ,郭江岸,李万.普通小麦几丁质酶基因的克隆与表达分析 J.麦类作物学报,2016,36(5): 539-548.10 王媛,许晶, 黄艳平,邢爱华,常文辉,贾华,王平忠,白文涛,徐志凯 ,黎志东.天花粉蛋白的二级结构和 B 细胞抗原表位预测J.
12、科学技术与工程,2009,9（17）：4915-4929.11 陈少英,郑坚, 牛青霞.人白细胞介素 -36 蛋白的二级结构及其 B 细胞抗原表位的预测J.海南医学,2014,25(8): 1097-1099.12 严小玲,何颖, 陶爱林,阮林 ,陈惠芳,邹泽红.猫主要过敏原 Fel d1 的二级结构及 B 细胞抗原表位预测J.国际医药卫生导报,2011,17（9）：1025-1028.13 李士颖,朱玉霞, 葛进,姚卫锋 .衣原体噬菌体 Chp4 衣壳蛋白 Vp1 二级结构及 B 细胞抗原表位预测J.武警后勤学院学报( 医学版 ),2013,22(11): 964-967.指导教师意见：签 名：2016 年 9月 4 日
