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1、（文章篇）（文章篇）S5E48S5E48：一篇：一篇 lncRNAlncRNA 课题设课题设 计的范本计的范本最近一直后台有留言，询问一些 lncRNA、circRNA 等研究策略，以及如何能够看懂别人的工作，了解别人的思路。那么我推荐，看一下小张聊科研七月份公布的科研修炼手册 ，里面整理了很详细，专门有一大章节主讲lncRNA 研究思路、方法。这些套路对一般科研工作者而言在研究方向上区别不是很大，研究ncRNA，circRNA，piRNA，miRNA 都是适用的，或者本身它们之间都有调控关系，研究 A 或者 B 分子都是 ok 的。今天那么就来再看一篇 lncRNA 研究的最新文章：Long
2、 non-coding RNA GCASPC, a target of miR-17-3p, negatively regulates pyruvate carboxylase-dependent cell proliferation in gallbladder cancer，文章发表在 Cancer research 上，研究单位是上海市新华医院和交大医学院，以及皖南医学院第一附属医院，通讯作者是：弋矶山医院消化内科孔祥、新华医院普外科副主任王健东、主任医师全志伟，文章对 lncRNA 的研究堪称经典，完全可以作为学习的范文。研究的关键词：胆囊癌，lncRNA，miRNA背景介绍：丙酮酸羧
3、化酶 pyruvate carboxylase 存在于线粒体中，参与有氧糖酵解的 TCA 循环。细胞增殖需要大量能量。图左上角，PC 催化丙酮酸到草酰乙酸放出能量。PC 能给肿瘤增殖提供能量。文章思路：a 通过 5 个胆囊癌患者的癌及癌旁组织的表达谱芯片，作者发现了一些具有差异表达的 lncRNA 及 mRNA，随后作者随机选了 10 个 lncRNAs、8 个 mRNAs，b 通过 qRT-PCR 在 15对癌和癌旁样本中进行了表达验证，确定了它们表达都异常。作者挑选了一个在肿瘤组织中明显下调，而且还非常保守的分子-lncRNA-GCASPC（GBC 中抑制 PC 相关的lncRNA） 。l
4、ncRNA 研究 8 要素中，c 其中有一个定位：发现该分子 IGF2R 的内含子区， “相邻就有可能有关系原则” ，但这次发现它们俩之间没有明显表达调控关系。d 通过在线的蛋白表达能力预测，发现其无编码能力。e 另外表达定位确定了 GCASPC 定位于胞质中。随后，通过 qRT-PCR 分析了131 个 GBC 病人组织样本该 lncRNA 的表达量明显减弱。f接着通过干扰或过表达，在 GBC 细胞株中进行了功能验证，结果发现能 lncRNA-GCASPC 抑制细胞增殖。g 另外发现该分子在肿瘤组织中低表达，且通过动物实验发现其表达与肿瘤大小相关，且与肿瘤分期、预后相关。hGCASPC 表达
5、量越高，其预后水平越好。作者进行 GCASPC 靶分子研究，通过 RNA pull-down 及质谱检测，发现了 PC 蛋白。通过过表达 GCASPC 发现 PC 蛋白的表达活性下降，但其 mRNA 水平没有变化，这表明该lncRNA 可能是通过翻译或翻译后调控 PC 的表达水平。实验发现，GCASPC 是促进 PC 蛋白降解的。通过 miRDB 预测了一个 miR-17-3p 与 GCASPC 配对，并通过荧光素酶报告基因验证了它们之间的结合作用，再通过干扰或过表达 miR-17-3p能影响 GCASPC 的表达，而干扰过表达 GCASPC 不能引发miR-17-3p 的表达变化，验证了 G
6、CASPC 是 miR-17-3p 的靶基因。并验证了 miR-17-3p 的功能，敲除它也能抑制细胞增殖。看一下这部分内容，作者把 lncRNA 研究的常规方法一一做了出来。1、筛选分子2、组织中表达验证3、细胞及动物实验的功能验证4、机制研究，靶分子的功能验证来看内容吧：1、实验的临床数据统计，表明了 GCASPC 与肿瘤大小、淋巴结转移、肿瘤分期相关找差异分子，验证 GCASPC 在癌和癌旁组织中的表达差异，与病人预后相关。2、细胞、动物实验过表达 GCASPC 能抑制细胞周期。敲除 GCASPC 能促进肿瘤生长。3、下游靶分子筛选及研究通过 RNA pull-down 筛到一些作用蛋白。其中挑选出PC，并验证全长的 GCASPC 才有与之作用的功能。随后验证了 PC 的功能。4、研究 GCASPC 的上游分子 miR-17-3p首先，通过 miRDB 预测了一个与 GCASPC 配对的 miR-17-3p。并通过荧光素酶报告基因验证了他们直接的结合作用。通过干扰或过表达 miR-17-3p 能影响 GCASPC 的表达，而干扰过表达 GCASPC 不能引发 miR-17-3p 的表达变化，验证了 GCASPC 是 miR-17-3p 的靶基因，最后再验证了 miR-17-3p 的功能。验证了结合作用，表达相关性。结束。Thats all. Thank you!
