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1、俞鸿,Pajek在蛋白质相互作用网络上的简单应用,上海生咨生物科技有限公司 ,PAJEK,大型复杂网络分析工具，是用于研究目前所存在的各种复杂非线性网络的有力工具。 Pajek在Windows环境下运行，用于带上千乃至数百万个结点大型网络的分析和可视化操作。 对于非商业用途免费 推荐参考资料 官方下载的Pajek Reference Manual 网友翻译整理后的参考手册（百度文库） Pajek操作手册（百度文库）,http:/vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/,主要特点,计算的快速性 可视化 抽象化,处理大型网络的途径,Pajek数据对象,Vect
2、ors .vec,Permutations .per,Hierarchies .hie,Clusters .cls,Networks .net,01,Partitions .clu,02,04,05,06,03,Data objects,Pajek Project File .paj,软件界面,Networks .net文件,最基本也是最重要的数据类型 定义结点和边,*Vertices 4 1 “a“ 2 “b“ 3 “c“ 4 “d“ *Arcs 1 2 2 3 4 3 *Edges,四个节点 a,b,c,d两条有向边一条从节点1指向节点2，权值为2，第二条表示从节点3指向节点4，权值为3若
3、该边写在*Edges行下，则为无向边,createpajek.exe 将.xls文件转换成.net文件 txt2pajek.exe 将text文件转换成.net文件,转换工具,Partition - .clu文件,*Vertices 4 1 1 2 3 3 2 4 1,各个节点的不同特性将其人为地分为若干个类,Options-Colors-Partition Colors-for vertices,Vector .vec文件,每个节点的数字化定义,上机练习1,Twork.xls是来自于蛋白质相互作用实验的数据,Net文件创建,1.通过createpajek将excel表转换成为.net文件,2
4、. 用pajek打开生成的.net文件,导入.net文件,将子网络分成不同的Partitions,3. 根据不同的子网络分析不同的Partitions Network-Create Partition-Components-Weak Minimum Size设为1,采用Draw- Network + First Partition显示结果，不同的子网络就变成不同的partition, 用不同的颜色显示,4. 使用图形窗口Layout-Energy-Kamdam-Kawai-Separate Components 可分开子网络,可用主窗口中的Operations-Network+Partitio
5、n- Extract SubNetwork提取出子网络,网络排布和子网络提取,连接度计算和显示,5. 用 Network-Create Partition-Degree-All 计算连接度 用Network-Create Vector-Centrality-Degree-All 计算连接度 用Draw-Network+ First Vector显示,顶点随数值增大而增大,根据连接度分层排列,Network-Create Partition-Degree-All,Draw-Network+ First Partition,Layers-In y direction,主窗口,图形窗口,导出计算结果
6、,6. 导出计算结果,Save as 进行保存,接近中心性(closeness centrality),通过计算节点与网络中其他所有节点的距离的平均值来消除特殊值的干扰.一个节点与网络中其他节点的平均距离越小, 该节点的接近中心性就越大.,节点vi 到网络中其他节点的平均最短距离:,Create Vector-Centrality-Clossness-All,Draw-network+first vector,介数中心性(betweenness centrality),最短路径介数中心性(shortest path BC), 它认为网络中所有节点对的最短路径中(一般情况下一对节点之间存在多条最
7、短路径), 经过一个节点的最短路径数越多, 这个节点就越重要. 介数中心性刻画了节点对网络中沿最短路径传输的网络流的控制力.,Create Vector-Centrality-betweenness,HITs 算法,HITs 算法赋予每个节点两个度量值: 权威值(authorities)和枢纽值(hubs). 权威值衡量节点对信息的原创性, 枢纽值反映了节点在信息传播中的作用.,Network-Create Vector-Centrality-Hubs-authorities,Partition Clusters:1 - Authority2 - Authority and Hub3 - Hub,K-Core分解,Network-Create Partition-k-Core-All,两个顶点之间的最短距离,一条最短路径,Create New Network-Subnetwork with PathsOne Shortest Path between Two Vertices,全部最短路径,Create New Network-Subnetwork with PathsAll Shortest Paths between Two Vertices,上机练习2,从cytoscape导出人的相互作用数据并进行重要节点挖掘,THANKS,谢谢聆听,
