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1、华大基因首次全面发布最新版 生物信息分析软件华大基因首次全面发布最新版 生物信息分析软件 2011 年 7 月 6 日，华大基因生物信息软件发布会在深圳福田区大中华喜来登酒店隆重举行。会上发布的生物信息软件是华大基因自主研发且广受业界欢迎的工具升级及扩展之最新力作， 它们将为生物学家提供强有力的解决方案，使研究者能够更加方便地使用这些生物信息学工具进行实验设计及分析。 本次发布的生物信息软件主要包括三个方面：基础数据分析工具、 群体遗传学分析工具和传统工具的优化升级版。 华大基因科学技术部门负责人李英睿指出：“随着生物信息学在生命科学领域的作用日趋重要， 生物信息学分析软件已成为生物学工作者做
2、研究的必备工具。 全新升级版的软件增加了多项新的功能，具有稳定性好、效率高等优点，可以支持动植物、 微生物及人类疾病等领域的个体及群体多组学研究。 通过这些软件工具可以对海量的原始数据进行分析、处理，使之成为具有明确生物学意义的信息， 从而使人们能够更加深入地了解生物的起源、遗传、发育与进化的本质。” 来自华大基因生物信息软件研发团队的专家们分别对这些软件进行了详细地阐述并简单介绍了其使用方法等。 基础数据分析工具可以对新一代测序技术产生的各种基因组数据进行全方位分析，包括具有更高效率与精度的重新设计功能并对国际标准格式兼容的比对软件 SOAPaligner3、能获得更加准确和完整基因组序列的
3、从头组装软件SOAPdenovo2、 基于基因组局部组装的 indel 检测方法的 SOAPindel、 基于基因组从头组装结果的单碱基分辨率结构性变异检测方法的 SOAPsv 等； 而传统工具在优化升级后也极大的提高了运行速度及效率。 SOAPdenovo2 的研发负责人之一李振宇指出：“SOAPdenovo2 是 SOAPdenovo 的升级版，其性能和适应性均有较大提高， 能够组装出更加精确和完整的基因组序列”。 群体遗传学是遗传多样性研究的重要理论。 目前， 传统的人工算法已远远不能满足群体遗传学分析的要求， 而群体遗传学分析软件和软件包不仅可以满足其要求， 而且还可以方便快捷地处理大
4、量的分析数据。 华大基因此次还发布了非常实用的群体遗传学分析工具， 其主要基于群体基因组学研究产生的海量数据为基础， 可以对群体遗传变异进行更加高效、更加准确的检测分析。华大基因信息分析技术导师邵浩靖指出：“我们可以提供群体插入删除分析和群体变异检测方法， 这些方法可以对大于500 个样本的群体的中低深度重测序数据进行分析。” 就传统工具的优化与升级， 华大基因弹性计算中心研发主管向伟说：“采用分布式版本对基因组的拼接与组装有两个好处： 一是运算速度与集群大小呈线性增长； 二是可以根据任务大小轻重缓急弹性地分配计算集群资源， 而不是各种不同的任务在同一个集群里排队。这样既可以提高效率，也可以节
5、约资源及成本”。 华大基因高性能信息分析中心负责人王丙强博士指出：“随着基因组学的快速发展，其产生的海量数据对存储、 计算机性能等方面以每 12-18 个月 10 倍的速度在增长，并已远超越著名的摩尔定律。为了解决这一难题，华大基因信息生产中心正不断地在高性能计算领域内开发可以解决海量数据方面的硬件”。 发布会上， 与会者就生物信息软件相关问题进行了提问，华大基因研究人员均一一详细解答。最后， 华大基因宣布了本次发布软件均可免费下载并公布其使用路径（http:/ 可以很好的满足研究机构或医疗机构对不同的生物学数据的深度挖掘及分析的要求。通过这些生物信息分析软件，使用者可以独自进行基因组数据的分析， 如组装、 基因预测、功能注释、重复序列分析、SNP分析、进化相关分析等。据悉，华大基因每年还会举办多次生物信息学培训班， 让广大科研人员可以熟练地掌握生物信息分析软件的使用方法及如何更加科学有效地分析、挖掘这些生物信息数据资源。 2011年12月1日第八十八期第 42 页，共 42 页下一页 返回
