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1、EST数据分析平台的构建石河子大学动物科技学院 贾 斌功能分类及代谢途径分析目标基因的分析及应用cDNA文库的构建随机挑取克隆进行5或3端测序序列前处理聚类和拼接EST数据注释分析平台的构建文献检索与数据 收集数据公布，形成文章一、硬件介绍：1、个人电脑(PC机)2、PC Cluster(集群)3、小型服务器4、大型机 二、Unix操作系统及其常用命令简介(man、ls、 cd、more、rm、mkdir、chmod、gzip、tar) 三、常用EST数据分析软件的安装： 例：1、BLAST2、ClustalW3、InterProScan4、Perl一、硬件介绍1、个人电脑(较少数据，简单运算
2、):EST分析所需的基本配置： 处理器：1.7G CPU； 内存：518MB以上；(BLAST：4000条EST 与nt库比对，30MB) 硬盘：50GB以上；一组完整的计算机互联，作为 统一的计算资源一起工作，并有一 台机器的印象。2、PC Cluster（较多数据、较复杂运算 ）优点： 自由组装，良好的可扩展性；性价比高；抗突发性； 速度快。 缺点： 不够稳定。2、 PC Cluster品牌：IBM、 HP、 SUN、Intel、 DELL、曙光、浪潮、联想、方正等。外形：塔式、机架式、刀片和机柜式。 3、小型服务器(较多数据、较复杂运算) ： 选购标准：（1）稳定性能（最重要）（2）针对
3、性原则（3）够用原则 3、小型服务器低档配置 中档配置 高档配置 CPU Xeon DP 2.6G*1 Xeon MP 3.0GHz*1 Xeon MP 3.0GHz*2 Opetron 2.0G*1Opteron 2.6G*2 (Intel) 缓存:512KB 缓存:1024KB 缓存:8192KB (AMD) 1024KB 1024KB 内存(标准) 512MB 1024MB 1024MB*2(最大) 4096MB 30786MB 30786MB(工作频率)133MHz 266MHz 400MHz 硬盘 73G*2 73G*2 0 价格 7000-10000元 14000-16000元 2
4、0000-40000元3、小型服务器 3、小型服务器（数据安全）缺点： 价格较高； 操作系统、设备和部件比较专用，用户本身维护困难； 可扩展性不强。3、小型服务器 一般指system/360 开始的 一系列的IBM计算机；也可以指 其他厂商制造的兼容系统。特点：并行性；软硬件协同。4、大型机(海量数据、复杂运算)： IBM eServer p690Dawning 3000SUN Enterprise 10000SGI Origin 3800优点：高可靠性；高可用性；高服务性。缺点：设备昂贵；维护困难；可扩展性不强等。4、大型机个人电脑电脑PC Cluster小型服务务器 大型机 适用 范围围少
5、量数据， 简单运算 较多数据， 较复杂运算 较多数据， 较复杂运算 海量数据， 复杂运算优优点十分普及， 使用方便自由组装， 可扩展性强 ；性价比高 ；抗突发性 ；速度快 系统稳定； 安装、设置 较便捷高可靠性； 高可用性； 高服务性 缺点运算量较小 安装、设置 较烦琐；系 统不够稳定 价格较高； 设备专用， 维护困难； 可扩展性不 强 设备昂贵； 维护困难； 可扩展性不 强 EST数据分析常用硬件设备比较二、Unix/Linux及其常用命令简介1、Unix概述：功能强大的操作系统，管理计算机资源。典型的服务：执行新程序；打开文件；读文件；分配存储区等。2、不同风格的Unix：1） Linux
6、: 自由软件(免费、修改、传播)； 具有Unix的全部功能； 对硬件要求低； 稳定。比较流行的版本：Red Hat Linux、 Turbo Linux 、Slackware Linux、SuSe Linux。主要特点： （1）开放性; （2）多用户; （3）多任务; （4）良好的可移植性; （5）可靠的安全系统 ：对读、写控制、带保护的子系统、审计跟踪、核心授权等。 1） Linux:2）其他常见的Unix版本： BSD（伯克利软件发布版）；各种商业版 的Unix系统，比如：SCO Unix。品牌机常用：Solaris(Sun)，IRIX(SGI)， Digital Unix(Compaq)
7、，HP-UX(HP)和 AIX(IBM) 。（一）Linux与MS-DOS：有些命令相同或相似，如cd(.)cd(.) 、telnettelnet等；Linux的多用户、多任务、网络等功能 是MS-DOS所不能比的；3、 Linux与其他系统的比较：（二）Linux与Windows:Windows: 专用系统，开发公司控制接口和设计，建立严格的标准，价格高。 Linux: 自由软件。3、 Linux与其他系统的比较：1）系统需求：安装Red Hat Linux 9.0所需的最低配置： 200MHz奔腾或者以上的CPU； 256MB以上内存； 最少475MB的硬盘空间，如果希望完 全安装，需要5
8、.0GB的硬盘空间。4、建立一个Linux工作站：2）对硬盘进行分区；3）选择安装方式：. 最小(约需475MB)；. 所有推荐软件包(约需10 0 0MB)；. 所有推荐软件包加上商业软件包 (约需要 5 0 0 0MB)。4、建立一个Linux工作站：具体安装步骤可参考以下资料： http:/ http:/ http:/ Linux安装与配置指南清华大学出版社 高鹏 著 4、建立一个Linux工作站5、Linux的应用： （1）系统的登陆登陆到服务器：文字界面方法：telnet登陆。如：打开“开始” “运行”，在跳出的窗口中键入“telnet+服务器IP地 址”。登陆到服务器后，键入用户名
9、和密码。登陆到服务器：图形化界面方法：用Windows下的X-server软件( 如：X-win等)登陆到服务器上工作(输入服务器IP地址 ，键入用户名和密码)，结果显示在本地计算机上。（2）shell提示符: 编写、启动、挂起、停止程序。Unix系统常用的shell：bash、tcsh、csh、 ash、sh、zsh、ksh等。Linux默认shell为bash。（3）常用Linux命令(区分大小写)： 命令名称 作用man 获取帮助ls 列出当前目录下的文件 cd 切换子目录more 显示文件内容rm 删除文件pwd 显示所在位置的完整路径mkdir 建立子目录chmod 改变文件的权限g
10、zip 压缩文件、解压缩tar 归档1）使用man命令获取帮助：阅读man命令的使用手册页：$ man commandname（3）常用Linux命令：2）文件和目录操作 ： 使用ls命令列出当前目录下的文件：$ ls -options filename 参数：-l：长格式列出目录内容（存取权限、文件个数、所有者、文件长度、建立日期、文件名）-a：列出全部文件，包括隐藏文件（3）常用Linux命令：（3）常用Linux命令： 使用cd (切换子目录)命令进入不同的目录 ： cd 命令后跟一个路径名：可直接进入另一 个子目录；cd .命令：在目录树中向上移一级；cd 或者cd ：回到自己的用户子
11、目录 。 用more显示文件内容： $ more filename 当一页显示不下时，分页显示，按空格 往后翻页，按b往前翻。（3）常用Linux命令：（3）常用Linux命令：用rm命令删除文件：$ rm -options filename 参数： -i：对于每一个文件都询问是否删除-f：不做提示直接删除指定文件-r：删除目录中的所有内容并删除目录 本身（3）常用Linux命令：用pwd显示所在位置的完整路径：$ pwd 用mkdir命令建立子目录：$ mkdir dirname（3）常用Linux命令： 用chmod命令改变文件的权限：$ chmod MODE filename 4-2-1
12、对应权限：r(读)-w(写)-x(执行) 。rwxrwxrwx(-所有者-分组-其他用户-) （3）常用Linux命令： 用gzip命令压缩文件：$ gzip filename解压缩文件，可以使用gunzip命令或 gzip命令的-d解压缩参数。（3）常用Linux命令： 用tar命令进行归档(生成包含多个子目录和多个 文件的档案文件)： $ tar -options tarfilename files/directories 参数：-c：创建一个归档文件；-v：要求tar在归档时显示每一个文件的名称；-f：说明tarfilename是要创建的归档的文件名称 ；-x：用来对归档文件进行释放。-z：用gzip压缩/解压缩文件（3）常用Linux命令：Linux命令操作参考资料： http:/ http:/ http:/ Linux实用教程电子教案： http:/ Linux权威指南（第三版）中国电力出版社 洪峰 译 Linux实用大全科学出版社 陈向阳 著 Red Hat Linux实用指南电子工业出版社 孙天泽/袁文菊/闫守孟 等 译三、常用EST数据分析软件软件名 用途 操作系统 Phrap 序列组装 Linux CAP3 序列组装 Linux TigrAssembler 序列组装 Linux Gap4
