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1、生物学软件大全 1.三维分子类三维分子类 RASMOL：观看生物分子 3D 微观立体结构 RasTop：为 RasMol 2.7.1 的图形用户界面软件 CHIME：直接在浏览器中观看 3D 分子 MolMol：将 pdb 等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件 raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol 新版本及汉化版本 CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体 3D 结构 PDViewer：PDB 格式文件的查看程序 Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子 Weblab ViewerPro：三维分子浏览工
2、具 ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能 VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示 CN3D：3D 分子结构观察软件 WPDB：PDB 文件检索显示分析软件 DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序 Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具 gopenmol：显示并分析分子结构及其特性 POV-Rayv：生成三维图像工具软件 MolPOV：将 PDB 文件转化为 POV 格式文件的软件 Mol2Mol：分子文件格式转换软件 PovChem：将 PDB 文件转化为 POV 格式的文件 Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图 PLATON：通用
3、结晶学软件工具 Mage：读取并演示 Kinemage 格式文件的专用软件 Prekin ：将 PDB 格式文件转换为 Kinemage 格式文件 Swiss-Pdb Viewer：PDB 文件显示与分析软件 DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具 PCMoleeule2 Lite：查看 PDB 格式文件的免费软件 StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件 JMVC：使用 JAVA 技术编写的三维分子查看器 ReView：读取及分析 XYZ 格式三维分子文件 Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包 Moilin：分子构建与观察软件 Tinker：与 Moil
4、in 配套的 DOS 下的分子设计建模 Biodesigner：免费的分子建模与显示软件 MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件 MarvinView：JAVA 语言编写的化学分子二维与三维显示程序 ACD/3D Viewer for ISIS：免费的 ISISDraw 三维显示插件 Amira：高等三维显示建模系统 AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具 Visualize：分子建模和研究软件包 ScientificGL：C+OpenGLAPI 三维分子开发工具 Sojourner：找出小蛋白
5、的最小能量构形并实时演示的软件 2.DNA 分析分析 DNAClub：DNA 处理软件 JaMBW：分子生物学软件包 DNATool：功能很全面的 DNA 序列分析工具包 pDRAW：DNA 分析与绘图软件，可绘制线性或环形 DNA 图 ANNHYB：用来帮助进行 PCR 引物设计与基因探针设计的软件 RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具 ABIView：ABI 格式文件显示与编辑软件 Chromas：ABI 格式文件显示与编辑软件 Sequence viewer：获取与观察从 GSDB 获取的 DNA 序列数据及其关联特性的工具 DNAssist：DNA 序列分析工具 D
6、NAProbe：核苷酸序列设计工具 DnaSP：DNA 序列种群遗传学分析软件 DFW：DNA 分析软件 Artemis R4：以 Java 语言写成的序列查看工具 ACT R1：以 Java 语言写成的序列比较查看器 GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析 RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件 Sequencher：装配 DNA 小片段为大的连续序列或毗连(序列)群“Contig“软件 MehCalc：自动计算 DNA 序列热力学数据的 Excel 电子表格宏软件 基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件 ConsInspector：DN
7、A 蛋白结合位点预测识别软件 MatInd 与 Matlnspector：快速匹配 DNA 序列与已知共有序列的软件工具 GBuilder：JAVA 语言编制的用来分析与显示 DNA 序列的软件 GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件 LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理 GenBank 序列数据的免费软件 Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件 Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件 3.RNA 分析分析 RNAdraw：RN
8、A 二级结构分析软件 RNAstructure：预测 RNA 级结构图 RnaViz：RNA 二级结构图绘制程序 4.蛋白质分析蛋白质分析 ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包 pSAAM：蛋白序列分析软件包 VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件 aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包 5.生化教学生化教学 mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来 linpath.zip：线性酶反应模拟软件 protlab：蛋白质纯化仿真软件 MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序 Biochem：生化教学文件 photo：光合作用教学程序 Adrenalin
9、：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示 Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序 6.生化工程生化工程 brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件 BioStat：BioStatB 发酵罐控制程序 PenSimv：青霉素发酵模拟软件 BioProSim：发酵实时模拟软件 7.序列格式转换序列格式转换 vised：序列输入分析和格式转换软件 ForCon：多序列文件格式转换软件 SeqVerter：序列格式转换软件 GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件 FASTA/BLAST SCAN：FASTA 与 BLAST 查询输出文件的处理软件 R
10、evComp：序列格式转换软件 8.引物分析引物分析 primer Premier 5.0：引物设计工具 Oligo：引物分析著名软件 Primer Designer：专门用 pASK-IBApPR-IBA 表达载体免费的引物设计辅助软件 Array Designer：批量设计 DNA 和寡核苷酸引物工具 Beacon Designer：PCR 定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件 NetPrimer：基于 WEB 界面的引物设计程序 9.序列综合分析序列综合分析 pcgene：分子生物应用软件 MACAW：多序列构建与分析软件 Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进
11、行多序列比较的软件 Clustal X：ClustalWWindows 界面程序 FASTA：数据库中查找同源序列软件 GeneDoc：对序列进行相关分析等操作 BLAST 与 Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件 SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件 K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数 BioEdit：序列编辑器与分析工具软件 DAMBE：综合性序列工具软件 LaserGene：综合性序列工具软件 SeaView：图形化多序列队列编辑器 Jalview：用 Java 语言写的多序列队列编辑器 DNASIS：序列综合
12、分析工具 Genamics Expression：是一个 DNA 与蛋白序列分析工具 Vector NTIViewer：载体查看软件 Jellyfish：多功能序列分析软件 ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件 Gap4 database viewer：Gap4 基因装配数据库读取显示软件 SMS：DNA 与蛋白序列分析与格式化在线工具集合 Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件 Staden：综合序列分析工具软件包 Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包 INCA：Java 脚本语言写成的 BLAST 服务器客户端程序 ISYS： NCGR 开发的用 JAVA
13、语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台 DNA Scriptor：DNA 与蛋白序列综合分析软件 Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件 PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件 10.进化树分析进化树分析 phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树 TreeView：进化树处理软件 GeneTree：比较基因与种系进化树的程序 NDE：用来编辑 NEXUS 格式文件的程序 TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序 Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件 Phyltool
14、s：计算与处理进化树数据的软件 tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具 ATV：JAVA 语言编写的显示“New Hampshire“与 NHX 格式的进化树文件软件 TREECON：构建和绘制进化树的软件包 ProBiosys 比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件 11.质粒绘图质粒绘图 Plasmid Processor：绘制质粒图软件 Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与 Plasmid Processor 是同一个作者 WinPlas：质粒绘图软件商业版 DMUP：环状质粒绘图软件测试版 Plasmid Toolk
15、it：质粒绘制软件 pDRAW：DNA 分析与绘图软件，可绘制线性或环形 DNA 图 Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图 Redasoft Plasmid 1.1 软件的升级版 SimVector：质粒图绘制软件 12.图像处理图像处理 Image Tool：科学用途的处理图像软件 Image J：用 Java 语言写成的科学用途的处理图像软件 Cross Checker：基因指纹图分析软件 ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件 Band Leader：凝胶图像处理软件 Scion lmage：图像处理与分析工具 OSIR
16、IS：通用医学图像处理与分析软件 Melanie 3 Viewer：免费 Melanie 图像查看器 Smart Draw：流程图绘制软件演示版 GIMPWin：图像处理自由软件 ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件 bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件 SigmaScanPro：图像分析软件 30 天全功能演示版 SigmaGel：凝胶图像分析软件 TotalLab：图像分析软件 Lablmage：凝胶图像分析软件 GelDiff：定量比较两个 2D 凝胶图像的不同之处的 JAVA 软件 Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的 JAVA 软件 QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件 PDQ
