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1、第二章数 据 库库(III)生物信息学v EBI (European Bioinformatics Institute) 管理v 与GenBank收集的数据相同v 序列数据展示方式与 GenBank 不同（网页页，纯纯 文本）数据库库主页页“Text search”输输入关键词键词检检索到的条目每一条目详细详细 内容（10）ENA (European Nucleotide Archive)http:/www.ebi.ac.uk/ena/（11）DDBJ (DNA Data Bank of Japan)u 与GenBank收集的序列数据相同 数据库库主页页http:/www.ddbj.nig.a
2、c.jp/index-e.html 提供基于关键词键词 及序列的搜索服务务 打开“ARSA”输输入关键词键词检检索到的条目每一条目详细详细 内容与GenBank一致发发表文章要提供 Accession number（ 在三大核苷酸数据库库中通用）EPD (Eukaryotic Promoter Database)http:/www.epd.isb-sib.ch/u 由Weizmann Institute of Science in Rehovot (Israel) 开创创u 收集数据的转录转录 起始位点（TSS）通过实验过实验 确定u 包括部分cis-element信息u 同一个基因可以具有多
3、个启动动子u 原版（EPD）包含4809条真核生物聚合酶II（eukaryotic POL II）启动动子序列u 新版（EPDnew）主要包含人类类、小鼠和果蝇蝇的大量启 动动子信息，总总数超过过20万（12）启动子数据库PlantProm (plant promoter database)u 植物启动动子数据库库（水稻、拟拟南芥）u 部分收集数据的转录转录 起始位点（TSS）通过实验过实验 确定，其他的有全长长cDNA序列支持u 包括部分cis-element信息u 最近更新是2009.02，总总共8301条植物启动动子序列u 可以完整下载载（12）启动子数据库（13）miRNA数据库Sci
4、ence 309:1522 (2005)转录转录 RNA折叠形成 pri-miRNApre-miRNAmiRNARISC携带带 有活性的miRNAmiRNA genemicroRNA (miRNA)的形成miRBase http:/www.mirbase.org/u 收集了28645条 hairpin precursor miRNA 序列（第21版，2014.6）u 来源于100个物种 u 可以通过过miRNA名称、关键词键词 、染 色体位置等信息检检索数据库库 u 分析一条DNA序列中是否可能包含 miRNA（第四章介绍绍）（13）miRNA数据库u 利用miRNA编编号或关键词检键词检 索
5、（1）在数据库库主页页点击击“searching”在“Search miRBase”网页页的“By miRNA identifier or keyword”栏栏目输输入miRNA编编号， 点击击“提交查询查询 内容”检检索结结果目录录查查看详细详细 信息u 利用染色体位置检检索miRNA（2）在数据库库主页页点击击“searching”在“Search miRBase”网页页的“By genomic location”栏栏目选择选择 物种和染色体，输输入染色体上 的核苷酸位置范围围（如1000至1000000)，点击击 “Get sequences”检检索结结果目录录查查看详细详细 信息u 检
6、检索miRNA群（cluster)（3）在数据库库主页页点击击“searching”在“Search miRBase”网页页的“For clusters”栏栏目 选择选择 物种，输输入希望查询查询 的miRNA之间间的距离（ 核苷酸数目），点击击“Get clusters”检检索结结果目录录批量获获取mature miRNA序列：在结结果目录录网页页的 “Fetch”列选择选择 miRNA，在该该网页页的底部选择选择 “Mature sequence”，点击击“Fetch Sequences”第二章数 据 库库(IV)生物信息学2、蛋白质数据库u 由PIR、EBI 和SIB于2002年创办创办
7、 ，统统一了 PIR、 TrEMBL和Swiss-Prot三个蛋白质质数据 库库u 分为为两个部分：来源于实验实验 的有详细详细 注释释的 序列（SwissProt）和自动动注释释序列（ TrEMBL）u 与100多个数据库库相互参照（cross-reference）u 可用关键词键词 （Text search）和序列比对对（ BLAST similarity search）进进行检检索（1）UniProthttp:/www.uniprot.org/ UniRef100：非冗余的UniProt蛋白质序列 UniRef90：聚类UniRef100中一致性超过90%且80% 重叠的蛋白质，取最长的
8、一条（序列数压缩58%） UniRef50：聚类UniRef90中一致性超过50%且80% 重叠的蛋白质，取最长的一条（序列数压缩79%）UniProt蛋白质数据库的结构在数据库库主页页搜索框选择选择 “Protein Knowledgebase”库库，使用关键词检键词检 索结结果页页面，reviewed (Swiss-Prot) ，unreviewed (TrEMBL)Browse by taxonomy, keyword, gene ontology, enzyme class or pathway条目详细详细 内容（1）UniPROT（2）PIR (Protein Information
9、 Resource)http:/pir.georgetown.eduu 由National Biomedical Research Foundation 创办创办u 信息整合的蛋白质质序列数据库库（iProClass） ，内容/编编号与UniProtKB相同，但额额外提供 到超过过160个数据库库的链链接u 蛋白质质序列分类类数据库库（PIRSF），提供不 同层级层级 的蛋白质质家族分类类（Superfamily、 Homeomorphic Family和Homeomorphic Subfamily）（2）PIR (Protein Information Resource)u 检检索某一蛋白质
10、质的注释释信息数据库库主页页“Search/Analysis”菜单单 “Text Search” 选择选择 数据库库“iProClass”后输输入关 键词键词 或注册号 检检索结结果列表 查查看详细详细 内 容u 检检索某一蛋白质质分类类的信息数据库库主页页“Search/Analysis”菜单单 “Text Search” 选择选择 数据库库“PIRSF”后输输入关键键 词词或注册号 检检索结结果列表 查查看详细详细 内容（3）PRF (Protein Research Foundation)https:/www.prf.or.jp/index-e.htmlu 由日本的 Protein Re
11、search Foundation 创办创办u 已发发表在杂杂志上的蛋白质质序列u 修饰饰位点、SS键键等u 两月更新一次（4）PDBSTR (Re-Organized Protein Data Bank)http:/www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind?pdbstr u 蛋白质质序列和二级结级结 构u 碳结结构（5）Prositehttp:/www.expasy.org/prositeu 蛋白质质家族u 结结构域3、结构数据库（1）PDB (Protein Data Bank)http:/www.rcsb.orgu 由 Brookhaven National L
12、aboratories 创办创办v 蛋白质质v 核酸v 其它u 117651个结结构图图（2016.4.11）u 可通过过 关键词键词 或BLAST 系统检统检 索（第四章介绍绍）TotalYearlyPDB Content Growth（1） PDB (Protein Data Bank)u 使用关键词键词 或注册号检检索PDB数据库库主页页“Search”框 输输入关键词键词 或注册号 检检 索结结果列表 查查看详细详细 内容（2）NDB (Nucleic Acid Database)http:/ndbserver.rutgers.edu 包含8,089个核酸分子的结结构（2016.3 ）
13、（3）PDIdb (Protein-DNA Interface Database)http:/melolab.org/pdidb DNA-蛋白质质复合体的 X 射 线线衍射结结构及分类类4、酶和代谢数据库KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) u 各种代谢谢、遗传遗传 等路径图图u 可检检索参于各种路径的基因u 检检索Metabolism（1）KEGG主页页http:/www.genome.ad.jp/kegg/ 点击击“KEGG PATHWAY”“PATHWAY”网页页点击击任一代谢谢路径（Metabolism） ，如糖酵解/糖原异生途径
14、（Glycolysis/Gluconeogenesis)u 检检索Genetic Information Processing（2 ）KEGG主页页点击击“KEGG PATHWAY”“PATHWAY”网页页点击击任何遗传遗传 信息（ Genetic Information Processing）路径， 如 Protein export 路径可以查查看参加这这一路径蛋白质质的信息KEGG数据库库u 检检索Environmental Information Processing（3）KEGG主页页点击击“KEGG PATHWAY”“PATHWAY”网页页点击击任何Environmental Inf
15、ormation Processing 路径，如 MAPK signaling pathway 路径可以查查看与这这一路径相连连的其它信号路 径或参加这这一路径的蛋白质质信息KEGG数据库库u 检检索Cellular Processes（4）KEGG主页页点击击“KEGG PATHWAY”“PATHWAY”网页页点击击任何Cellular Processes 路径，如 Cell cycle 路径可以查查看与这这一路径相连连的其它信号路 径或参加这这一路径的蛋白质质信息KEGG数据库库（2）PKR (Protein Kinase Resource)http:/pkr.genomics.purdu
16、e.edu/pkr/多种检检索内容u 已知蛋白激酶的序列比较较u 蛋白激酶分类类u 蛋白激酶的三维结维结 构u 与疾病相关的蛋白激酶u 其它内容5、物种分类数据库u 物种分类类界（Kingdom） 门门（Phylum） 纲纲（Class） 目（Order） 科（Family） 属（Genus） 种（Species） 每一分类等级下可加设亚级 （Sub-），如亚门、亚纲、亚科等 。 每一分类等级上可加设总级 （Super-），如总纲、总目、总科等 。动物界（Animal） 脊索动物门（Chordata） 脊椎动物亚门（Vertebrata） 哺乳纲（Mammalia） 啮齿目（Rodentia） 鼠科（Muridae） 小家鼠属（Mus） 小家鼠种（musculus） Mouse：Mus musculushttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.ht
