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1、第三章 关键词或词组为基础的 数据库检索生物信息学检索数据库的方法 u 用关键词或词组进行数据库检索(Text-based database searching)u 用核苷酸或蛋白质序列进行数据库检索(Sequence-based database searching)Gene nameAuthorAccession numberDatabase关键词或词组为基础的数据库检索关键词名词、描述性词、词组序列注册号 (Accession number)检索体系EntrezSequence Retrieval System (SRS)Integrated database retrieval sys
2、tem (DBGET)Trends in Biotechnology 1998, 16 (supplement 1):3- 5.检索须知（1）u 连接词 AND, OR, NOT（Boolean operators）rice AND enzyme (AND为缺省值，可略去)rice AND enzyme NOT kinase retrotransposon OR retroelement注意事项：1、AND, OR, NOT must be entered in UPPERCASE2、Boolean operators are processed in a left-to-right sequ
3、enceg1p3 AND (response element OR promoter)g1p3 AND response element OR promoter3、The order can be changed by enclosing individual concepts in parentheses (processed first)PubMed157100 records 1 record u 用引号将两个单词组成一个词组16S RNA = 16S AND RNA “16S RNA”pseudopod* =pseudopod OR pseudopodia OR pseudopodiu
4、m 检索须知（2）Nucleotide 16S RNA “16S RNA”260659 sequences 1811182 sequences exact matchu wild card, *, 放在单词后使检索范围扩大，但 专一性降低1. Entrezhttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/NCBI 的检索体系优点：三种检索体系中最容易操作的体系 缺点：检索范围有限Entrez HelpEntrez可对8大类38个数据库进行检索Scientific literatureNucleic Acids Research 2007, 35:D5D12Entrez可对8大
5、类38个数据库进行检索Sequence, Structure, ExpressionEntrez系统中数据库之间的连接NCBI主页选择“All Databases”或Entrez主页 ，输入关键词各个数据库中检索到的信息数量点击相应数据库查看信息目录， 每一条信息与其它数据库的相关 信息链接检索方法（1）：跨库检索 (cross-database search)检索方法（2）：选择数据库检索NCBI主页选择数据库，输入关键词检索到的信息目录，每一条信息 与其它数据库的相关信息链接查看信息内容Refining Your Search 查询Resistin基因的序列不是想要的结果！如何精简？Ref
6、ining Your Search Watson J AU 1953 DP nature TAPubMed search fields查询人resistin基因的序列resistin protein name human organism Refining Your Search NucleotidehumanORGN AND 50SLEN:60SLEN AND 1999MDAT Refining Your Search Aim: Find all human nucleotide sequences with D-loop annotations. 不同数据库的Search fields不同
7、，详见Limits选项！j mol evolJOUR AND drosophilaORGN D-loopFKEY AND humanORGN Aim: Find all human protein sequences with lengths between 50 and 60 amino acids that were entered into the database during 1999. Aim: Find Drosophila population studies published in the Journal of Molecular Evolution2. SRS (Sequ
8、ence Reterieval System)http:/srs.ebi.ac.uk/HelpEuropean Bioinformatics Institute (EBI) 的检 索体系优点：检索面宽 缺点：操作复杂17大类194个数据库与 SRS 体系相连uLiterature, Bibliography and Reference databases uNucleotide sequence databases uUniprot Universal Protein Resource uOther protein sequence databases uDeprecated Protein
9、Databases uNucleotide related databases uProtein function databases uProtein structure databases uEnzymes, reactions and metabolic pathway databases uMutation and SNP databases uGene ontology resources uBiological Resources Catalogues uMapping databases uOther databases uUser owned databases uApplic
10、ation result databases uEMBOSS result databases检索方法（1）：快速检索(Quick search)v 操作简单，检索数据库有限v 适用于目标明确的检索在SRS主页选择检索类别，输入关键词检索到的信息目录，每一条信息 与其它数据库的相关信息链接查看信息内容检索方法（2）：高级检索(advanced search)v 操作稍微复杂，可以检索所有数据库v 适用于范围广泛的检索在SRS主页点击“Library Page”在“Library Page”网页选择数据库， 然后点击“Query Form”在“Query Form”网页输入关键词检索检索到的信息
11、目录，每一条信息 与其它数据库的相关信息链接3. DBGET (Integrated database retrieval system)http:/www.genome.jp/dbget/日本GenomeNet的检索体系优点：与 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG) database 相连操作较SRS简单缺点：检索面较 SRS 窄DBGET与41个数据库相连DBGET检索体系中数据库之间的连接检索方法（1）：单库检索（basic search）在DBGET主页选择一个数据库输入关键词检索查看检索到的信息目录查看信息详细内容检索方法（2）：
12、跨库检索 （LinkDB）在DBGET主页点击“LinkDB”在查询网页选择数据库输入关键词检索（ 数据库：编号）结果不是总能得到你所需要的信息u 关键词的使用retrotransposonretro-transposonu 数据库所包含数据的多少和范围u 不同的数据库包含内容有限u 关键词的拼写错误4、上机操作1、查找与水稻抗病基因Xa21 (包括全长CDS)有关的资料:（1）该基因由多少碱基构成？编码多少个氨基酸？（2）指出该基因exon和intron的位置（3）Xa21蛋白是否有3-D structure数据2、查找线虫(Caenorhabditis elegans)基因组的资料：（1）chromosome I的测序是否已完成？（2）已知的chromosome I的序列有多少碱基？序列发表 在哪份杂志上？期号和页码？3、查看拟南芥(Arabidopsis thaliana)的系谱关系(lineage).4、检索我校在2010年1月发表的科研论文5、熟悉SRS和DBGET检索体系
