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1、单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式*1第五章 序列的同源性比较及分子系统学和分子进化分析苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务 相似性和同源性关系序列的相似性和序列的同源性有一定的关 系，一般来说序列间的相似性越高的话 ，它们是同源序列的可能性就更高，所 以经常可以通过序列的相似性来推测序 列是否同源。正因为存在这样的关系，很多时候对序 列的相似性和同源性就没有做很明显的 区分，造成经常等价混用两个名词。所 以有出现A序列和B序列的同源性为80 一说。苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项
2、目路演文档企业文化建设操作实务 序列相似性比较和序列同源性分析序列相似性比较：将待研究序列与DNA或蛋白质序列库 进行比较，用于确定该序列的生物属 性，也就是找出与此序列相似的已知 序列是什么。完成这一工作只需要使 用两两序列比较算法。常用的程序包 有BLAST、FASTA等苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务序列同源性分析：将待研究序列加入到一组与之同源 ，但来自不同物种的序列中进行多 序列同时比较，以确定该序列与其 它序列间的同源性大小。这是理论 分析方法中最关键的一步。完成这 一工作必须使用多序列比较算法。 常用的程序包有CL
3、USTAL等苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务 Blast程序BLAST 是一个基于序列相似性的数据库 搜索程序。是“局部相似性基本查询工具 ”(Basic Local Alignment Search Tool)的 缩写。 Blast 是一个序列相似性搜索的程序包， 其中包含了很多个独立的程序，这些程 序是根据查询的对象和数据库的不同来 定义的。苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务Blast程序的选择Blast 是一个序列相似性搜索的程序 包，其中包含了很多个独立的程
4、序 ，这些程序是根据查询的对象和数 据库的不同来定义的。苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务程序名查询查询 序列数据库库搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸数据库库中的序 列Blastp蛋白质质蛋白质质蛋白质质序列搜索逐一蛋白质质数据库库中 的序列Blastx核酸蛋白质质核酸序列6框翻译译成蛋白质质序列后和 蛋白质质数据库库中的序列逐一搜索 。Tblastn蛋白质质核酸蛋白质质序列和核酸数据库库中的核酸序 列6框翻译译后的蛋白质质序列逐一比 对对。TBlastx核酸核酸核酸序列6框翻译译成蛋白质质序列，再 和核酸数据库库
5、中的核酸序列6框翻 译译成的蛋白质质序列逐一进进行比对对 。主要的blast程序苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务Blast资源主站点：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/(网络版)ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/ (单机版)苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务其他站点：http:/ Blast结果Blast结果会列出跟查询序列相似性比较高 ，符合限定要求的序列结果，根据这些结 果可以获取以下一些信息。查询序
6、列可能具有某种功能查询序列可能是来源于某个物种查询序列可能是某种功能基因的同源基因苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务 Blast的版本网络版本NCBI在内的很多网站都提供了在线的blast 服务，是最经常用到的blast服务。优点：方便，容易操作，数据库同步更新 等优点。缺点：不利于操作大批量的数据，同时也 不能自己定义搜索的数据库苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务单机版通过NCBI的ftp站点获得。获得程序的同 时必须获取相应的数据库才能在本地进 行blast分析。
7、优点：可以处理大批的数据，可以自己定 义数据库，缺点：需要耗费本地机的大量资源，此外 操作也没有网络版直观、方便，需要一 定的计算机操作水平。苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务Blast程序评价序列相似性的两个数据Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打 分，这是对各对氨基酸残基（或碱基） 打分求和的结果，一般来说，匹配片段 越长、 相似性越高则Score值越大。E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸 残基（或碱基）随机排列的序列进行打 分，得到上述Score值的概率的大小。E 值越小表示随机情况下得到该Score值的
8、可能性越低。苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务 NCBI提供的Blast服务登陆ncbi的 blast主页核酸序列蛋白序列翻译序列还有其他一些针对特 殊数据库的和查看以 往的比对结果等苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务Blast任务提交表单（一）1.序列信息部分填入查询（query）的序列序列范围 （默认全部 ）选择搜索数据库如果接受其他参数默认 设置，点击开始搜索苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务Bla
9、st任务提交表单（二）设置搜索的范围，entrez关键词 ，或者选择特定物种2.设置各种参数部分一些过滤选项，包括简 单重复序列，人类基因 组中的重复序列等E值上限窗口大小如果你对blast的命令行选项熟悉的话，可以在这里加入更多的参数苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务Blast任务提交表单（三）3.设置结果输出显示格式选择需要显示的选项 以及显示的文件格式显示数目Alignment的显 示方式筛选结果E值范围其他一些显示格式参数点击开始搜索苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设
10、操作实务 提交任务返回查询号（request id）可以修改显示结果格式修改完显示格式后点 击进入结果界面苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务结果页面（一）图形示意结果苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务结果页面（二）目标序列描述部分带有genbank的链接，点击可以进入 相应的genbank序列匹配情况，分值，e值苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务结果页面（三）详细的比对上的序列的排列情况苏教版初三语文广告
11、多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务一个具体的例子（blastp）假设以下为一未知蛋白序列 query_seqMSDNGPQSNQRSAPRITFGGPTDSTDNNQNGGRNGARPKQRRPQGLPNNTASWF TALTQHGKEELRFPRGQGVPINTNSGPDDQIGYYRRATRRVRGGDGKMKELS PRWYFYYLGTGPEASLPYGANKEGIVWVATEGALNTPKDHIGTRNPNNNAAT VLQLPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRGNSRNSTPGSSRGNSPARM ASGGGETA
12、LALLLLDRLNQLESKVSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPRQK RTATKQYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQDLIRQGTDYKHWPQIAQFAPSAS AFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYHGAIKLDDKDPQFKDNVILLNKHIDAYKTFPP TEPKKDKKKKTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADMDDFSRQLQNSMSGASA DST QA我们通过blast搜索来获取一些这个序列的 信息。苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务具体步骤1.登陆blast主页 ht
13、tp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务分析过程（一）1.登陆ncbi的blast主页2.选择程序，因为 查询序列是蛋白序 列可以选择blastp ，点击进入也可以选择tblastn作为演示， 我们这里选blastp苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务分析过程（二）3.填入序列（copypaste） Fasta格式，或者纯序列4.
14、选择搜索区域，这里我们要 搜索整个序列，不填5.选择搜索数据库，这里我们 选nr(非冗余的蛋白序列库)。是否搜索保守区域数据库（ cdd），蛋白序列搜索才有。 我们选上苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务分析过程（三）6.限制条件，我们限制 在病毒里面找。7.其他选项保持默认值打分矩阵苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务 分析过程（四）8.输出格式选项保持 默认值9.点击开始搜索苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作
15、实务分析过程（五）10.查询序列的一些 相关信息在cdd库里面找 到两个保守区域 ，点击可以进入苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务分析过程（六）图形结果苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务分析过程（七）匹配序列列表苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务 分析过程（八）具体匹配情况苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务 其他的序列相似性搜索工具FastA
16、FastA算法是由Lipman和Pearson于1985年 发表的（Lipman和Pearson，1985）。 FastA的基本思路是识别与代查序列相匹 配的很短的序列片段，称为k-tuple。以下链接是EBI提供的fasta服务。http:/www.ebi.ac.uk/fasta苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务帮助信息各个参数选项填入搜索序列苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务多序列比对及Clustal的使用苏教版初三语文广告多棱镜专题课件证券投资的技术分析理论服务型机器人项目路演文档企业文化建设操作实务多序列比对的意义用于描述一组序列之间的相似性关系 ，以便了解一个基因家族的基本特 征，寻找motif，保守区域
