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1、一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具1 在线信息数据库部分 SDBS 光谱数据库：http:/riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi 简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13- NMR、ESR、Raman。含 3 万余个化合物，其中以商业化学试剂为主，约 2/3 是 6 碳至 16 碳的化合物。数据大部分是其自行测定的，并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子 量、CAS/SDBS 注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。生物核磁共振数据库：ht
2、tp:/bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/depositCRYSTAL 程序基组数据库：http:/www.tcm.phy.cam.ac.uk/mdt26/crystal.html 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)：http:/cccbdb.nist.gov 简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果， 也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。 量化频率计算校正因子：http:/cccbdb.nist.gov/vibscale.asp 简介：实际上就是 CCCBDB 的一个子页面，比较重要故单独列出。
3、IUPAC 金属络合物稳定常数数据库：http:/www.acadsoft.co.uk 注：需要付费，可免费下载试用版。 NIST 化学数据库：http:/webbook.nist.gov/chemistry 简介：是美国国家标准与技术研究院 NIST 的基于 Web 的物性数据库。输入分子查找条件， 可获得分子量、CAS 登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分分子包含 3D 结构。RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：http:/q4md-forcefieldtools.org/REDDB/index.php 简介：分子的 RESP 电荷的数据库Uppsala
4、Electron Density Server：http:/eds.bmc.uu.se/eds 简介：用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。输入 pdb ID（比如 1cbs）进入后可以 对各种内容做图。点击 EDS Summary 下面的 Go 按钮可以自动启动基于 java 的电子密度 图可视化程序观看电子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。 上海有机所化学专业数据库：http:/202.127.145.134/scdb/default.htm 简介：十分有用的数据库，免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、 毒性、生物活性以及相关反应等。还包括中英互译、药品名称检索
5、等功能。 EMSL 基组数据库：https:/bse.pnl.gov/bse/portalClarkson 大学相对论有效势数据库：http:/people.clarkson.edu/pac/reps.html含重原子全电子 STO 基组数据库：http:/ 赝势参数数据库：http:/www.theochem.uni-stuttgar . ls/clickpse.en.htmlChemBioFinder：http:/chembiofinder.cambridgeso . r/SimpleSearch.aspx 简介：根据分子质量、名称或者自行绘制结构，从几十万分子中搜索，得到二维结构、 Sm
6、iles、InCHI 字符串、分子量等简单信息。Sigma-Aldrich 公司产品数据库：http:/ . /United_States.html 简介：主要用来获得化合物 IR、NMR 谱图。右上角输入化合物的名字，搜索到后进入相应 条目，如果在左侧有 FT-IR Raman、FT-NMR 字样，就可以进入察看，没有则说明此化合 物无光谱数据。也可以获得化合物的一些物性数据，但不全面。基本物理常数数据库：http:/physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html 简介；可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如 hartree-eV百奥知识数据
7、库：http:/ 简介：一个生物信息数据库的比较全的列表，每个数据库有简单官方介绍。= 2 结构数据库部分GLYCAM 寡糖数据库：http:/glycam.ccrc.uga.edu/CCRC/Library/index.jsp ICSD 无机晶体数据库：http:/icsd.ill.fr/icsd/index.php 简介：免费在线提供部分晶体结构信息及 cif 文件。 NDB 核酸数据库：http:/ndbserver.rutgers.edu 简介：根据 NDB ID，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似 RCSB 蛋白质数据库。PDBbind-CN：http:/ 简介：收集了 pdb 数据
8、库中的生物分子复合物。给出受体、配体名称、亲和性、序列等信 息，可在线观看或下载结构，可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物。PDB Wiki：http:/pdbwiki.org/index.php/Main_Page 简介：基于 PDB 数据库，对蛋白质进行了简单分类，访问者可以给每个蛋白添加注释。sc-PDB：http:/bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB简介：收集了 PDB 数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。可根据配体、蛋白、结合 方式为特征进行搜索。 RCSB PDB 数据库：http:/www.rcsb.org/pdb/home/home.d
9、oHPDB 蛋白质数据库：http:/ 简介：河北大学的蛋白质数据库，可通过此库间接下载到 RCSB 蛋白质数据库的文件。有 中文 PDB 文件格式的介绍，比较有用，还有另外一介绍蛋白质的些文章。 ZINC 化合物虚拟筛选数据库：http:/zinc.docking.org/index.shtml 简介：根据自定义的化合物的性质，在 800 万种以上可买到的产品中进行筛选。可以下载 到结构文件。 PubChem：http:/pubchem.ncbi.nlm.nih.gov 简介：NCBI 下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条 目并不断增加。可通过分子结构、名称、
10、分子式、分子量、XLogP、氢键信息方式查询。 可以得到分子的简介、化学结构、XLogP（自动计算） 、同义词、生物活性、毒性、药理学 信息及分类、SMILE 和 InChI/key 字符串、相似化合物、2D 的 SDF 文件。一些结构还有 3D SDF 结构文件，进入条目后可在页面最下面点 SDF 按钮保存，可被一些软件直接读取， 如 ChemBio3D。是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。SuperNature 天然产物数据库：http:/bioinformatics.charite.de/supernatural 简介：几万种天然产物数据库，可通过名称、结构、相似度、LogP、分子量
11、、分子式等信 息搜索，也可以绘制结构或根据结构模版搜索，可在线观看结构，并获得净电荷、偶极矩、 手形中心数目、可旋转键数目、氢键受/配体等信息。蛋白质 pKa 数据库(PPD)：http:/www.jenner.ac.uk/PPD蛋白质分类数据库(CATH)：http:/www.cathdb.info 简介：其中结构来自 PDB 数据库，半自动地对每个结构根据二级结构、形状、拓扑、同源 性进行了分类，可以根据这些特点进行分类查询。蛋白质结构分类数据库(SCOP)：http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop 简介：和 CATH 的功能类似，包含几万个蛋白质结构。但是是人工
12、对每个蛋白结构进行分 类，比 CATH 的分类更为合理。结构分类基于四个层次： class、fold、superfamily、family。结构相似蛋白质家族数据库(FSSP)：http:/srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi- . i2u1RffMj+-lib+FSSP 简介：此数据库对 pdb 数据库中的结构使用 Dali 算法进行了相似度计算，用以找到相似蛋 白质。= 3 在线工具部分 Dali server：http:/ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server 简介：输入 PDB ID 或者上传 PDB，服务器会对此结构与 PDB
13、数据库中的结构用 dali 算法 计算，将其中有一定结构相似度的 PDB 列出。通过复选框选择几个结构，可以对比序列， 以及在线观看它们重叠后的 3D 结构。Dali Database(http:/ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start)每年更新两次，如果是在更新日期 以前发布的 pdb，可以直接在 Dali Database 里面查询之前已算好的结果，而不必在 Dali server 里面重新计算。在线生成金刚石结构（包括同晶体结构的硅、锗）：http:/turin.nss.udel.edu/research/diamondonline.html在线
14、生成石墨结构：http:/turin.nss.udel.edu/research/graphiteonline.html在线生成碳纳米管结构：http:/turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.htmlADIT 蛋白质检查工具：http:/deposit.rcsb.org/adit 简介：可以自行上传 pdb 文件，通过 Validate 操作，自动通过 PROCHECK 程序绘制出各 种图表用以检查蛋白质。包括 ramachandran 图，chi1-chi2 图，主链/侧链信息图（解析度 标准偏差、不合理接触等） 、二级结构图、扭转角分布、键长距
15、离分布、侧链上平面结构偏 差分布、主链键长键角扭曲情况。webPIPSA(Protein Interaction Property Similarity Analysis)：http:/pipsa.eml.org/pipsa 简介：上传 pdb/pqr 或输入 pdb ID，自动调用 APBS/UHBD 计算它们的静电势，根据一定 规则绘制成距离矩阵，并做簇分析。可以分析不同蛋白质在相互作用上的相似性。可以下 载到运行期间的中间文件，包括转化后的 pqr 和计算得到的 grid 格点文件，可被 vmd 等软 件读取。CASTp：http:/sts-fw.bioengr.uic.edu/castp/calculation.php 简介：找出某蛋白所有口袋或孔洞，并得到它们的容积和表面积，有助于研究潜在的配体 结合位点。SFoldRate 预测蛋白质折叠速率：http:/gila.bioengr.uic.edu/lab/tools/foldingrate/fr0.htmlALOGPS：http:/www.vcclab.org/lab/alog
