曾召--生物医学文献检索2010-4-20

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1、生物医学数字资源 检索与利用,第一部分 检索基本知识介绍,是指以获取文献为目的,科学借助各种检索工具或检索系统,从大量的文献资料中,快速、准确、无重大遗漏地查寻出与特定课题相关的文献资料的过程。,一、几个概念,文献检索,一次文献:也称原始文献,包括期刊论文、研究报告、会议录、专利说明书、学位论文等 二次文献:将一次文献进行收集整理,如索引、目录、文摘等 三次文献:如综述、评论、述评、进展、动态、指南等,检索工具,外部特征题名途径著者途径序号途径引文途径,内部特征 关键词途径 主题途径 分类途径,检索途径,又称情报语言,是一种专门的人工语言,是把信息的存储与检索联系起来,以便取得共同理解、实现交

2、流的语言。检索语言是人与检索系统对话的基础。,检索语言,主题词 关键词 分类语言,(一)主题词,主题词(Subject term)是一些以概念为基础,经过规范化处理,具有组配性能,并能显示词间语义关系和动态性的词和词组,能够用来描述文献主题内容。,常用的主题词表MeSH: 医学主题词表 MeSHAAL:医学主题词注释字顺表英汉对照医学主题词注释字顺表 中国中医药学主题词表中国生物医学文献数据库(CBM)机读版主题词表,(二)关键词(自由词),关键词是指从文章篇名、文摘或正文抽取的,能够表达文献主题并具有实质意义的未经规范化处理的自然语言词汇。,(三)自然语言非受控词的发展趋势,指其中的索引词直

3、接来自所处理的文献本身,使用前未经优选和规范化处理的一种索引语言,即上面所说的非受控词(关键词)指人们平时交际时使用的语言,计算机技术的发展已赋予自然语言新的含义用户可以通过输入一个提问或一串单词(可不用AND、OR等逻辑符号)进行检索,计算机系统会自动忽略禁用词,对有检索意义的词进行分类处理; 系统自动识别一个词的衍生词,并进行检索; 一旦程序识别到重要的检索词及其衍生词,就会在数据库检索这些词,并用特定的算法对检出的记录进行加权和排序。,(四)分类语言,分类语言是按文献内容所属学科、专业性质,以分类号为标识,用来存贮文献和检索文献的一种信息标识系统。常用的分类法有:中国图书馆分类法、国际十

4、进分类法、国际专利分类法等。,以中国图书馆分类法 为例:A 马克思主义、列宁主义、 N 自然科学总论毛泽东思想、邓小平理论 O 数理科学和化学B 哲学、宗教 P 天文学、地球科学C 社会科学总论 Q 生物科学D 政治、法律 R 医药、卫生E 军 事 S 农业科学F 经 济 T 工业技术G 文化、科学、教育、体育 U 交通运输H 语言、文字 V 航空、航天I 文 学 X 环境科学、安全科学J 艺 术 Z 综合性图书K 历史、地理,R1 预防医学、卫生学 R2 中国医学 R74 神经病学与精神病学 R3 基础医学 R75 皮肤病学与性病学 R4 临床医学 R76 耳鼻咽喉科学 R5 内科学 R77

5、 眼科学 R6 外科学 R78 口腔科学 R71 妇产科学 R79 外国民族医学 R72 儿科学 R8 特种医学 R73 肿瘤学 R9 药学,R21 中医预防、卫生学 R22 中医基础理论 R24 中医临床学 R25 中医内科 R26 中医外科 R271 中医妇产科 R272 中医儿科 R273 中医肿瘤学 R274 中医骨伤科,布尔逻辑检索截词检索字段限制检索二次检索全文检索,二、计算机检索基本知识,(一)布尔逻辑检索,常用的布尔逻辑算符有三种:逻辑或 OR +逻辑与 AND *逻辑非 NOT -,逻辑或 (用OR 、+表示),检索式 A OR B 表示包含检索词A的文献或包含检索词B的文献

6、或者同时包含A和B的文献均为命中文献。增加检索主题的同义词与近义词,扩大了检索范围。,2. 检索有关乙型肝炎的文献,1. 检索有关肝硬化的文献,肝硬化,乙肝,OR,肝硬变,OR,乙型肝炎,逻辑与(用 AND、*表示),检索式 A AND B表示文献中同时包含检索词A和检索词B的文献才是命中文献。缩小了检索范围,增强了检索的专指性。,2. 检索中医药治疗高血压的文献,1. 检索胰岛素治疗糖尿病的文献,糖尿病,AND,胰岛素,AND,高血压,(中医 OR 中药),逻辑非(用NOT、AND NOT、-表示),检索式 A NOT B表示包含检索词A同时不包含检索词B的文献为命中文献。排除了不希望出现的

7、检索词,增强检索专指性。使用时要注意,因为它同时排除了有用的文献。,检索不使用胰岛素治疗糖尿病的文献,糖尿病,AND NOT,胰岛素,一个检索式可以使用一个或多个逻辑运算符;括号改变运算次序;先执行括号内的运算,括号有多层时先执行最内层括号的运算,再逐层向外;无括号的情况下,OR、AND、NOT的运算次序,不同系统有不同的规定;同一个布尔逻辑检索式来说,不同的运算次序会有不同的检索结果。,几点注意:,对检索结果的影响,逻辑与逻辑与不能反映文献内容所涉及的多个概念的相对重要性。通常的情况,一篇文献中,部分概念是作者重点阐述的,而另一部分概念则是作者顺带提到的,或者仅仅作为例子出现的。当用AND组

8、配时,很可能产生误检。,基因治疗 查准率大家可以试检一下“狼疮肾炎”,检索基因治疗的文献,基因 AND 治疗 查全率 只要文章同时讨论了疾病基因分析和其它治疗方法(非基因疗法)的文献,都可以同时检出。,逻辑或,有些检索词表达的概念,存在整体与部分的关系。在检索中,这类关系如果处理不好,就不能得到满意的检索效果。一般原则是:如果检索词涉及到表达整体的概念,就要针对具体情况分别列出每一个表达部分概念的检索词,否则将出现漏检。,检索非洲艾滋病发病情况的文献,(非洲 OR南非 OR 津巴布韦 OR 赞比亚 OR 莫桑比克 OR 阿尔及利亚 OR ) AND 艾滋病,非洲 AND 艾滋病,检索非洲传染病

9、发病情况的文献,(非洲 OR南非 OR 津巴布韦 OR 赞比亚 OR 莫桑比克 OR 阿尔及利亚 OR ) AND (传染病 OR 鼠疫 OR 艾滋病 OR 登革热 OR 出血热 OR 霍乱 OR )试检一下肿瘤的治疗,逻辑非,能排除含有由NOT指定的检索词的文献,有助于检索出更准确的文献。如果两个关系紧密的检索词同在一个检索式中,对其中一个使用NOT,会导致含另一个词的文献也被排除。检索不使用胰岛素治疗糖尿病的文献糖尿病 NOT 胰岛素,(二)截词检索(通配检索),截词检索:将检索词在合适的地方截断,凡满足词根的所有字符(串)的文献,都为命中文献。按截词的位置:后截词、前截词、前后截词、中截

10、词四种;按截词的字符数量:有限截词和无限截词两种。有限截词是指明具体截去字符的数量,无限截词是不指明具体截去字符的数量。常用表示无限截词,也有用%、$表示无限截词;用?表示有限截词。,1后截词,后截词是最常用的截词检索技术,是指将截词符号置放在一个字符串右方,以表示其右的有限或无限个字符不影响该字符串的检索。从检索性质上讲,后截词是前方一致检索。,chondrop* 这是一个无限后截词的例子。数据库中凡前8个字母为chondrop的所有单词均满足条件,可检出的词汇有: 1.chondroplast 2.chondroplastic 3.chondroplasty 4.chondroporosi

11、s 5.chondroproteid 6.chondroprotein 截词检索具有隐含的OR运算特性,chondrop*相当于l OR 2 OR 3 0R 4 OR 5 OR 6 OR ,herb? 这是一个两个字符有限截词检索的例子,该表达式可检出的词汇有:herb,herbal,herbs,;但不能检出下述词汇:herbalist,herbicide,herbivore,herbivorous,,后截词的应用,词的单复数,如book?,potato?年代,如198?(80年代),19?(20世纪)具有相同根词的词,如上面所举的例子使用后截词,有可能检出无关词汇!尤其是使用无限后截词时,所

12、选词干不能太短,否则将造成大量误检,或是发生溢出,导致检索失败。,2前截词,前截词是将截词符号置放在一个字符串左方,以表示其左的有限或无限个字符不影响该字符串的检索。从检索性质上讲,前截词是后方一致检索。*acid 这是一个无限前截词的表达式,可检出acid,triacid,但不能检出acidic,acids,前截词同后截词一样,存在隐含OR运算。,3前后截词,前后截词是将两个截词符号分别置放在一个字符串右方和左方,以表示其右方和左方的有限和(或)无限个字符不影响该字符串的检索。从检索性质上讲,前后截词是中间一致检索。*relation? 这是一个前方无限、后方有限截词同时使用的例子,4中截词

13、,中截词是把截词符号置放在一个检索词的中间。从检索性质上讲,中截词是前后方一致检索。一般地,中截词仅允许有限截词。英语中有些单词的拼写方式有英式、美式之分,有些词则在某个元音位置上出现单复数不同,如:man与men,woman与women等检索时可写成: m?n wom?n,(三)字段限制检索,字段检索是将检索词限制在记录中某一字段的检索方法。检索字段通常分为表示文献内容特征的:如题名、主题词、关键词和文摘;表示文献外部特征的:如作者、文献类型、语种、出版年。每个字段都有一个用两个字母表示的字段代码。不同的检索系统所设立的字段是不同的,即使同一字段,也可能采用不同的字段代码。,(四)二次检索,

14、二次检索是先检出一部分文献,在此结果基础上,再用逻辑符号与其它检索词组配做进一步检索,从而提高查全率和查准率。,(五)全文检索,也称原文文献检索。是指利用计算机直接对原文检索,在全文资料中找出所需要的单字、词语或特定字串,检索结果所反馈的也是原文的全文。,明确检索需求及检索目标选择数据库分析课题,确定检索词 编制检索式 随时调整检索策略 输出检索结果,计算机检索的基本步骤,(一)明确检索需求及检索目标,查找文献的学科范围所需的文献类型达到的目的:查准、查全、最新动态、研究进展等。,(二)选择数据库的原则,1根据检索目的确定数据库的类型统计数据数值型 疾病诊断标准指南类文摘书目型 原文全文2根据信息需求的内容、专业范围选择数据库专业性较强专业数据库或专题文档内容分布广泛或交叉学科综合库或同时检索多个不同库,3数据库记录的来源亦是选择数据库的条件之一来自期刊、报纸或是会议资料、学会论文、科技报告等,有时还需考虑是否容易得到原始文献4几个数据库内容交叉、重复率较高时,首选熟悉的数据库5费用低或无需付费的数据库也是我们的选择,

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