《microRNA反转和定量引物设计原理、实验方法》由会员分享,可在线阅读,更多相关《microRNA反转和定量引物设计原理、实验方法(5页珍藏版)》请在金锄头文库上搜索。
1、microRNA的引物设计以ssc-miR-222-3p为例设计引物,其成熟体序列为:AGCTACATCTGGCTACTGGGTCT 反向引物:每个反向引物的都带有一段固定的序列,可以形成一个茎环,固定的序列为:5,-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3,在这个序列后加上八个碱基,这八个碱基是ssc-miR-222-3p从后面数八个碱基的反向互补序列, 就是CTGGGTCT的反向互补:AGACCCAG ,最后得到的反向引物的序列为5,-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAGAGACCCAG -3,正向引物:每个正向引物也
2、带有一段固定的序列,固定的序列为:ACACTCCAGCTGGG在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列,成熟体除掉后面六个碱基后序列为:AGCTACATCTGGCTACT5,-ACACTCCAGCTGGGAGCTACATCTGGCTACT -3,URP :统一反向引物,也是一段固定的序列,TGGTGTCGTGGAGTCGU6 引物 F-CTCGCTTCGGCAGCACA ,R-AACGCTTCACGAATTTGCGT 使用方法:1 逆转的引物:所有要做的miRNA 反向引物的混合,每个10 微升2PCR 的引物: 50 微升的体系, 30 微升的水, 10 微升的正向引物,10 微升
3、的 URP 2hsa-miR-124 ( hsmq-0032 引物)推荐退火温度:60hsa-miR-124 扩增曲线示意图hsa-miR-124 融解曲线示意图3hsa-miR-125b(hsmq-0034 引物 ) 推荐退火温度:60hsa-miR-125b 扩增曲线示意图hsa-miR-125b 融解曲线示意图4hsa-miR-137(hsmq-0035 引物 ) 推荐退火温度:60hsa-miR-137 扩增曲线示意图hsa-miR-137 融解曲线示意图5hsnRNA U6 引物测试推荐退火温度:60hsnRNA U6 扩增曲线示意图hsnRNA U6 融解曲线示意图6. 电泳结果取 5l PCR 产物进行电泳,胶浓度( 3) ,所有检测都为两个阳性,一个 NTC 其中泳道1 为 hsa-miR-16 、泳道 2 为 hsa-miR-124 、泳道 3 为 hsa-miR-125b 、泳道 4 为hsa-miR-137 、泳道 5 为 hsnRNA-U6img