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1、肠道微生物研究进展,研究方向：动物营养与饲料科学消化道微生物 石河子大学 ,The discovery of microorganisms,The first person to Antony van Leeuwenhock (1632-1723)吕文虎克 Accurately observe and describe microorganisms,The history of Microbiology,Louis Pasteur working in his laboratory,Louis Pasteur (1822 1895),Pasteur (1857) demonstrated th
2、at lactic acid fermentation is due to the activity of micro-organismsPasteur (1861) conflict over spontaneous generation birth of microbiology as a sciencePasteur (1881) developed anthrax（炭疽） vaccinePasteurization,Pasteurs contributions（巴斯德贡献）,发现并证实发酵是由微生物引起的 彻底否定了“自然发生”学说：曲颈瓶试验 免疫学预防接种：狂犬疫苗 巴斯德消毒法：
3、60-65作短时间加热处理，杀死有害微生物,Robert Koch in his laboratory,The recognition of microbial role in disease,Robert Koch (1843 1910),The discovery of microbial effects on organic and inorganic matter,The Russian microbiologist Winograsky discovered that soil bacteria could oxidize iron, sulfur and ammonia to ob
4、tain energy, and also isolated nitrogenfixing bacteria. Beijerinck made fundamental contributions to microbial ecology. He isolated Azotobacter（固氮菌） and Rhizobium（根瘤菌）.,Alexander Fleming (1881-1955),Alexander Fleming discovered the antibiotic penicillin. He had the insight to recognize the significa
5、nce of the inhibition of bacterial growth in the vicinity of a fungal contaminant.,抑菌试验,Our world is populated by invisible creatures too small to be seen with the unaided eye. These life forms, the microbes or microorganisms, may be seen only by magnifying their image with a microscope.,Branches of
6、 Microbiology,Bacteriology,Protozoology,Parasitology,Microbial Morphology,Mycology,Virology,Phycology or Algology,Microbial physiology,Microbial taxonomy,Microbial genetics,Molecular biology,Microbial ecology,一、概念,微生物参与一些有机物和无机物的变化（如自然界中发生的发酵，碳、氮和硫的循环）； 微生物的研究：显微镜，分离和纯培养；分子生物学； 微生物对其他生物和人类健康产生影响。,微生
7、物是一类繁殖快、分布广、体形微小、结构简单、肉眼看不见，必须借助于光学显微镜或电子显微镜放大数百倍、几千倍甚至几万倍才能看清的微小生物。,第一节 微生物概述,二、根据结构特点分为三种类型,1非细胞型微生物：病毒属此类，最小，无细胞结构，须在活细胞内增殖。 2原核细胞型微生物：细菌、放线菌、螺旋体、支原体、立克次氏体和衣原体属。此类仅有核质，无核膜和核仁，缺乏完整的细胞器。 3真核细胞型微生物：真菌和原虫属此类。细胞核有核膜、核仁和染色体，胞浆内有完整的细胞器。,微生物的分类系统,原核生物界（Procaryotae） （1）光能营养原核生物门 （2）化能营养原核生物门 真核微生物（Eucaryo
8、tic microbes）真菌 (Fungus)原虫 (Protozoa) 病毒（Virus）,艾滋病毒 SARS 病毒 传染性软疣病 水痘病毒,蘑菇 孢子囊 灰指甲 瘤胃原虫Ophryoscolex,细菌 人体细菌 划线分离 细菌感染,三、微生物的分布,广泛分布于自然界中，无论是高山平原、江河湖海、动植物体内外，乃至一般生物无法生存的臭氧层、海洋底和岩芯中，都有微生物存在。,第二节 肠道微生物概述,一、概述： 肠道微生物：超过99%是细菌，数量约为1011个，5001000个种类。包括97%严格厌氧菌和3%需氧菌。,肠道微生物数量,肠道微生物数量（1012-1014）体表面积微生物数量=10
9、*人体细胞数目（1011个） 微生物基因数量=100*人体基因数量（3.5万个）,瘤胃微生物,主要包括细菌，真菌和原生动物，此外还有少数的噬菌体 瘤胃中的细菌：占瘤胃生物量的50%80%，1011-1012个/ml 真菌：103105个游动孢子/mL。生活周期约2432小时 原虫：105106个/mL，大小40200m,肠道菌群的数量分布,螺杆菌,消化链球菌属,肠细菌,放线菌,牛棒杆菌,The tip of the diversity iceberg,可培养微生物,不可培养微生物(16S rRNA gene diversity),二、肠道微生物的功能,1.维持肠道微生态平衡 平衡失调：生产性能
10、下降和发病。 正常情况下：厌氧菌为优势种群，占99%以上。主要包括拟杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌、优杆菌等；需氧菌及兼性厌氧菌只占1%。 2.生物夺氧 需氧微生物，特别是芽胞杆菌消耗肠道内的氧气，形成厌氧环境，有利于乳酸杆菌等有益微生物生长，抑制有害需氧菌和兼性厌氧菌的增殖，防止发病。,3.生物颉颃作用 有益微生物与病原微生物产生颉颃作用。抑制病原微生物粘附到肠粘膜上皮细胞上，随粪便排出体外。 4.增强机体免疫功能 提高抗体水平和巨嗜细胞的活性，刺激免疫、激发机体体液免疫和细胞免疫，增强机体的免疫力和抗病力。 5.产生营养物质 有益微生物可产生淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶和纤维素酶等，降解饲料中蛋白质、
11、脂肪和复杂的碳水化合物。有益微生物能产生各种营养物质，如维生素、氨基酸、未知促生长因子等，参与机体新陈代谢，可促进动物生长和提高生长性能。,根据功能分为三类,三大类：有益菌、有害菌和中性菌。机体健康与肠道内益生菌群结构息息相关。肠道菌群中不同种类之间，菌群与宿主之间，菌群、宿主与环境之间始终处于动态平衡状态，宿主表现为不致病。 研究指出，体魄强健的人肠道内有益菌的比例达到70%，普通人则是25%，便秘人群减少到15%，而癌症病人肠道内的益生菌的比例只有10%。,肠道微生物多样性,三、影响肠道菌群的主要因素,四个方面： 1）机体因素（肠道的酸碱性，胆汁及消化酶的分泌，肠道的蠕动，肠道黏液的分泌，
12、肠道表皮的脱离等）及环境因素（压力，出差等）。 2）食物（可消化的食物与不可消化的纤维，药物等）。 3）细菌自身因素（细菌的黏附能力，繁殖能力，营养需求量，抗消化酶能力等）。 4）细菌之间的相互作用（营养竞争，相互抑制作用，协同作用等）。,显微镜下的微观世界,瘤胃原虫,Fungus,Yeasts,放线菌,第三节 现代微生物学研究,微生物学的认知,Herbivores 70% of dietary energy can be from microbial fermentation,cf. Humans 10%,Hungate roll tube,The tip of the diversity
13、iceberg,可培养微生物,不可培养微生物(16S rRNA gene diversity),分子生物学技术,核酸探针检测技术 荧光原位杂交( FI SH )技术 限制性片段长度多态性标记RFLP 随机扩增多态性标记RAPD 聚合酶链式反应及相关技术 反转录PCR技术(RT -PCR) 竞争PCR (c-PCR) AFLP标记 RAP- PCR 电泳分离及其显示方法 溴乙锭(EB)染色方法 聚丙烯酰氨凝胶电泳(PAGE分离)银染方法 变性梯度凝胶电泳(DGGE) 基因重组技术 基因芯片技术,16S rDNA PCR,1 kb,16S rRNA,5S rRNA,23S rRNA,tRNA-Gl
14、u,1 2 3 4 5 6 7 8 9,DNA,Extraction of nucleic acid and amplification of 16S rRNA genes,DNA/RNA-targeted molecular analysis of bacterial communities,DGGE, TGGE, RFLP, t-RFLP, SSCP,Cloning,Sequencing,Identification,Phylogenetic analysis,Fingerprinting:,DNA-targeted DGGE analysis,M 1 7 16 28 67 118,Ran
15、gel-Castro et al. 2005 Env Micro 7, 544-552.,DGGE profiles of the major ciliate bands retrieved (1, 2, 3, 4, 5 and 6) and different bands done (A, B, C and D) present in the rumen of four goats at the different time (0, 2, 4 and 8 h) which were treated by saponin and the same diet.,Denaturing gradient gel electrophoresis profiles of methanogens (30% to 70% gradient). *a-g in gel represented the different species after receiving the gypenoside.,Unidentified clones,McCaig et al., 1999 AEM 65, 1721-1730,Cotton-degrading/ non-degrading R. flavefaciens strains,
