高斯软件-基础教程

上传人:小** 文档编号:55944668 上传时间:2018-10-08 格式:DOC 页数:14 大小:859.54KB
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资源描述

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1、GaussView 界面教程【1】界面介绍Gview 是一个专门设计于高斯配套使用的软件,其主要用途有两个:构建高斯 的输入文件;以图的形式显示高斯计算的结果。除了可以自己构建输入文件外, Gview 还可读入 Chem3D,HyperChem 和晶体数据等诸多格式的文件。从而使其 可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围。开启 GaussView 会看到一大一小两个窗口,后面灰色背景的窗口为选择窗口, 在里面选择要输入的分子或基团;前面紫色的窗口为绘图窗口,使用鼠标绘制 想要绘制的图形。菜单栏菜单栏【File】主要功能是建立,打开,保存和打印当前的文件 【Edit】完成对分子的剪贴、拷贝、

2、删除、抓图等 【View】与显示分子相关的都在这个菜单下,如显示氢原子、 键、元素符号、坐标等 【Calculate】直接向 Gaussian 提交计算 【Results】接收并显示 Gaussian 计算后的结果 【Windows】控制窗体,如关闭、恢复等 【Help】帮助 快速工具栏快速工具栏【左面第一个】选择元素与价键选择元素与价键,单击打开会看到一个元素周期表,通过它可 以选择需要绘制的元素以及价态。【左面第二个】环工具环工具,作用与上一个差不多,只是这里提供的都是环状化合 物残基;【左面第三个】提供常用的常用的 R R 基团模板基团模板,其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁 基等【左面第

3、四个】氨基酸残基氨基酸残基,使用它可以迅速绘制氨基酸【左面第五个】用户自定义基团自定义基团,您可以将常用的基团存放到此处这条快速编辑栏中从左到右依次是【键调整】|【键角调整】|【二面角调整】 |【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选 择】|【框选】|【去除选择】|【全选】这里面的所有选项都可以通过在绘图窗口点击右键得到。3、常用工具栏、常用工具栏这两条条工具栏是最常用的,几乎所有软件都有的新建打开等工具GaussViewGaussView 教程教程【2】【2】构建分子构建分子这里以构建一个间氟苯乙烷分子间氟苯乙烷分子并从 GaussView 里递交计算为例来说

4、明。1、 开启 Gview2、 双击按钮,选择苯基(第一个),会看到主程序框体中出现苯环在工作窗口单击工作窗口单击,可以看到工作窗口也出现了一个苯环。单击左键,可以将主程序框体中的分子或基团加入到工作窗口;按上下左右键,或者左键单击不放移动鼠标,可以调节分子的角度;滚动鼠标滚轮,可以放大缩小分子;按住 shift 键,左键单击不放移动鼠标,可以移动分子;当工作窗口内有多个分子时多个分子时(在构建大的分子时,这种情况很容易出现)用 Shift+Alt+鼠标左键组合,移动想要移动的分子;用 Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度;双击图标(或者左键不放),在元素周期表中选择【F】元素

5、,回到工作窗 口在苯的任意一个【H】上单击,使之变成【F】双击图标,从链烃库中选择【乙基】(第一个),然后点击间位上的【H】即可至此,分子式已经构建完成,Gview 存储个人常用分子的功能,双击 view 上的图标,在下面的对话框中键入相关项目,保存即可。(注:我的程序此项功能不行,用户自定义基团)查看分子坐标查看分子坐标:单击 Gview 界面的图标,查看分子的坐标。至此,我们保存一下我们构建好的间氟苯乙烷分子,在绘图界面右键单击 【File】【Save】然后选择保存路径即可。GaussViewGaussView 教程教程【3】【3】向向 GaussianGaussian 提交计算提交计算上

6、一讲我们已经构建好了一个间氟苯乙烷分子,现在打开间氟苯乙烷分子。点击 Gview 界面上的【Calculate】【Gaussian Calculate Setup】从对话框中我们可以选择许多参数,下面依次选择一下【Job Type】工作类型:【Energy 能量】|【Optimization 优化】|【Frequency 频率】 |【Opt+Freq 优化频率】|【Scan 扫描】|【Stability 稳定性】|【NMR 核磁】,这里我们选择【NMR】核磁 【Method】方法:每种计算模式都提供了若干种方法,这里选择默认值即可 【Title】题目:这项可以根据自己的项目自行命名 【Link

7、 0】给检查点文件命名 其它选择默认即可 选好后点击【Submit】提交至 Gaussian,并保存。(最好存到安装文件所在磁 盘)系统会询问是否提交至 Gaussian,选择【OK】,Gaussian 会自动开启并计算, 计算时间因硬件配置而异计算完毕后系统会提示关闭 Gaussian,点击【是】计算完毕后会生成两个文件,.log 的是系统日志,便于查看计算结果。这里我 们选择.chk 文件【Ok】接下来我们又一次看到了刚才绘制的那个分子,表面上没什么不同,但这次我 们可以预言它的许多性质了,在 GView 的主界面点击【Results】 【Summary】可以看到刚才的计算总结,点击【View File】可以看到日志文件。因为我们刚才选择计算模式是【NMR】核磁,所以我们点击【Results】 【NMR】,随即我们看到了很熟悉的核磁图谱,但似乎很乱,因为这是所有元素 的核磁谱图,在左下方【Element】右方选择【H】,即 H 谱,旁边 【Reference】选择【TMS HF/6-31G(d)】,这次我们就可以看到间氟苯乙烷分 子理论计算的核磁谱图了。在绘图界面右击【View】【Labels】可以看到每个 H 原子对应场中的位置。

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