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1、网络药理虚拟筛选方法简介刘 培2013-2-25什么是网络药理学？v从系统生物学和生物网络平衡的角度阐释疾病 的发生发展过程；v从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度认识 药物与机体的相互作用并指导新药发现。 在高通量组学数据分析、计算机模拟计算及 网络数据库检索的基础上，进行生物网络的 构建及分析，进而进行药物作用机制的研究 及创新药物的发现2网络药理学的研究思路v思路一：根据公共数据库和公开发表的已有 数据，建立特定药物作用机制网络预测模型， 预测药物作用靶点/机制，从生物网络平衡的角 度解析药物作用的药理学机制； v思路二：利用各种组学技术以及高内涵/高通 量技术，观察药物对模型( 分子、
2、细胞、组织 或/和动物) 的作用或模型对药物的作用，针对 所产生的大量数据，采用生物信息学的手段分 析和构建药物-靶点-疾病网络，建立预测模型 ，进而解析所研究药物的网络药理学机制。3虚拟筛选步骤v一、准备待筛选分子v二、靶点筛选v三、通路筛选v四、网络药理图4一 、准备备待筛选筛选 分子Chembiooffice2008以上版本作图图，文件格式须为须为 sdf5二、 靶点筛选筛选http:/59.78.96.61/pharmmapper/点击此处上传分子结构，每次只能投入1个分子结构6Jod ID是下载 结果的“密码”7下载结果8Fit为为分子和靶点的匹配 度，越高代表越匹配。靶点名称与人类
3、类相关的靶点代码码9三 、通路的筛选筛选将前面工作中得到的与人类相关的靶点代码全部换成 类似于P00517 的形式，以投入博奥数据库得到与靶点相 关的通路。以靶点PDPK1_HUMAN 为例： http:/www.uniprot.org/此为蛋白编号 靶 点 蛋 白 名 称 10将得到靶点编号投入到博奥数据库 http:/ 与人类类相关的12靶点填于此处1314靶点-通路一般选择选择 p值值 小于0.01的通 路15将选择选择 的靶点在uniprot上查查的蛋白名称16四、网络药络药 理图图将化合物对应对应 靶点，靶点对应对应 通路于同一EXCELL中。 注意：要做成两列即： 化合物靶点靶点通
4、路然后将表格导导入Cytoscape软软件（官方下载载地址： http:/cytoscapeweb.cytoscape.org/ ），也可使用其他作图软图软 件。17点击对形状和背景进行更改节 点连线背景18为了方便对图进 行编辑和更改，我们可以导入attributes。令通路等于2，化合物名称等于3。可在此处专一的 对化合物、靶 点。通路进行更 改颜色19也可以专一性的 进行形状的更改20网络药络药 理学与实验实验 相关的环节环节v基于实验结果构建网络所需基本数据的获取v对所建立的网络预测模型进行实验验证目前网络药理学研究在实验研究水平所涉及的相关技术除了组学( 基因组、蛋白质 组、代谢组和糖组等) 技术外，主要包括3 个方面:高通量/高内涵技术、双高通量基因 表达检测技术和分子相互作用技术。感谢南开大学药物化学生物 学国家重点实验室白钢教授 及其团队指导帮助！感谢聆听！感谢聆听！
