疟原虫蛋白家族数据库及其生物信息学分析平台的构建

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2、eMCL 软件包中 Mclblastline 程 序进行蛋白家族聚类，再用 PERL 程序提取蛋白家族信息以用于蛋白家族数据库 构建； 2、用疟原虫蛋白序列对 PDB、Swiss-Prot 和 RefSeq 三个数据库进行 BLAST 同源搜索，所得结果分别用 PERL 程序进行提取，以用于构建数据库； 3、用 HMMER 软件包中的 Hmmpfam 程序对 Pfam 数据库进行蛋白结构域搜索，输 出结果用 PERL 程序提取，以用于数据库构建； 4、用 BLAST 序列相似性程序 对 KEGG Ortholog(KO)数据库进行搜索，用 PERL 程序提取输出结果，然后用统 计学方法推测各家

3、族的功能，并对其进行注释； 5、以 Linux 为服务器， MySQL 为数据库管理软件，根据以上各步所得数据设计数据表，采用 BigDump 和 phpMyAdmin 等软件把数据导入数据库，构建成蛋白家族数据库； 6、以 Apache 为网络服务器，使用 Dreamweaver、UltraEdit、Photoshop、Activeperl 等软件，以 PHP、HTML、JavaScript、Ajax、PERL 等语言进行编程构建生物信息学数据分 析平台。 结果： 1、六个疟原虫基因组总共含有 40，273 条蛋白基因序列， 同源聚类分析得到了 8，089 个蛋白家族，总共有 50 种大小的

4、家族，其中最大 家族有 1，107 个成员，最小的家族只有 1 个成员； 2、按家族大小来分，家 族个数最多是 1 个成员的家族，有 3，203 个，其次是 6 个成员的，有 1，094 个，家族大多集中有 12 个成员以下家族大小段，17 个成员以上的家族比较稀 少； 3、按物种基因分布看，P. berghei、P. chabaudi、P. falciparum 三 个物种在各种大小家族中分布比较均匀；P. knowlesi 和 P. vivax 两个物种在 小于 12 个成员的家族中占优势；而 P.yoelii 在多于 12 个成员的家族中相对占 优势； 4、家族大小分别为 98 和 17

5、8 的两个家族中的所有成员都来自 P. falciparum，其中可能存在物种特意性的基因扩增； 5、构建了蛋白家族数 据库 PlasmoGF，并以其为基础构建了功能齐全的生物信息学分析平台 (http：/ BLAST 数据 库搜索、多序列比对、进化树构建等数据操作板块，并开发了数据工作集 Work-Set 作为用户数据存储的容器，并作为各步数据操作的纽带。 结论： 1、成功构建了国际上第一个疟原虫蛋白家族数据库 PlasmoGF，经人工评估， 其数据比较可靠，可作为疟疾研究工作者研究疟原虫蛋白功能的很好的参考资 源； 2、搭建了功能齐全的生物信息学分析平台，为搜索数据库中的蛋白家 族数据并做

6、比较基因组学与功能基因组学研究提供方便，为疟疾研究者研究疟 原虫基因提供了很好工具和平台； 3、本数据库和相应的数据分析平台对疟 疾工作者有很大实用意义，特别为研究者在设计疟原虫药物时寻找合适的靶点 提供很大的帮助。正文内容正文内容目的： 1、为了更好地对疟原虫蛋白家族进行比较基因组学和功能基因 组学方面的研究，构建疟原虫蛋白家族数据库； 2、开发一个功能齐全、高 度整合的生物信息学分析平台，为疟疾研究及相关科研工作者提供良好的数据 分析工具和平台。 方法： 1、对六个现有的疟原虫基因组蛋白序列数据进 行 All-against-All BLAST 搜索，再用 TribeMCL 软件包中 Mc

7、lblastline 程序 进行蛋白家族聚类，再用 PERL 程序提取蛋白家族信息以用于蛋白家族数据库构 建； 2、用疟原虫蛋白序列对 PDB、Swiss-Prot 和 RefSeq 三个数据库进行 BLAST 同源搜索，所得结果分别用 PERL 程序进行提取，以用于构建数据库； 3、用 HMMER 软件包中的 Hmmpfam 程序对 Pfam 数据库进行蛋白结构域搜索，输 出结果用 PERL 程序提取，以用于数据库构建； 4、用 BLAST 序列相似性程序 对 KEGG Ortholog(KO)数据库进行搜索，用 PERL 程序提取输出结果，然后用统 计学方法推测各家族的功能，并对其进行注释

8、； 5、以 Linux 为服务器， MySQL 为数据库管理软件，根据以上各步所得数据设计数据表，采用 BigDump 和 phpMyAdmin 等软件把数据导入数据库，构建成蛋白家族数据库； 6、以 Apache 为网络服务器，使用 Dreamweaver、UltraEdit、Photoshop、Activeperl 等软件，以 PHP、HTML、JavaScript、Ajax、PERL 等语言进行编程构建生物信息学数据分 析平台。 结果： 1、六个疟原虫基因组总共含有 40，273 条蛋白基因序列， 同源聚类分析得到了 8，089 个蛋白家族，总共有 50 种大小的家族，其中最大 家族有

9、1，107 个成员，最小的家族只有 1 个成员； 2、按家族大小来分，家 族个数最多是 1 个成员的家族，有 3，203 个，其次是 6 个成员的，有 1，094 个，家族大多集中有 12 个成员以下家族大小段，17 个成员以上的家族比较稀 少； 3、按物种基因分布看，P. berghei、P. chabaudi、P. falciparum 三 个物种在各种大小家族中分布比较均匀；P. knowlesi 和 P. vivax 两个物种在 小于 12 个成员的家族中占优势；而 P.yoelii 在多于 12 个成员的家族中相对占 优势； 4、家族大小分别为 98 和 178 的两个家族中的所有成

10、员都来自 P. falciparum，其中可能存在物种特意性的基因扩增； 5、构建了蛋白家族数 据库 PlasmoGF，并以其为基础构建了功能齐全的生物信息学分析平台 (http：/ BLAST 数据 库搜索、多序列比对、进化树构建等数据操作板块，并开发了数据工作集 Work-Set 作为用户数据存储的容器，并作为各步数据操作的纽带。 结论： 1、成功构建了国际上第一个疟原虫蛋白家族数据库 PlasmoGF，经人工评估， 其数据比较可靠，可作为疟疾研究工作者研究疟原虫蛋白功能的很好的参考资 源； 2、搭建了功能齐全的生物信息学分析平台，为搜索数据库中的蛋白家 族数据并做比较基因组学与功能基因组

11、学研究提供方便，为疟疾研究者研究疟 原虫基因提供了很好工具和平台； 3、本数据库和相应的数据分析平台对疟 疾工作者有很大实用意义，特别为研究者在设计疟原虫药物时寻找合适的靶点 提供很大的帮助。 目的： 1、为了更好地对疟原虫蛋白家族进行比较基因组学和功能基因组学 方面的研究，构建疟原虫蛋白家族数据库； 2、开发一个功能齐全、高度整 合的生物信息学分析平台，为疟疾研究及相关科研工作者提供良好的数据分析 工具和平台。 方法： 1、对六个现有的疟原虫基因组蛋白序列数据进行All-against-All BLAST 搜索，再用 TribeMCL 软件包中 Mclblastline 程序进 行蛋白家族聚

12、类，再用 PERL 程序提取蛋白家族信息以用于蛋白家族数据库构建；2、用疟原虫蛋白序列对 PDB、Swiss-Prot 和 RefSeq 三个数据库进行 BLAST 同源搜索，所得结果分别用 PERL 程序进行提取，以用于构建数据库； 3、用 HMMER 软件包中的 Hmmpfam 程序对 Pfam 数据库进行蛋白结构域搜索，输出结果 用 PERL 程序提取，以用于数据库构建； 4、用 BLAST 序列相似性程序对 KEGG Ortholog(KO)数据库进行搜索，用 PERL 程序提取输出结果，然后用统计 学方法推测各家族的功能，并对其进行注释； 5、以 Linux 为服务器，MySQL 为

13、数据库管理软件，根据以上各步所得数据设计数据表，采用 BigDump 和 phpMyAdmin 等软件把数据导入数据库，构建成蛋白家族数据库； 6、以 Apache 为网络服务器，使用 Dreamweaver、UltraEdit、Photoshop、Activeperl 等软件，以 PHP、HTML、JavaScript、Ajax、PERL 等语言进行编程构建生物信息学数据分 析平台。 结果： 1、六个疟原虫基因组总共含有 40，273 条蛋白基因序列， 同源聚类分析得到了 8，089 个蛋白家族，总共有 50 种大小的家族，其中最大 家族有 1，107 个成员，最小的家族只有 1 个成员；

14、2、按家族大小来分，家 族个数最多是 1 个成员的家族，有 3，203 个，其次是 6 个成员的，有 1，094 个，家族大多集中有 12 个成员以下家族大小段，17 个成员以上的家族比较稀 少； 3、按物种基因分布看，P. berghei、P. chabaudi、P. falciparum 三 个物种在各种大小家族中分布比较均匀；P. knowlesi 和 P. vivax 两个物种在 小于 12 个成员的家族中占优势；而 P.yoelii 在多于 12 个成员的家族中相对占 优势； 4、家族大小分别为 98 和 178 的两个家族中的所有成员都来自 P. falciparum，其中可能存在

15、物种特意性的基因扩增； 5、构建了蛋白家族数 据库 PlasmoGF，并以其为基础构建了功能齐全的生物信息学分析平台 (http：/ BLAST 数据 库搜索、多序列比对、进化树构建等数据操作板块，并开发了数据工作集 Work-Set 作为用户数据存储的容器，并作为各步数据操作的纽带。 结论： 1、成功构建了国际上第一个疟原虫蛋白家族数据库 PlasmoGF，经人工评估， 其数据比较可靠，可作为疟疾研究工作者研究疟原虫蛋白功能的很好的参考资 源； 2、搭建了功能齐全的生物信息学分析平台，为搜索数据库中的蛋白家 族数据并做比较基因组学与功能基因组学研究提供方便，为疟疾研究者研究疟 原虫基因提供了很好工具和平台； 3、本数据库和相应的数据分析平台对疟 疾工作者有很大实用意义，特别为研究者在设计疟原虫药物时寻找合适的靶点 提供很大的帮助。 目的： 1、为了更好地对疟原虫蛋白家族进行比较基因组学和功能基因组学 方面的研究，构建疟原虫蛋白家族数据库； 2、开发一个功能齐全、高度整 合的生物信息学分析平台，为疟疾研究及相关科研工作者提供良好的数据分析 工具和平台。 方法： 1、对六个现有的疟原虫基因组蛋白序列数据进行 All-against-All BLAST 搜