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1、流式数据分析实例与技巧流式数据分析实例与技巧 让你的流式数据“6”起来 FCS Express 6 上海达科为技术部 王婷婷 样本处理 仪器设置 数据收集 数据分析 流式实验操作流程流式实验操作流程 流式数据分析 1. 1.常见流式数据分析术语常见流式数据分析术语 2. 2.流式数据分析方法流式数据分析方法 （1 1）排除碎片干扰）排除碎片干扰 （2 2）排除粘连体）排除粘连体 （3 3）排除死细胞干扰）排除死细胞干扰 （4 4）选择合适的阴性对照）选择合适的阴性对照 3. 3.流式数据分析模板与保存流式数据分析模板与保存 4. 4.流式数据分析流式数据分析实例实例 1. 1.流式数据分析常见
2、术语流式数据分析常见术语 Gate 1 CD3-FITC 100101102103104 0 23 47 70 93 M1 55.49% 每一个细胞单参数的测量数据可以整理成统计分布，以直方图的方式来显示。在图中，横坐标表 示荧光信号或散射光信号相对强度的值，其单位是道数，可以是线形（line）或者对数（log）。纵坐 标一般是细胞数（count）。 1.11.1参数图参数图 1.1.1一维直方图 Histogram 1.1 1.1 参数图参数图 CD8a-BV510 100101102103104 0 13 25 38 50 CD4-Percp/cy5.5 100101102103104 0
3、 24 47 71 94 CD4-Percp/cy5.5 CD8a-BV510 100101102103104 100 101 102 103 104 CD4-Percp/cy5.5 CD8a-BV510 100101102103104 100 101 102 103 104 1.1.2 二维散点图 Dot Plot 在二维图的中，横坐标/纵坐标都表示荧光信号或散射光信号相对强度的值，可以是线形（line） 或者对数（log）。双参数图可以将样品细胞群分开，常用来分析多参数数据。 1. 1.流式数据分析常见术语流式数据分析常见术语 Density(密度图） Contour(等高线图） 1. 1
4、.流式流式数据分析常见术语数据分析常见术语 1.1 1.1 参数图参数图 1.1.3 其它参数图 1. 1.流式数据分析常见术语流式数据分析常见术语 1.2 1.2 门“门“GateGate”：”： 1.2.1 门的形式：区域（region，R），标记（Marker） ；“十”字形（Quant)； FS INT LIN FS INT LIN SS INT LIN SS INT LIN 02565127681024 0 256 512 768 1024 Gate 1 11.72% Gate 2 1.60% Gate 3 14.85% FS INT LIN FS INT LIN SS INT LI
5、N SS INT LIN 02565127681024 0 256 512 768 1024 Gate 3 14.85% Gate 2 1.60% Gate 1 11.72% 1.2.2 定义“门”的方法（Gates） （1）门的3种组合：and; or ; not(eg. Gate 4 = Gate 1 or Gate 2 or Gate 3) 1. 1.流式数据分析常见术语流式数据分析常见术语 1.2.1.2.门门“GateGate”：”： Gate 1 CD3-FITC 100101102103104 0 23 47 70 93 M1 55.49% Gate 5 CD4-PerCP/cy
6、5.5 CD8-BV510 10 0 10 1 10 2 10 3 10 4 10 0 10 1 10 2 10 3 10 4 Gate 1 CD4-PerCP/cy5.5 CD8-BV510 10 0 10 1 10 2 10 3 10 4 10 0 10 1 10 2 10 3 10 4 1.2.2 定义“门”的方法（Gates） （2）Convert Marker To Gate(eg.M1=Gate 5) 1. 1.流式数据分析常见术语流式数据分析常见术语 1.2 1.2 门门“GateGate”：”： CD4-PerCP/cy5.5 CD8a-BV510 10 0 10 1 10 2
7、 10 3 10 4 10 0 10 1 10 2 10 3 10 4 67.38%7.92% 0.75%23.95% CD25-AF647 CD127-PE 10 0 10 1 10 2 10 3 10 4 10 0 10 1 10 2 10 3 10 4 Treg 4.86% 1.2.2 定义“门”的方法（Gates） （3）Convert Quads To Gates 1. 1.流式数据分析常见术语流式数据分析常见术语 1.2 1.2 门门“GateGate”：”： 荧光强度（MFI）：Median=164.74 所对应的值跟细胞表面受体个数正相关 百分比（%）：一种细胞占样本中 所有细
8、胞的比例 1. 1.流式数据分析常见术语流式数据分析常见术语 1.3.1.3.数据统计：数据统计： 统计方式：百分比（%） kMeans Cluster Analysis; R Integration; Parameter Math; PCA; De novo流式数据软件介绍 公司自1998年以来一直致力于开发流式细胞仪数据分 析解决方案。当年，创始人David Novo在使用流式细胞仪 进行研究的同时，也在寻找流式分析软件来进行自己的数 据结果处理。然而，当时并没有满足他需求的产品。聪明 如他，David Novo开始自己设置分析程序，当他完成了他 的数据分析后，得到了实验室里的其他人的广泛
9、赞誉，并 表示如果他添加了一些新的功能，他们会使用他的产品。 这就是FCS Express 1的由来。 DenovoDenovo的传奇故事的传奇故事 开发理念开发理念：完全把复杂的数据分析完全把复杂的数据分析，建立在一个简单易用、功能强大的展示框架上建立在一个简单易用、功能强大的展示框架上， 用用 最短的时间来分析展示，满足客户对结果的全部需求！一款强大的第三方流式分析软件。最短的时间来分析展示，满足客户对结果的全部需求！一款强大的第三方流式分析软件。 De NovoDe Novo公司介绍公司介绍 坐落于美丽的美国加州洛杉矶格伦代尔市中心。 1998 FCS Express Version 1
10、: Flow Cytometry 2001 FCS Express Version 2: Flow Cytometry 2004 FCS Express version 3: Flow Cytometry RUO 2005 FCS Express Version 3: Flow Cytometry IVD 2011 FCS Express Version 4: Flow and Image Cytometry 2015 FCS Express Version 5: Flow and Image Cytometry 2016 FCS Express Version 6: Flow and Ima
11、ge Cytometry FCS ExpressFCS Express发展历史发展历史 IVD版通过美国FDA与欧洲CE IVD认证。 FCS Express有着严格的软件设计控制。 成千上万的测试用例可以保证质量。 每个版本在正式推出前，经过大量Beta测试。 白血病淋巴瘤诊断工作的大部分参考实验室使用FCS Express 质量保证质量保证 第三方软件指的是该机器和流式产品以外 的软件公司提供的软件。这些软件大都不 能直接与机器连接，进行输入/输出，但可 以对原始数据进行合成后和分析再输出。 独有特点如下： 形式非常丰富，功能十分强大。 针对机器软件在应用功能上的不足或者漏洞。 Denov
12、oDenovo功能强大的第三方流式软件功能强大的第三方流式软件 1.微软式交互界面 2.自定义表格 3.复杂布局导航器 4.插入点图 软件应用介绍软件应用介绍 操作页面简单 软件应用介绍软件应用介绍 功能众多，与office兼容性好 软件应用介绍软件应用介绍 可以进行图像分析 HCS and Heatmaps Proliferation Analysis Transformations (R, Spade, tSNE, PCA) Cell- Cycle Analysis Amnis Data Sony Spectral Data ReallyBigGalliosData.fcs compens
13、ated CD34-PeCy7 7AAD -10 4 -10 3 10 4 10 5 10 6 -10 3 -10 2 10 3 10 4 10 5 10 6 Large Data Sets Dynamic figure 软件应用介绍软件应用介绍 可以进行图像分析 （research use only）-分析科研数据 （ in vitro diagnostic）-分析临床数据 分析图像数据（显微镜、共聚焦图片客户） 融合了 Flow Cytometry -RUO和Image Cytometry 的功能（不含临床） 软件版本介绍软件版本介绍 Yao Zhan, Ke Gong, Wenhua L
14、i et al.(2012).P38 MAP kinase functions as a switch in MS-275-induced reactive oxygen species-dependent autophagy and apoptosis in Human colon Cancer cells. Free Radical Biology and Medicine, Volume 53, Issue 3, 1 August 2012, Pages 532-543. Simona Blotta, Jana Jakubikova, el at.(2012).Canonical and
15、 noncanonical Hedgehog pathway in the pathogenesis of multiple myeloma.Blood, Dec 2012; 120: 5002 - 5013. Sabine Hahn, Christian Setz el at.(2011).The PTAP Sequence within the p6 Domain of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Gag Regulates Its Ubiquitination and MHC Class I Antigen Presentation. J. I
16、mmunol., May 2011; 186: 5706 - 5718. Roshini Fernando, Stephen Atkins el at.(2012).Human fibrocytes coexpress thyroglobulin and thyrotropin receptor. PNAS, May 2012; 109: 7427 - 7432. 文献支持文献支持 使用期限 货号 销售价 活动价格 优惠版本购买截止日期 3个月 FCS6-018-NP-03 1000元 700元 2018年9月30日 6个月 FCS6-018-NP-06 1900元 1330元 2018年6月30日 9个月 FCS6-018-NP-09 2800元 1960元 2018年3月31日 20182018年活动继续，优惠不断！年活动继续，优惠不断！ : 707005136 : wang_ : 1708
