《黑客帝国》哲学思想淋漓尽致的剖析哲学,神学,无神论都在《黑客帝国》里有浓重的表现.诺斯替教的教徒也会注意到很多相关的主题.还有很多内容涉及印度教,佛教,道教和基督教,还蕴含启蒙,涅盘,重生的概念.对印度教和佛教的深度涉及包括自由意志对抗命运,还在电影的配乐中使用印度教的颂歌,理念,虚幻(Maya), 因果报应(Karma)和自然存在的多种观点.<黑客帝国> 以很多方式解析真实 ,超现实,还有人的观点是,实质的,物理的世界才是虚幻.一些基督教自由主义者说我们正生活在这样的世界,离开这个世界的方法就是被教化,启蒙.他们相信达到启蒙的人有亚伯拉罕(相传为希伯来人的始祖),摩西(《圣经》故事中犹太人古代领袖),施洗约翰,耶稣和穆罕默德(伊斯兰教创始人).他们认为电影中 Neo,Morpheus 和Cypher 对应圣经新约中的耶稣,施洗约翰和犹大.这些基督教自由主义者相信黑客帝国和现实唯一的区别是,外部世界应该是天堂而不是电影中描述的黑暗的世界.现在有许多书和网站探讨黑客帝国哲学.其中最主要的探讨是这个问题:我的世界是真实的还是虚拟的?这个问题也因为其他电影而提出,比如 eXistenZ 和 The Thirteenth Floor(都和《黑客帝国》同年发行,但在票房和受注意度都不及《黑客帝国》).还有相似的电影,The Truman Show(楚门的世界)和 Abre los ojos(翻拍为 Vanilla Sky).这个学说还被哲学家 Nick Bostrom 升级,写成（你生活在一个电脑世界吗 ?） 《黑客帝国》以相似的文学精度跟随的所有阶段,甚至包括周游,大战发生于地下这样的细节,甚至三个头的永生敌人(电影中三个特工).先知的角色类似古希腊神话中的先知角色.细致的说,她对 Neo的警告十分类似神话中先知给斯巴达王 Leonidas 在塞莫皮莱大战前的警告.在希腊神话中,她警告 Leonidas 说,那么他的城市被毁灭 ,要么一个斯巴达国王必须死去,所以 Leonidas 必须选择自己的生命或是整个城市的命运.深远的说,如果 Neo 选择救自己的命,Smith 就能从Morpheus 那里得到进入 Zion 城的密码,那 Zion 就会毁灭.所以,根本上说,Neo 的选择和 Leonidas 一样:他自己的生命,或是整个城市的命运.《黑客帝国》背后的观点基于哲学的认识论,比如柏拉图的洞穴理论和笛卡尔的<第一哲学沉思录 >.在一个唯我论的著名的实验中,物体只是缸中之脑;《黑客帝国》里,Neo 是被装在营养皿中.是否选择红药片,接受真实的选择类似上世纪 70 年代的一个美国哲学家罗伯特·诺兹克(Robert Nozick)设想的一个实验 .后现代思潮在电影中也有重要的地位.在电影开头,Neo 藏非法软件的书是法国哲学家让·鲍德里亚(Jean Baudrillard)的<模仿和拟像>(Simulacra and Simulation),这部作品描述了基于拟像的超现实体验.人们往往用鲍德里亚的哲学来论证<黑客帝国>是对现代商业化,媒体化社会的寓言.《黑客帝国》的两个天才编剧兼制片，沃卓斯基兄弟，本就是哲学爱好者。
他们在一共三集的影片中，浅尝辙止地描述了他们的一些超现代哲学思想1 ，意识的运作机制和独立存在的形态 这点需要很多科学的研究和实践来支持沃卓斯基兄弟的幻想其实，在他们之前，关于意识移植、上传和下载的想象，在多部好莱坞电影里都已司空见惯 关键在于科学研究需要破解人类基因的运作机制人类基因的研究结果已经证明，人类的性格和智力还有欲望等，都是可以遗传的意识的运作机制，肯定是通过生物电的形式来进行，决定这种生物电（或电场）的基本功能的，就是人体的功能细胞；而人体的功能细胞是通过基因来决定其分化方式的所以一旦破解了这些运作机制，科学就可以模拟人类意识的运作，达到移植和在电脑中虚拟感知体系的目的 道路仍然很漫长但是我们可以想象得到，生物电脑――也就是通过细胞技术来交换、存储信息的电脑，将会在本世纪内发明那时生物电脑的庞大记忆和运作功能，将会代替人的神经系统承担意识运作的物质环境 Matrix 的现实平台，也许在 2050 前就可以出现 在电影的 Matrix 里，人的意识就是一个程序是一个受控于Matrix、由 Matrix 之父（一个巨型电脑）编写的程序但是脱离于电影之外，生物电脑是否可以真实模拟人的“原意识”？如果可以的话，人就可以很真实地存在于虚幻世界当中了。
2 ，个人英雄主义 个体人构成了社会，个体人的力量，到底能够充分发挥到什么境界呢？“ The One”，英文就是救世主的含义，这也是沃卓斯基兄弟对终极个人英雄主义的幻想 个人英雄主义是美国文化的典型特征美国总统的无边权力以及个人学识和魅力，对美国数百年的历史文化发展起到了无可匹敌的推动作用好莱坞影片更是处处宣扬着个人英雄主义， 《黑客帝国》也不例外，主人公尼欧，在战斗中学习了强大的虚拟现实中的黑客技能，到最后，他在真实世界中也拥有了战胜特工和乌贼的超能力尼欧就是“The One” ，这也是墨菲斯、崔妮蒂他们深信不疑的 个人英雄主义就是美国人的一个信仰：总会有人出来搭救这个世界的 －－当然我们也不要忘记，团队精神，也就是个人英雄主义的对立面，它也是美国文化非常强调的一种精神 相比之下，中国传统的哲学精神，不管是中庸或无为，都是强调个人的修身，这种精神也许永远无法让人获得在关键时刻挺身而出的勇气正如此，在中国，若连佛家的“我不入地狱谁入地狱”精神都没有了的话，那就会成为一个猥琐的国家 所以，个人英雄主义，实际上是一种精神，一种信仰它是相信可以通过个体的不懈努力和奉献，可以得到社会的认同并为之谋取利益的一种积极的人生方向。
3，真实体验――唯心与唯物的分界线 Matrix，其实就是一个巨大无朋的虚拟现实世界尽管好莱坞影片从 80 年代末已经开始了此类课题科幻电影的探索和制作，但是把虚拟现实发挥到极致的，还是《黑客帝国》 在第一集里面，尼欧最开始就生活在 20 世纪 90 年代的虚拟现实社会里，是一个软件公司的普通职员但是他整天感觉浑浑噩噩，总觉得缺少一种真实的体验 这种真实的体验就是肉体的真实欲望 庄子梦蝶，只是中国古代哲学提出的有关真实体验的一个诘问但如果真把庄子的思维化为一只翩翩的蝴蝶，他也许会同尼欧一样－－离开了物质躯体，感觉会非常怪异 陆象山说：“宇宙即我心，我心即宇宙” ，笛卡尔说：“我思故我在” 那么，是不是思维存在，世界就存在呢？ 沃卓斯基兄弟借尼欧的感受来抨击了主观唯心主义 在他们眼里，就算意识独立存在了，但只要离开了人体的基本感知，也是不真实和不可忍受的 人类所有的感知，均从人的原始感知体系而来这种原始感知体系的运作，就是从动物老祖先那里进化和遗传过来的食欲、繁殖欲、群体欲、移情的自我欲望，构成了这类基本的人类“原意识” 没有这些欲望的冲动，人的行为模式是虚幻的、信仰和理想都是无根基的空洞――因为它们不能带给人真正的愉悦和满足。
因此，在墨菲斯给尼欧两个药丸的时候――红色的和蓝色的，红色的回到真实世界、蓝色的则保留在虚拟现实中――尼欧仅只是犹豫了短短的一秒 唯心和唯物的分界线，就在于真实体验离开了人类物质躯壳的意识，也许可以继续运作，但那也是纯理性而无感性的这种模式也许在未来可以被人类接受，但是在现在，没有人愿意接受它4 ，理想和信仰对生命的意义 高尚地理想和信仰，源自于升华了的“爱” 爱，是双重的原意识的爱，出自于人类的自我意识的移情升华的爱，则是思想与爱欲的统一，是一种博爱 尼欧在 Matrix 的虚拟世界中，感受不到这种双重的爱，因为Matrix 没有给他一个真实的物理欲望感知体系但是在现实生活中，尼欧感受到了崔妮蒂的真实爱情和性欲，同时也感受到了墨菲斯、坦克一帮战友的友情，更深刻地感受到了生命的存在这些真实的感觉让他觉得生命是崇高的、值得热爱的因此，他对自己的理想和信仰有了异常坚定的方向 值得微笑一下的是，尼欧的这份精神，本质上却来自于“Matrix”的对它从幼儿到成年的思想教育――那是一种 20 世纪的美国文化教育 也许，在沃卓斯基兄弟眼里，信仰就是人的灵魂。
是人源自于最本质的自我欲望并经过了博爱的升华的人生终极追求从马斯诺的需求层次理论我们同样可以知道，理想就是人的自我实现，在那时，自我的生存和满足早已不再是一个门槛，人生所有的努力和奋斗，都将在理想的追求中完全得到满足 生命的意义，不在于生存，而在于对生命最高价值追求的体现5 ，辩证的人类社会存在形式 正如 Matrix 之父所描述的（第二集《Reload》 ） ，Matrix 建立的第一个模型，是一个乌托邦但是这个乌托邦的 Matrix 很快就崩溃了，因为人们在这个完美模式里的生活了无生趣 随即 Matrix 之父又建立了好几个模型，都因为缺少各方面的牵制而崩溃 最后，他只有把程序模式定位于电影中现实人类社会的一个最后时期：20 世纪末期这个时期是一个科学发展的迅速时期，各种社会力量交错复杂，但是总体精神是积极向上的这个程序模式，不仅有官方体系，也有黑道的体系，善与恶错综迷离；同时这个模式更有科学与神学、还有由特工程序演绎出来的病毒、还有企图逃逸到真实世界的虚拟个体 因此，沃卓斯基兄弟所想阐述的是：人类社会是一个复杂的社会，人类的思想模式也是很多种的，有历史的延续性，基本不可能存在一个单一哲学形态的理想社会。
历史证明，人类社会文明基本是决定于人类的生存环境命运也许对各种文明起了一些催化作用，但是归根到底，人类文明的发展，本质上是物质环境的制约，其次才是随着生产力和科学的发展而发展的 离散的想与自然环境无关的社会存在模式，必然要被科学的发展或生产力的制约给打破因为自然环境是所有生产资源的唯一来源 但是，生产力的发展以及生产资源的分配对各层次的人群是不均衡的，同样科学成果的应用也是受社会文明的反作用的所以，社会的运作机制就有多样化的特征 在矛盾中存在，在矛盾中发展和统一并和谐这就是《黑客帝国》对人类社会的辩证写照同样有趣的是，电影中居住在锡安城的人类社会，也是与 Matrix 电脑体系辩证地生存着6 ，灵异与科学 科学解释不了的，就扔给神吧这也本就是人类神学发展的实质 就连霍金，在他的书中，也屡屡地提及上帝恐怕也是对科学尚未明了的领域的无奈吧 在 Matrix 里，有一个预言家的程序，那是一个慈祥而整天叼着香烟的老婆婆她的话暗藏玄机，她深信自己的判断并及时地给予迷信她的人以信心她甚至也受到特工的追杀并有一个东方武士程序来做她保镖 预言家不仅预言着尼欧和锡安的未来，也预言着 Matrix 的未来，她本就是 Matrix 之母，是与 Matrix 之父对立而辩证着的一个程序。
所以我相信沃卓斯基兄弟是相信玄学的，他们相信这个世界上除了科学本质，另外有一种精神在主宰这个世界 也许这种精神最终将被科学所发现和掌握其规律，但是在今天，它却是我们生活中希望的源泉7 ，科学与社会发展 在锡安城里，议员意味深长的对尼欧说，我们虽然痛恨Matrix，痛恨机器毁灭了我们原本还算美好的世界，但是人类离不开机器，人类的生活毕竟因为科学发明了机器而变得更美好 受到议员的这番点醒，尼欧做出了正确的利用机器的判断他与崔妮蒂孤身进入 Matrix 的主机与之谈判，以消灭病毒的条件来换取 Matrix 和锡安之间的和平 因此，在沃卓斯基兄弟眼里，科学和社会，本就是辩证统一的正如他们相信玄学的这。