《陆地棉TM1第12部分同源染色体BAC重叠群构建》由会员分享，可在线阅读，更多相关《陆地棉TM1第12部分同源染色体BAC重叠群构建（130页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、C O N S T R U C T I O NO FB A CC O N T I G SF O RT H E12 T HH O M O E O L O G O U SG R O U PC H R O M O S O M E SI N G 0 嬲y 研U M 勰S U 丁聊A C C T M 1B yL VY a n h u iAD I S S E R T A T I O NS u b m i t t e dt o N a n ji n gA g r i c u l t u r a lU n i v e r s i t yI nP a r t i a l F u l f i l l m e n
2、to ft h eR e q u i r e m e n t sf o r t h eD o c t o r a t eD e g r e eS u p e r v is e db y b u p e r v ls e db yP r o f Z h a n gT i a n z h e nC o l l e g eo fA g r i c u l t u r eN a n ji n gA g r i c u l t u r a lU n i v e r s i t yN a n j i n g210 0 9 5 ，P R C h i n a2 012圳舢洲舢川删 原创性声明Y 2 3 6 0
3、 4 7 8本人郑重声观：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者( 需亲笔) 签名：吕样年月日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权南京农业大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保
4、存和汇编学位论文。保密口，在年解密后适用本授权书。本学位论文属于不保密口。( 请在以上方框内打“ )学位论文作者( 需亲笔) 签名：导师( 需亲笔) 签名：吕埤年月日扣， 年，具，夕日目录目录目录i 摘要IA B S T R A C T V 本文所用主要缩略词I X 第一部分文献综述1 第一章基因组测序方法一1 1 基因组测序方法1 1 1 逐个克隆的鸟枪法测序2 1 2 全基因组鸟枪法测序22 S a n g e rD N A 测序4 3 I L L u r n i n a 基因组分析仪I I 系统5 4 应用系统生物公司( A B I ) S O L i D T M 系统：基于连接的测序8
5、4 1S O L I D T M 测序原理94 2 S O L I D 系统应用1 0 5 R o c h e 公司的4 5 4 测序技术1 3 6 第三代测序技术1 4 7 测序技术的发展及其应用趋势1 6 第二章植物染色体物理图谱的研究进展1 9 1 经典物理作图技术2 0 1 1 玉米染色体节状物作图2 0 1 ，2 缺失体，非整倍体，替换系作图2 0 1 3 果蝇的多线染色体2 1 1 4 染色体带型分析2 2 2 分子的物理作图技术2 3 2 1 C H E F 凝胶作图2 3 2 2 放射性杂交作图2 4 2 3 大片段插入克隆文库2 5 2 4 荧光原位杂交2 6 2 5 重叠群
6、物理图2 7 2 6 光学物理作图3 2 2 7 染色体的步查3 3 2 8 基于D N A 标记的染色体登陆3 3 2 9 物理图谱的应用3 4 3 棉花物理图谱的研究进展3 5 本研究的目的与意义3 7 第二部分研究报告1 3 9 第三章陆地棉T M 1 第1 2 部分同源染色体B A C 重叠群构建3 91 材料4 1 2 实验方法4 1 2 1 P C R 法筛选B A C 文库4 2陆地棉T M 1 第1 2 部分同源染色体B A C 重叠群构建2 2B A C 克隆的纯化4 32 3B A C 克隆质粒提取4 42 4 酶切B A C D N A 4 42 5 重叠群的构建4 4
7、3 结果与分析4 53 1B A C 文库筛选4 53 2B A C 质粒的提取分析5 93 3B A C 质粒的酶切分析5 93 4 酶切谱带分析6 23 5A 1 2 和D 1 2 部分同源重叠群的构建6 33 6B A C 单克隆的不同亚基因组的筛选6 73 7 不同亚基因组同源B A C 的重叠群的构建7 13 8F P C 相应参数的调整与A 1 2 与D 1 2 部分同源染色体的B A C 文库重叠群的正确构建7 44 讨论8 54 1A 1 2 和D 1 2 重叠群的主要应用8 5 4 2 影响构建高质量物理图谱的因素8 6 4 3 不同亚基因组部分同源关系的分析8 8 全文结论
8、9 3 论文的创新点9 5 参考文献9 7附录1 15致 射1 17摘要陆地棉T M 一1 第1 2 部分同源染色体B A C 重叠群构建摘要棉花是世界上重要的天然纤维和油料作物。完成棉花的基因组测序及密码解析将为棉花的遗传改良提供重要的数据资源和平台，有助于科研人员从分子水平上更深入的了解棉花纤维的生长、发育机理，并对棉花新品种的培育及提高棉花的产量、品质和抗病性等具有重要的战略意义。陆地棉T M 1 是异源四倍体棉。异源四倍体棉种( A A D D ) 是由A 亚组和D 亚组组成的，基因组比较大、重复序列高以及部分同源染色体基因组结构复杂的特征揭示着四倍体基因组的测序难度大。基于细菌的插入
9、大片段克隆的全基因组物理作图，已经成为基因组研究中非常活跃的领域。D N A 指纹图谱对于基于细菌的大片段插入克隆的大规模分析和产生基于克隆的全基因组物理图谱，已被证明是有效的方法。D N A 指纹图谱与细菌中D N A 大片段克隆技术相结合，已经成为利用插入大片段克隆进行全基因组物理作图研究中最为广泛使用的方法。棉花的物理图谱是基因组研究的基础，它不仅在研究基因组组织结构和棉种的起源进化方面具有重要的理论和应用价值，对棉花基因组的测序，重要基因的图位克隆以及犬范围的基因组分析也有重要意义。绘制高分辨率的物理图谱是进行测序工作的保证。本研究以陆地棉遗传标准系T M 1 的B A C 文库及高密
10、度遗传图谱为基础，进行了陆地棉T M 1 第1 2 部分同源染色体重叠群构建，旨在为重要功能基因的图位克隆和棉花基因组测序提供强有力的框架图。主要研究结果如下：1 、陆地棉A 1 2 和D 1 2 染色体是比较重要的一对部分同源染色体，目前许多与重要农艺性状相关的基因已被定位在这两条染色体上如无腺体基因( 幽，幽) ，纤维有无基因( M ，乃，坳) ，核不育基因( m s 5 ，m s 6 ) ，致死基因( L e J ，L e 2 ) 等。为了图位克隆这些重要的农艺性状相关的基因，需要构建这两条染色体的物理图谱。以本实验室的高密度遗传图谱A 1 2 染色体上的5 4 对标记和D 1 2 染色
11、体上的4 8 对标记进行T M 1B A C 文库的筛选，A 1 2 染色体上2 5 对标记筛到了2 1 6 个阳性单克隆，D 1 2 染色体上1 8 对标记筛到了1 8 9 个阳性单克隆，筛选到的阳性单克隆总数为4 0 5 个。各个标记筛到的阳性单克隆数从1 到2 2 个。结合本实验室原有的基础3 8 1 个阳性单克隆，将6 8 6个阳性单克隆进行纯化和B A C 质粒D N A 的提取，进行胁，2 d I 酶切，利用琼脂糖方法进行酶切指纹图谱的分析，通过I m a g e 3 1 0 b 软件对琼脂糖图片进行分析，A 1 2 染色体上得到了3 8 7 个单克隆的5 , 3 7 2 条带，D 1 2 染色体上得到了3
