蛋白质双向凝胶电泳

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1、蛋白质双向凝胶电泳蛋白质双向凝胶电泳 PS:非原创，都是本人在考研时收集的，有些相对重要的地方我标上了颜色双向凝胶电泳（2-DE2-DE）的原理是第一向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离，第二向则按分子量的不同用 SDS-PAGE 分离，把复杂蛋白混合物中的蛋白质在二维平面上分开。近年来经过多方面改进已成为研究蛋白质组的最有使用价值的核心方法。分离蛋白质组所有蛋白的两个关键参数是其分辨率和可重复性。在目前情况下，双向凝胶电泳的一块胶板（16cm20cm）可分出 34 千个，甚至 1 万个可检测的蛋白斑点，这与10 万个基因可表达的蛋白数目相比还是太少了。80 年代开始采用固定化 pH 梯度胶

2、，克服了载体两性电解质阴极漂移等许多缺点而得以建立非常稳定的可以随意精确设定的 pH 梯度。由于可以建立很窄的 pH 范围（如 0.05U/cm)，对特别感兴趣的区域可在较窄的 pH 范围内做第二轮分析，从而大大提高了分辨率。此种胶条已有商品生产，因此基本上解决了双向凝胶电泳重复性的问题。这是双向凝胶电泳技术上的一个非常重要的突破。第二向 SDS- PAGE 有垂直板电泳和水平超薄胶电泳两种做法，可分离 10100kD 分子量的蛋白质。其中灵敏度较高的银染色法可检测到 4ng 蛋白，最灵敏的还是用同位素标记，20ppm 的标记蛋白就可通过其荧光或磷光的强度而测定。用图像扫描仪、莱赛密度仪、电荷

3、组合装置可把用上述方法得到的蛋白图谱数字化，再经过计算机处理，去除纵向和横向的曳尾以及背景底色，就可以给出所有蛋白斑点的准确位置和强度，得到布满蛋白斑点的图像，即所谓“参考胶图谱”。蛋白质组研究的主要困难是对用双向凝胶电泳分离出来的蛋白，进行定性和定量的分析。最常用的方法是先把胶上的蛋白印迹到 PVDF(polyvinylidene difluoride)膜上后再进行分析，确定它们是已知还是未知蛋白。现在的分级分析法是先做快速的氨基酸组成分析，也可先做 45 个循环的 N 末端微量测序，再做氨基酸组成分析；结合在电泳胶板上估计的等点电和分子量，查对数据库中已知蛋白的数据，即可作出判断。有文献报

4、道，N 末端 4个残基序列的数据就可以给出很多的信息而得到相当准确的结果。如再结合 C 末端序列，判断结果的准确性会更高。对分离得到的蛋白质作进一步的确切鉴定需要有足够数量的纯蛋白，电泳时蛋白质已经过了高度纯化。现在一块胶板可允许上到高达 mg 数量级的样品，因此每个分离的蛋白斑点可有 g 数量的蛋白，这样使本来是微量的蛋白也可希冀被鉴定。蛋白质的翻译后修饰和加工，是指在肽链合成完成后进行的化学反应，如磷酸化、羟基化、糖基化、二硫键形成，以及最近发现的蛋白质自剪接等等，可能有一百种以上。翻译后修饰和加工对蛋白质的正常生理功能是必需的，它们的变化往往和疾病的发生有关。用双向凝胶电泳可以进行翻译后

5、修饰的研究，如用 32P 标记可以研究磷酸化蛋白的变化。双向凝胶电泳中常可发现的蛋白质拖曳现象，很可能是一个蛋白的不同翻译后修饰产物所造成的。拖曳图像变化在疾病诊断上可能提供重要的信息。双向凝胶电泳技术当前面临的挑战是：(1)低拷贝蛋白的鉴定。人体的微量蛋白往往还是重要的调节蛋白。除增加双向凝胶电泳灵敏度的方法外，最有希望的还是把介质辅助的激光解吸/离子化质谱用到 PVDF 膜上，但当前的技术还不足以检出拷贝数低于 1000 的蛋白质。(2)极酸或极碱蛋白的分离。(3)极大（200kD）或极小（10kD蛋白的分离。(4)难溶蛋白的检测，这类蛋白中包括一些重要的膜蛋白。(5)得到高质量的双向凝胶

6、电泳需要精湛的技术，因此迫切需要自动二维电泳仪的出现。双向电泳操作方法1 蛋白质样品制备秧苗蛋白质样品的提取按 Davermal 等（1986）的方法进行。100mg 材料剪碎后加入10mgPVP-40(聚乙烯吡咯烷酮)及少量石英砂，用液氮研磨成粉，加入 1.5 ml 10% 三氯乙酸（丙酮配制，含10mM 即 0.07%- 巯基乙醇），混匀，-20沉淀 1 小时，4，15000 r/min 离心 15 min，弃上清，沉淀复溶于 1.5ml 冷丙酮(含 10 mM-巯基乙醇)，再于-20沉淀 1 小时，同上离心弃上清，（有必要再用 80丙酮(含 10 mM-巯基乙醇所得沉淀低温冷冻真空抽干。

7、按每 mg 干粉加入 20l（可调） UKS 液9.5 M 尿素，5mM 碳酸钾，1.25%SDS，0.5%DTT(二硫苏糖醇)，2% Ampholine (Amersham Pharmacia Biotech Inc，pH3.5-10)，6% TritonX-100，37育 30min，期间搅动几次，28 度 （温度低，高浓度的尿素会让溶液结冰）16000r/min 离心 15 min，离心力越大时间长一点越好！上清即可上样电泳。或者-70 度保存 2 蛋白质浓度测定按 Garrels（1983）的程序，稍加改动。10l 上述用 UKS 液制得的蛋白质样品中加入40l 水及 50l 20%三

8、氯乙酸，冰浴 30min 后，4，4000 r/min 离心 15min，弃上清，再加入 100l 冷丙酮，同上离心 5min，弃上清，冻干沉淀，用 100lPBS 溶液复溶，并按 Bradford（1976）的程序测定蛋白质浓度。2.3.1 电聚焦（IEF） 2.3.1.1 玻管准备干净玻管(18cm1.5mm)用 Parafilm 封口膜封好底部，在 16cm 处作好标记,垂直放在泡沫板上。电聚焦的管子，买原装的也可以，实在不行自己也可以做的，1ml 的移液管，内径1.5mm 左右的，长度取 18cm，用玻璃刀做，玻璃管的处理，先用 2M 的 NaOH 泡至少 1hr，用自来水冲后;用双蒸

9、水冲，用双蒸水泡至少 1hr，中间至少换 2，3 次水;后用 2M 的 HCL 泡至少 1 个小时，用双蒸水冲，（不能用自来水冲），然后双蒸水泡至少 1 个小时，中间换 3，4 次水，可多泡一会。最后泡在无水乙醇里面 1hr，烘干就可以用了. 2.3.1.2 凝胶制备与电聚焦灌 IEF 的配方为 3.09 克尿素 1.125 ml 10%NP-40 1.125ml 水 0.735ml 30%屏息现案 (ACR 28.38 BIS 1.62) 0.15 ml Am 3.5-10 0.375ml Am 5-7 8 卫生 10%AP 1.8 卫生 TEMED 用注射器吸好胶液，装上 7 号针头，将

10、7 号针头插入玻管底部，边推注射器边提针头，直到标记处，用微量进样器小心加入少量水，可见明显的界面出现，让其聚合 1 小时以上，适当长一点的时间更好。待胶聚合好后，除去 Parafilm 并吸去顶部的覆盖液，加样80g，上面再小心加入 50m mol/L NaOH 至管口,不要破坏样品与 NaOH 的界面。即可进行电泳。电极液为：上槽（负极）为 50m mol/L NaOH 液，下槽（正极）为 25m mol/L H3PO4。按 200V15min，300V 30min，400V18h，1000V1h 的程序进行电聚焦。或者直接 400V 17hr 1000V 2hr very importa

11、nt thing is 跑第一向一定要在保持在 37 度左右，第一向温度特别重要，不然,电聚焦肯定不好. 2.3.1.3 电泳后的凝条处理电聚焦完毕后，用注射器吸满水，套上一个 200l 的枪头，当然枪头与注射器间用parafilm 封住防漏气。从顶部向下注水使胶条向下滑出注射器枪头 玻璃管必须为一直线。取一胶条，用双蒸水洗净两端，按酸端到碱端的顺序切成 0.5cm 的小段，各自浸入含1.3ml 抽气后双蒸水的 Eppendorf 管中过夜，次日用酸度计分别测定各段的 pH 值，以凝胶长度为横坐标，pH 值为纵坐标作图，即为等电点标准曲线。漫漫挤, 管子,200 卫生枪头,注射器,要成一直线,

12、要用一手扶着管子,一手拿住 200 卫生枪头,保证水不从枪头和管子处流出来, 注射器顶在胸前把胶条挤出后,放在 12%TCA 里面,在 4 度可以保存很久，在平衡之前,要用 dd water 泡 30min,而且要换至少 5 次水,每次用不同的小平皿。对要进行第二向 SDS-PAGE 的胶条则必须用平衡液2.3%SDS，62.5m mol/L Tris-HCL（pH6.8），10%甘油，5%巯基乙醇，0.1%溴酚蓝进行二次平衡，第一次 20min，第二次 25min。第 2 次的溶液为新的。平衡过程中每隔几 min 轻轻的晃一下小平皿。 2.3.2 第二向 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-

13、PAGE）分离胶浓度为 12%，无浓缩胶。待胶聚合后，将电聚焦后已经平衡的胶条平放于浓缩胶顶端（避免胶条拉直），并用 1%琼脂糖（电极缓冲液配制）封胶，特别应注意避免胶条与分离胶上沿产生气炮。61 厂板子之灌胶：坚决不用凡士林，用透明胶将两端（板子的 2 边）封住，再用 2%琼脂之 SDS-PAGE 电极液封底，待琼脂凝固后再灌胶，最后用水封胶。 1，灌胶不会有任何问题，不能漏，2，不用浓缩胶，只用分离胶。3，分离胶用水封，要保证凝聚好的 PAGE 胶，为一平的线。用透明胶（约 4cm 宽），封住两边，下面还是用 2的琼脂封。灌好电极缓冲液25m mol/LTris，192m mol/L 甘氨

14、酸及 0.1%SDS，按 25mA/板胶恒流进行电泳，待溴酚兰离底部 1cm 时即可停止电泳，一般电泳耗时约 4-5h。银染：凝胶于 40%甲醇，10%醋酸中固定 1h 以上或者过夜；用水洗 1 次,5min;30%乙醇洗220min；水洗 65min； 0.02%硫代硫酸钠 1min；水洗 320s；0.2%硝酸银，0.02%甲醛快速的润洗一次,就是过一下的意思,到这个溶液进去,马上又倒掉;0.2%硝酸银，0.02%甲醛 20min；水洗 320s；显色液(3%碳酸钠，0.05%甲醛，0.0005%硫代硫酸钠)快速的润洗一次,就是过一下的意思,到这个溶液进去,马上又倒掉;显色液(3%碳酸钠，

15、0.05%甲醛，0.0005%硫代硫酸钠)显色到你所希望的程度,自己看,背景好,点又多的话就可以了；水洗20 秒；0.05%甘氨酸停显。染色理想温度：最好是 20 度左右。10%TCA, 0.07%2-ME 丙酮（100ml）: 100%TCA 10ml 2-ME 0.07ml 丙酮 90ml 0.07%2-ME 丙酮（100ml）: 2-ME 0.07ml 丙酮 100ml 0 Farrel 液(9.5M Urea,2%NP-40,0.4%Am3.510,1.6%57,5% 2-ME) 50ml Urea 28.5g NP-40 1ml Ampholine 57 2.0ml 3.510 0.

16、5ml 2-ME 2.5ml 定容，配好后用 1.5ml 管分装！-70 度保存 UKS 液 (含 9.5M Urea, 5mMK2CO3,1.25%SDS,0.5%DTT,2%Ampholine(3.510),6%TritonX-100) 25ml 50ml Urea 14.25g 28.5g K2CO3 17.25mg 34.5mg SDS 0.3125g 0.625g DTT 0.125g 0.25g 2-ME Ampholine(3.510) 1.25ml 2.5ml Triton X-100 1.5ml 3ml(0.86ml 2 枪，4 枪) 2-ME 可适当加一些！注意定容！配好后用 1.5ml 管分装！-70 度保存！双向电泳 IPG一、样品提取：三氯醋酸丙酮沉淀法（1）在液氮中研磨叶片（2）加入样品体积 3 倍的提取液在-20的条件下过夜，然后离心（48000rpm 以上 1 小时）弃上清。（3）加入等体积的冰浴丙酮（含 0.07%的 -巯基乙醇