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1、来自生物软件网谢谢 jerry()和 Huang()辛苦 的翻译工作 翻译说明 1 原英文稿中附有许多示例如输出窗口序列等译文一般用参见英文稿表示在 阅读此段时请参见英文中的图示对于一些较小的示例如等式的推导译文中保留 2 原英文稿中也给出了许多算法和程序的原始文献和网址译者认为这是 BioEdit 的一个 优点如果想深入的学习不能不读一读原始的文献译文中用 REFERENCE 表示请 参考英文原稿 3 译文中对专业的词汇采用以下办法处理即一般采用国内已有人使用的译法如果未见 到则译者给出一种译法并在旁边列出英文译文中各节的标题都是这样处理的前者 如最简单的例子Aligment 一词有比对对比
2、对排等多种翻译郝柏林 院士建议译做联配见生物信息学手册p175方舟子译做排列对比见 新语丝网页本译文采用联配的译法后者如 mask 一词文中专门有一 节解释其含义此词的普通含义有面具遮饰译文中使用屏蔽并在旁边写 mask总之此类词汇使用多了自然明了其内在的含义 4 偶尔译者会对某处略做解释旁边用译者注表示表示译者的理解请注意 5 翻译时在词汇的翻译和算法的理解上参考了以下资料 A 生物信息学手册 郝柏林等著 上海科学技术出版社 2000 年 B 生物信息学基因和蛋白质分析的实用指南 Andreas D.Baxebanis 等原著 李衍达等译 清华大学出版社 2000 年 6 由于译者占有的资料
3、不多水平有限在译文中肯定有漏译译的不全面甚至理解完 全错误的地方(尤其是算法上)敬请指正Email me at: 生命经纬 1关于 BioEdit 介绍 BioEdit 版本 5.0.6 版权1997-2001 汤姆霍尔 当前版本制作于2001.12.2 BioEdit是一个生物序列编辑器可在Windows 95/98/NT/2000中运行它的基本功能是提 供蛋白质核酸序列的编辑排列处理和分析1.0版本是最早的未完成的并有瑕疵的 版本1.0版本也一直未完成并有很多问题但是比较前一个还是增加了一点东西修 正了一些问题在2.0版本中在增加和配置附加分析应用程序上增加了一个界面使其能 通过BioE
4、dit得到一个图形界面而且还增加了位置排列的信息基础动态描影 版本3中增加了疏水亲水面互交的2-D浮雕数据绘图和一些更多的序列操作法版本4为 绘制和注解质粒载体增加了一个图形界面在4.7.1版本中修改了处理序列信息和存储方 法而且增加了一个二进制文件格式允许快速保存和打开大的排列序列容量增加到 20,000在版本5中增加了自动注解序列或手动使用所有的标准Genbank功能部件定义 而且在Isis Pharmaceuticals公司的请求下增加了序列排序和分型组控制注解行 以及残基和非残基字符的鉴别BioEdit并不打算成为一个强序列分析程序但是打算成为 一个序列分析的友好用户界面 并连接其他在
5、局域网和万维网上的更多的序列分析程序 它 现在使用于大的排列 2000序列文件界面最初模仿于一个非常好的程序Don Gilbert 编写的SeqApp and SeqPup印地安那州大学免费提供SeqApp (用于个人计算机) and SeqPup (用于交换平台)地址是ftp:/iubio.bio.indiana.edu/molbio/seqpup/ GeneDoc是一个特别的排列程序能够自由的在Windows 9x 和NT上使用也是一个非常 专业的程序有很好的蛋白质排列注解和分析描影和结构定义功能部件就象一个反映排 列的内在的进化树而这些在BioEdit中是没有的GeneDoc的网址是 h
6、ttp:/www.psc.edu/biomed/genedoc GeneDoc 有比 BioEdit 更好的描影和分类选项有助于手工排列序列还有更好的图形处 理缠绕和伸展的排列视图选项动态共有序列和更平滑和更快速的排列卷曲和刷新 BioEdit 是用 Borlands C+ Builder 编写的 C+程序我是北卡罗来纳州大学微生物系的研 究生不是专业的程序员这是我学习 C+语言的入门必然是个非专业的设计这不是 我博士工作的一部分这个程序非常小而且很有效率BioEdit 为序列排列输出和一些 分析提供容易的工具 BioEdit功能 BioEdit的主要目的是为那些不愿意被迫详细了解一个程序的使
7、用方法的生物学家提供 一个有用的工具BioEdit是直观的菜单式的并有大量的图示提供用户一个外部分析程 序的图形界面主要功能是提供明显的容易使用的菜单选项 5.0.6版本提供以下功能 用于序列处理和编辑的简单的图形界面 生命经纬 2使用编辑选项包括残基的select and drag 选择和拖动和grab and drag抓 取和拖动变量选择选项鼠标点击插入和删除缺口全框选择全屏编辑中剪切复制 和粘贴编辑窗口的自动刷新 固定序列框保护排列中的固定残基 使用各种功能部件内含子外显子促进子CDS和所有标准GenBank功能部件类型 自动的和手动的注解序列使用一个模板序列自动注解同一排列中的其他序列
8、 序列分组分为各个颜色编码家族为同步手动排列锁定组成员 用户定义的适当功能部件能够设定考虑任何功能部件就像用于类似性描影序列同一 性矩阵和保存图表视图的核酸或氨基酸序列中的相关碱基 用户定义的基序搜索使用标准的Prosite命名法和IUPAC功能部件允许搜索核酸或氨基 酸序列还有精确的文本搜索包括或忽略缺口 程序行可以定义为DNARNA核酸蛋白质未定义或注解注解可以用于保存普通 的注释或东西就象二级结构模糊定义但是不能保存计算 根本的多基因树图阅读器支持节点翻转和打印 链接多基因树图到排列并保存到BioEdit格式排列文件 在一个排列末端添加另一个排列 配置附件应用程序界面进入一个有BioEd
9、it产生的图形界面的外部分析程序在外部应 用程序中自动提供信息和找回文件外部应用程序进入分开的调度单位允许同步应用 BioEdit外部程序的输出文件可以自动被其他程序打开 在ABI自动序列模型3773733700中显示打印和编辑ABI痕迹文件在版本2和3中有 SCF文件就象用Licor序列输出文件 RNA比较分析工具包括共变可能配对和互交信息分析 使用鼠标指示的动态数据视图的互交信息输出2D矩阵图表 关于互交信息矩阵行和框的互交式的1D图表 用BioEdit或GanBank格式保存序列注解信息 通过氨基酸翻译排列蛋白质编码核酸序列 在排列中搜索保存的残基寻找好的PCR目标或帮助定义基序 在核酸
10、或蛋白质序列中搜索用户定义的基序或用通配符搜索精确的文本并选择包括或 忽略缺口 用支持最多20,000序列每个文档进行循环存储器分配最多可以成功测定四百六十万个 碱基E. coli基因组核糖体数据库中的原核细胞16SRNA排列29 Mb, 6205个序列 将会被单独处理在配置为Pentium 233 Mhz80 Mb RAM的计算机中用BioEdit计划文 件格式最多只需要10秒种可以写入一个16S RNA排列 内部的读写GenBankFastaPhylip和NBRF/PIR文件用Don Gilberts ReadSeq导入 输出一些其他格式的文件 使用BioEdit计划文件格式快速读写大排列
11、文件 使用自动更新的排列蛋白质全标题和GenBank区域信息进行ClustalW多序列排列Des Higgins et. al.编写的内部界面外部程序就象排列来自于核苷酸序列的蛋白质视图时 的核苷酸编码序列 将残基块状复制到剪贴板允许将全不排列或部分排列粘贴到文字处理器 基本序列处理在文档之间复制粘贴序列翻译和还原编码RNA?DNA?RNA反 转互补大写字母小写字母 多文档界面最多同时打开20个文档但是在其他打开的窗口不能设置限制 六框翻译核酸序列为Fasta格式ORF表 生命经纬 3用矢量图进行半自动质粒矢量绘图和注解 自动酶切位点和位置标记 自动多接头视图 和用户控制绘图工具 将质粒文件保
12、存为可编辑的矢量图形文件如位图复制到其他图形程序并可以打印 氨基酸和核苷酸成分摘要和图表 Revert to Saved恢复保存和undo撤销功能 编辑氨基酸和核酸序列 简单的指定色彩表编辑蛋白质和核酸序列使用不同的色彩表 排列易感的描影法以信息为根据其中包括排列位置 BioEdit 能够读写GenBank, Fasta, NBRF/PIR, Phylip 3.2 和 Phylip 4格式能够读 ClustalW 和 GCG格式. 10个附加格式的导入输出过滤器使用Don Gilbert的ReadSeq 导入/添加一个文件到最后的另一个文件上(不考虑文件格式) 基本的多文本编辑器 限制性内切酶
13、图谱用于任何或所有形式的翻译复酶和输出选项包括酶的提供者和环状 DNA选项 游览限制性内切酶创造商 自动连接到你喜欢的网页游览器如Netscape 或 Internet Explorer 程序和程序组的概述程序和程序组的概述 BioEdit是用Borland C+ Builder 3.0编写的(开始时是用C+ Builder 1.0)这是曾经是 Borland公司的最新C+产品它结合了Borland C+ 5和Delphi的可视要素库VCL允 许用户界面的可视开发 使用快速申请开发RAD环境的好处在于它能够容易的创造出大量的图形界面它的缺 点是编码不轻便BioEdit只能在Windows 95
14、, 98, NT and 2000中使用我原来计划可以使 BioEdit在Win16使用但是自从Windows 3.x过时了以后我就不再计划这样做了 组织BioEdit当前支持同时编辑最多50个文件主要的控制形式包括打开文件的菜单创 建新文档调整球形选项如色彩表密码子表分析参数选择和一个窗口管理器最初 每个文档有它自己的整套处理菜单可以限制文档然而这被一个更传统的多文档界面所 替代BioEdit没有使用额外的物理存储器除非编辑大的排列但是它看起来像占用了 很多资源BioEdit每个文档最多可以有20,000个序列但在序列大小上没有限制在 80MbRAM的233MHz的个人计算机上可以很好的处理
15、一个来自于核糖体数据库的完整的 原核16S rRNA排列6205个序列每一个有3319个字符一旦用BioEdit格式保存这 个文件可以在几秒钟打开用GenBank格式要几分钟才能打开 程序文件(BioEdit.exe)可以在主安装目录中找到可能还有以下子目录 apps附件程序网页和网页书签 通常以下文件会出现在apps文件夹按名称排列 accApp.ini (在首次安装时为accApp.def) Bblast.html BioEdit.html blast_adv.gif blast_form_0.gif blastall.exe (在没有BLAST的版本中不出现) 生命经纬 4blastcl3.exe (在没有BLAST的版本中不出现) blast.txt bookmark.txt cap.doc cap.exe clear_inp.gif clustalw.exe clustalw.txt cutter.html Dnadist.doc Dnadist.exe Dnamlk.doc Dnamlk.exe Dos4gw.exe (PHYLIP 程序需要) Expasy.gif fastDNAml.doc fastdnaml.exe Fitch.doc Fitch.exe formatdb.exe
