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1、制 作：鲍霞计算机在化学中的应用 Chemsketch 简介Chemsketch简介*目 录 1 什么是ACD/ChemSketch 2 ACD/ChemSketch主要功能 3 安装、启动ACD/ChemSketch 4 画简单结构 5 画复杂结构Chemsketch简介* 6 超级结构 7 高级画法 8 创建特殊的图象对象 9 其他功能 10 附加功能Chemsketch简介*ACD/ChemSketch 是高级化学发展有限公司(ACD)设计的用于化学画图用软件包，该软件包可单独使用或与其他软件共同使用。该软件可用于画化学结构、反应和图形。也可用于设计与化学相关的报告和出版物。 1 什么是
2、ACD/ChemSketchChemsketch简介*结构模式：用于画化学结构和计算它们的性质。画图模式：用于文本和图象处理。分子性质模式（对以下性质进行估算）：分子量、组成、摩尔折射率、摩尔体积、等张比容、折射率、表面张力、密度 、介电常数、极性 2 ACD/ChemSketch主要功能Chemsketch简介*ACD/ChemSketch 可以作为画图软件包单独使用，也可作为其他ACD软件的终端使用，如NMR预测软件。ACD/Tautomers 检查并生成有机结构的最常见的异构体。Chemsketch简介*ACD/Dictionary包含48，000个化学和生物中常见的系统和非系统命名的化
3、合物。全部覆盖200多个领域。包括超过500种不同酶的名称和结构。(只有商业版有)。ACD/pKa预测软件 计算酸在25度下的电离常数，特殊结构化合物的离子校正系数(必须作为ACD/ChemSketch 的附件购买)Chemsketch简介*ACD/LogP 预测软件 计算中性分子的醇/水分配系数(LogP)预测值(必须作为ACD/ChemSketch 的附件购买)ACD/沸点与蒸汽压预测软件 计算从0.001 mmHg到10个atm下任意压力下的沸点，一般情况下精确到10更好(必须作为ACD/ChemSketch 的附件购买)Chemsketch简介*ACD/预测溶解度软件 计算不同pH值下
4、的溶解性(必须作为ACD/ChemSketch 的附件购买)。包括第二排和第三排元素的化合物性质的预测更加准确，如折射率、摩尔体积、密度的估算等。 Chemsketch简介*3 安装、启动ACD/ChemSketch Chemsketch简介*结构(Structure)和绘图(Draw) 。结构模式 ：画化学结构 。绘图模式 ：提供工具用于创建 海报、报告和反应图 4 画简单结构Chemsketch简介*Chemsketch简介*当您在元素周期表中选择新的原子时，在原子工具栏中自动增加了相应的按钮。当您要将其从原子工具栏中去除它时，双击它即可。若想改变您创造的结构的性质(如创建一个粗键或增加原
5、子的字体)，首先单击选择/移动按钮，再双击结构的任意部分，将弹出性质面板任何改变将只影响选定部分。若想改变整个结构，要保证选定了全部结构。 Chemsketch简介*调整屏幕按钮 实际尺寸 全屏幕 全部调整 选择调整 Chemsketch简介*使用常用画图工具 设定垂直键按钮 延长链氟取代（取代某个基团）打开元素周期表Chemsketch简介*连续画图工具用于原子“衍生”：选择F原子， 点击某个碳原子，双击以“衍生”出F原子，在同一碳原子上双击，以“衍生”第二个F原子 。（取代碳上的氢）使用鼠标画图Chemsketch简介*“清洁”：使键长和角度平均化Chemsketch简介*远离您的键 指向
6、您的键 等同键 Chemsketch简介*编辑原子标签工具 点击原子标签工具 按钮，然后将鼠标移动到结构中最右端的F原子上。再打开的编辑标签(Edit Label)对话框中，键入(CH2)3PH，再点击插入键(Insert )，画出如下结构。Chemsketch简介*利用已激活的编辑原子标签工具(Edit Atom Label)，点击已得到的缩写，将编辑标签对话框再次打开，点击“展开”(Expand)键，得到如下结构 ：Chemsketch简介*在编辑标签对话框中键入 (OH)2SCl2，点击插入键(insert ），注意标签被自动插入指定位置 ，并自动生成索引。 选择改变位置工具，点击 标签
7、使其变为 ：目标化合物Chemsketch简介*按下SHIFT键，点击标签三次，以改变标签上连接的原子。在结构工具栏中，点击设定水平键 按钮，点击指定的键，将原结构转变为如下形式： Chemsketch简介*翻转结构 水平键 垂直键翻转键上下翻转键左右翻转键设定水平健、垂直健 或健的翻转，首先选择相 应的按钮，再点击相应的 健即可。进行上下翻转和左 右翻转，首先选择目标结 构和或图象，点击相应的 按钮即可。 Chemsketch简介*5 画复杂结构5.1 使用原子团表5.2 使用环结构5.3 删除原子和图象 5.4 替换原子5.5 设定双键和叁键5.6 标定电荷5.7 显示原子性质Chemsk
8、etch简介*5.1 使用原子团表Chemsketch简介*点击COOH按钮 点击设定垂 直键按钮5.2 使用环结构Chemsketch简介*删除结构中的所有羟基和羧基：1. 依次删除每个原子；2. 一次自动删除所有原子。 5.3 删除原子和图象Chemsketch简介*5.4 替换原子注意： 在连续画图模式下，不能替换原子Chemsketch简介*5.5 设定双键和叁键Chemsketch简介*当您使用电荷按钮或对一个非金属的原子进行电荷标定时，相应的氢原子也随之加减，以保证化合价的正确。如果您对一个金属原子进行电荷标定，电荷的增减决定于它自身的化合价。 5.6 标定电荷Chemsketch
9、简介*原子的化合价或同位素质量，或者改变原子的大小，点击选择/移动按钮。双击需要改变性质的原子。这时出现性质对话框。 5.7 显示原子性质Chemsketch简介*6 超级结构6.1 2D优化v创建环烷烃结构v画环形的氨基酸6.2 3D优化v创建双2，2，2环己烷结构、三将军结构v创建三环己烷结构v3D画法：show3Dv创建一个库班(Cubane)v创建一个十二面体结构Chemsketch简介*6.1 2D优化创建环烷烃结构 练习：用以上方法画10个碳和8个碳的环。Chemsketch简介*画环形的氨基酸 TyrAlaTrp注意： 在固定原子团前，可通过按TAB键翻转原子团。 Chemske
10、tch简介*Chemsketch简介*Chemsketch简介*Chemsketch简介*练习画如下缩氨酸：PheLeuOrnVal Pro Pro ValOrnLeuPheChemsketch简介*如何创建一个含有非标准角度和键长的结构。重要一点：先去掉位于结构表中性质对话框中增加氢原子标记。options-preferences-structure 6.2 3D优化Chemsketch简介*创建双2，2，2环己烷结构、三将军结构Chemsketch简介*Chemsketch简介*创建三环己烷结构Chemsketch简介*注意： 选定了结构表(Structure tab)中性质对话框(Pre
11、ferences dialog box）中的3D旋转模式检查对话框，当3D优化后，将自动进行3D旋转。 可通过选择结构表中性质对话框中的交叉键选项，使背景键(background bond)断开或不被标记。Chemsketch简介* 可通过使键向前(Bring Bond to front)或使键向后(Send Bond to Back)命令，改变您感兴趣的键的位置。可在改变位置(Change Position) 工具激活时，按下SHIFT键，点击键将其由后面转到前面。Chemsketch简介*3D画法：show3DChemsketch简介*Chemsketch简介*注意： 如果工作区中有多个结
12、构，先利用选择工具选取 将进行3D优化的结构(您可以利用选择/移动、选择/ 移动/调整、3D旋转工具) 。选定3D旋转(3D Rotation) 工具，将鼠标放置在 任意原子或键上，在工作区拖动鼠标旋转结构，直到 它成为您需要的结构。在工具菜单中选择显示芳香性命令，显示如下芳 香性环： Chemsketch简介*点击3D优化按钮 创建一个库班(Cubane)Chemsketch简介*练 习Chemsketch简介*创建一个十二面体结构Chemsketch简介*Chemsketch简介*4,6Fullerene-C24 5,6Fullerene-C24 Chemsketch简介*7高级画法n7.
13、1 插入模型工具n7.2 画结构式的原子团表n7.3 来自模型窗口的模型n7.4 画复杂的生物化学结构n7.5 定义用户模型Chemsketch简介*模型 原子基团表(Table of Radicals)模型窗口(Template Window)插入模型工具(Instant Template tool) Chemsketch简介*将模型连接到结构上有以下几种方法：通过连接结构与模型的键： 将鼠标的指针指向特定的键，使结构的键和模型的影子结合，再点击鼠标。通过模型接近结构：将鼠标指向结构中相应的原子，产生连接键后，点击鼠标。通过模型和结构之间的螺旋线连接：将鼠标指向要连接的原子，按下SHIFT键
14、，点击鼠标。Chemsketch简介*创建一个环形结构选择插入模型工具，点击箭头所指原子，创 建一个插入模型。点击箭头所指原子，接上模型 。 7.1 插入模型工具Chemsketch简介*Chemsketch简介*选择正常画图工具，点击指定的原子，完成环 Chemsketch简介*创建荧光胺的结构 7.2 画结构式的原子团表Chemsketch简介*在左侧原子工具表中选定氧按钮 (注意此时正常画图工具自动激活)，点击指定的原子，用氧取代。点击鼠标右键，选择连续画图工具，双击指定的原子，连接OH集团。 Chemsketch简介*Chemsketch简介*创建一个DNA分子图象7.3 来自模型窗口
15、的模型Chemsketch简介*点击工作区复制选定的模型。 按下SHIFT键，移动鼠标到指定原子，点击以连接下一个去氧核糖-5-磷酸盐图象。 画脱氧核糖-5-磷酸盐链的图象Chemsketch简介*Chemsketch简介*选定选择/旋转/调整大小工具。通过拖动矩形选择框选定结构中指定部分，将动作中心拖到指定的氧原子上。按下SHIFT键，拖动结构中选定部分顺时针旋转90度。 Chemsketch简介*1、打开模型窗口，由DNA/RNA中通过点击将连接的原子选择您需要的碱基。2、将鼠标移动到指定的原子上，按下SHIFT键，点击鼠标。 注意：在固定模型的影子之前，您可以点击TAB键将其翻转 。Chemsketch简介*重复步骤2给其他核甘酸添加碱基。Chemsketch简介*创建-麦芽糖酶(-Maltose)结构 7.4 画复杂的生物化学结构Chemsketch简介*1、点击打开模型窗口按钮。2、选择Sugars:alpha-D-Pyr 表，确认您看到的是1(4)Haworth Formulae 页， 如果不是，点击右边箭头，直到找到为止。3、点击-D-Glucopy
