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1、 第 十 三 章 微 生 物 的 分 类微生物的分类和鉴定定义：按微生物的亲缘把它们安排成 条理清楚的各种分类单元或分 类群的科学。任务：分类、鉴定、命名第 十 三 章 微 生 物 的 分 类第一节通用分类单元种以上的系统分类单元 界 Kingdom 门 Phylum（或 Division）亚门 纲 Class 亚纲 超 目 目 Order 亚目科 Family 亚科族亚族属 Genus 种 Species第 十 三 章 微 生 物 的 分 类一、种的概念v定义：种是一个基本分类单位，是一大群 表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、 与同属内其他种有明显差异的菌株的总称 。在微生物中，一个种只能
2、用该种内的一 个典型菌株作为具体标本，它就是该种的 模式种。v新种： sp.nov.或nov. sp.，新被鉴定的种 发表时应在其学名后标上sp.nov.的符号， 新种发表前应将其模式菌株的培养物存放 在一个永久性的保藏机构，并应允许人们 从中取得。第 十 三 章 微 生 物 的 分 类二、微生物的学名&命名：菌种的科学名称。菌种的学名是按照 国际细菌命名法规命名的国际学术界公认， 并通用的名称。&命名原则：学名=属名+种的加词+（首次定名人）+现名 定名人和鲜明定名年份&规定与常识：属名应大写首字母、单数、可以 组合外而成。种的加词代表一个种的次要特征 ，首字小写第 十 三 章 微 生 物
3、的 分 类三、亚种以下的分类单元v亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指其某一 民而稳定的特征与模式中不同的种常在种名、署名的加 词后写上subsp.然后再写具体亚种的加词；v变种（ variety）：容易引起混乱；v型 （form）：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株，现 已作废；v类群（group）：没有分类地位非正式地指定一组具有某 些共同性状的生物；v菌株（strain）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖 而成的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生物达 到遗传性纯的标志。v小种（race）：涵义较乱，在不同分支学科中由不同涵义 ；v相（phase）：自然界存在的微生物
4、交互变异的一定阶段 ；v态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。第 十 三 章 微 生 物 的 分 类四、微生物的分类与命名（一）微生物的分类单位 界、门、纲、目、科、属、种 种是最基本的分类单位 每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科.以啤酒酵母为例，它在分类学上的地位是：界(Kindom)：真菌界门(Phyllum)：真菌门纲(Class)：子囊菌纲目(Order)：内孢霉目科(Family)：内孢霉科属(Genus)：酵母属种(Species)：啤酒酵母第 十 三 章 微 生 物 的 分 类1. 种（species）：是一个基本分类单 位；是一大群表型特征高 度相似、亲缘 关系
5、极其接近，与同属内其他种有明显差别的菌 株的总称。菌株（strain）: 表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成 的纯种群体及其一切后代（起源于共同祖先并保持祖先特性的 一组纯种后代菌群）。因此，一种微生物的不同来源的纯培养 物均可称为该菌种的一个菌株。菌株强调的是遗传型纯的谱系 。 例如：大肠埃希氏杆菌的两个菌株：Escherichia coli B 和Escherichia coli K12v菌株的表示法：v如果说种是分类学上的基本单位，那末菌株实际上是应用的基 本单位，因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上 会有很大的不同和差别！微生物的分类单位-1第 十 三 章 微 生 物
6、的 分 类 亚亚种(subspecies）或变种(variety)：为种内的再分类。当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗 传形状，而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两 个或更多的小的分类单元亚种。变种是亚种的同义词，因“变种”一词易引起词义上的混淆，从 1976年后，不在使用变种一词。通常把实验室中所获得的变异 型菌株，称之为亚种。 如：E.coli k12（野生型）是不需要特殊aa的，而实验 室变异后 ，可从k12获得某aa的缺陷型，此即称为E.coli k12的亚种。 型(form): 常指亚种以下的细分。当同种或同亚种内不同菌株之间的性 状差异不足以分为新的亚
7、种时，可以细分为不同的型。 例如：按抗原特征的差异分为不同的血清型；微生物的分类单位-2第 十 三 章 微 生 物 的 分 类（二）微生物的命名微生物的名字有俗名和学名两种。如：红色面包霉粗糙脉孢霉绿脓杆菌铜绿假单胞菌v学名是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国 际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外 来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。双名法： 学名=属名+种名+（首次定名人）+现定名人+定名年份必要，用斜体表示 可省略，用正体字 v属名：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母 大写，表示微生物的主要特征，由微生物构造，形状或由科 学家命名。 v种名：拉丁文形
8、容词，字首小写，为微生物次要特征， 如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。第 十 三 章 微 生 物 的 分 类例：大肠埃希氏杆菌Escherichia coli （Migula）Castellani et Chalmers 1919金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus Rosenbach 1884v 当泛指某一属微生物，而不特指该属中某一种（或未定种 名）时，可在属名后加sp.或ssp.（分别代表species 缩写的 单数和复数形式）例如：Saccharomyces sp.表示酵母菌属中的一个种。（二）微生物的命名（续）第 十 三 章 微 生 物 的 分 类v菌株名称
9、在种名后面自行加上数字、地名或符号等，如：Bacillus subtilis AS1.389 AS=Academia SinicaBacillus subtilis BF7658 BF=北纺Clostridium acetobutylicum ATCC824 丙酮丁醇梭菌ATCC American Type Culture Collection美国模式菌种保藏中心 v当文章中前面已出现过某学名时，后面的可将其属名缩写成13 个字母。如：Escherichia coli 可缩写成 E. coliStaphylococcus aureus可缩写成 S. aureus三名法：用于对亚种的命名，这时在
10、属和种名后加写一个subsp. ，然后再附上亚种名称（斜排体）。 如：Bacillus thuringiensis subsp. galleria 苏云金芽孢杆菌腊螟亚种 （二）微生物的命名（续）第 十 三 章 微 生 物 的 分 类第二节微生物在自然界的地位v生物的界级分类学说：是在认识发展过程中存在 的对生物分类的不同阶段的不同观点。v如：二界系统、三界系统、四界系统、五界系统 、六界系统和三原界系统 v三原界系统是1978年由R.H.Whittaker和L.Margulis 提出的。v所有生物存在一个共同祖先，由它分三条进化路 线，就形成了三个原界：古细菌原界（ Archaebacter
11、）、真细菌原界、真核生物原界v提出了内共生学说，主要是Margulis的贡献第 十 三 章 微 生 物 的 分 类一、三原界系统示意图第 十 三 章 微 生 物 的 分 类第三节各大类微生物的分类系统纲要v原核生物分类系统纲要伯杰氏系统 细菌学手册v真菌界分类系统很多，各国采用不同的 系统，比较混乱。近年来为较多人接受 的是Ainsworth的纲要。第 十 三 章 微 生 物 的 分 类第四节微生物的鉴定v 主要步骤：纯化、测定一系列必要的指标、查 找权威性鉴定手册 v 鉴定技术的不同水平：z细胞的形态和习性：形态特征、 运动、酶反应、营养要求及生长条件等z细胞组分水平：细胞壁成分、氨 基酸库
12、、脂类、醌类、光合色素等的分析z蛋白质水平：氨基酸序列分析、 凝胶电泳和血清学反应等z基因或DNA水平：核酸分子杂交 、（G+C）mol%、转化和转导、16SrRNA寡 核苷酸族分分析、DNA或RNA核苷酸序列分 析等第 十 三 章 微 生 物 的 分 类一、数值分类法v即统计分类法：在200年前M. Adanson（ 17271806，法国植物学家）发表的分类原理基 础上结合现代计算机技术发展而来的。 v主要观点：z在一个分类群中，其所含信息量越 大，即分类所依据的性状越多，其分类效果也 越好；z顺序建立自然分类单元时，每个性 状都是等权的；z任何两分类实体间的整体相似性， 都是由每一对的相似性计算而来的；能够由类 群间相似性的差异识别不同的分类实体；z如果给予有关进化途径和机制的某 些假定，可以从组群的分类学结构或从性状相 关上作出种系发生的推论；z分类学应作为一门经验科学来看待 和实践；z数值分类学是以表象相似性为基础 的。第 十 三 章 微 生 物 的 分 类数值分类的基本步骤v计算两菌株间的相似系数Ssm =SJ = v列出相似度矩阵v将矩阵图转换成树状图a+d a+b+c+da a+b+c
