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1、第四章 数据库检索,任间 renjianbiocuckoo.org,The CUCKOO Workgroup,NCBI数据资源,Nucleotide: 核酸序列数据库 PubMed: 生物医学科学文摘数据库 GEO：基因表达谱数据库。收集存储微阵列基因表达数据 Protein: 蛋白质序列数据库 SNP: 单核苷酸多态性数据库 Taxonomy: 物种分类学数据库 Gene: 基因数据库。提供序列及基因描述信息 Structure: 大分子三维结构数据库 3D Domains: 特定功能域的三维结构数据库 UniGene: GenBank分离的非冗余基因簇。包含已确定基因和EST。每个簇包含唯
2、一的非冗余的基因序列、表达的组织类型和基因图谱位点。 UniSTS: 序列标签位点数据库，用于作图位点 PopSet: 人口研究数据库 Books: 在线生物医学图书数据库 OMIM: 在线人类孟德尔遗传目录数据库 Conserved Domains: 保守结构域数据库 Cancer Chromosomes: 癌症染色体数据库 Homologene: 基因同源物数据库 Journals: 杂志及出版社信息数据库 Genome: 基因组数据库，提供完成的基因组/染色体图形 GDS: GEO的基因表达实验与生物芯片数值结果数据库,Entrez,检索规则,逻辑运算符（大写）： AND ，OR，NOT
3、 运算过程由左至右，（）部分优先 空格分隔默认逻辑关系为 AND 多个单词短语加双引号 模糊检索使用 * 用 限定字段，如限定基因名称为ATG1的检索 ：ATG1GENE,数据库使用实例,序列数据查询实例,某天，Prof. Gene发现人的Hela细胞中，有丝分裂期间有异常情况：细胞不再分裂，而是开始凋亡(表型，phenotype)，通过实验的方法(例如，酵母双杂交)，发现了与有丝分裂期间某个蛋白可能相互作用的一个基因，测序结果如下(genotype)：,CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGG
4、CTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAA
5、AGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC,问题一：这是哪个基因？,NCBI: BLAST,nucleotide blast,Megablast: 找基因序列,输入序列,提交序列,NM_001168.2,Gene info：基因信息,BIRC5(survivin),Gene info: 17号染色体,功能注释：Gene Ontology,结论一,1. 该基因为人的BIRC5(survivin)基因，染色体定位：17号染色体，73721872-73733311；基因标识符：NM_001168.2; 2. 初步的功能分析：细胞周期，casp
6、ase酶的抑制因子，等等。,问题二：编码的蛋白质序列是怎样的？,NM_001168.2,获取蛋白质的序列信息,NP_001159.2：142aa,结论二,人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2,问题三： 有没有保守的功能结构域 (domain)？,获取FASTA序列,FASTA格式的序列,find conserved domains,填入蛋白质的FASTA序列,BIR domain,结论三,Survivin具有保守的功能结构域BIR,问题四：它的功能是怎样的？,UniProt: 蛋白质数据库,在人中做BLAST搜索,O15392,BIRC5的蛋白质信
7、息,功能注释,结论四：功能分析,1. 在瘤形成过程中可能起一定作用； 2. 阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡； 3. Chromosomal passenger complex (CPC)的成员之一。 细胞亚定位：胞质，核。 ,问题五：它在真核生物中保守吗？,ExPASy Blast,在酵母中进行序列比对,酵母BIR1: P47134,酵母BIR1的信息,结论五：,人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。,问题六：有没有三级结构信息？,PDB：三级结构数据库,PDB的三级结构信息,用Jmol显示三级结构,PDB的三级结构信息,Raswin: 三级结构显示,总结,现在，Prof. Ge
8、ne知道了： 1. 该基因为人的Survivin基因，染色体定位：17号染色体，73721872-73733311；基因标识符：NM_001168.2; 2. 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2 3. Survivin具有保守的功能结构域BIR 4. Survivin的细胞亚定位：胞质，核，其功能有： (1) 在瘤形成过程中可能起一定作用； (2) 阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡； (3) Chromosomal passenger complex (CPC)的成员之一。等等。 5. 人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。 6. S
9、urvivin的三级结构已知，在PDB中的标识符为1E31。,作业,某天，Prof. Gene在小鼠(Mus musculus)中又发现了一个与有丝分裂相关的基因,通过DNA测序，得到部分序列：,GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAACCAAAAAGAGCTAGCTGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTA
10、AAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAGAGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACTCAGAGCTCGGGAGGACATCCT,问题：,1. 这个基因在小鼠中是哪个基因？基因的标识符是什么？这个基因的在基因组上的定位是怎样的？ 2. 这个基因在人中的同源物是哪一个？标识符是什么？ 3. 在人中，这个基因编码的蛋白质是什么？具有什么样的功能？细胞亚定位在何处？这个基因是一个酶吗，什么酶？具有什么样的功能结构域？ 4. 这个基因在酵母中保守吗？如果保守，哪个基因是人中的同源物？ 5. 这个基因在人中的同源物，编码的蛋白质有3级结构的信息吗？如果有，给出在PDB中的标识符。,作业要求,发信至 renjianbiocuckoo.org 信件名称：学号+姓名 答题内容使用文本文件（TXT），不要使用Word文件或其他格式。 文件名：学号+姓名.TXT,
