《文昌鸡产蛋性能及蛋品质性状分子标记的研究》由会员分享，可在线阅读，更多相关《文昌鸡产蛋性能及蛋品质性状分子标记的研究（126页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、扬州大学博士学位论文文昌鸡产蛋性能及蛋品质性状分子标记的研究姓名：吴旭申请学位级别：博士专业：动物遗传育种与繁殖指导教师：王金玉;陈宽维20060501摘要中文摘要以文昌鸡作为试验样本，采用候选基因法，以G N R H R 、N P Y 、G H R( i n t r o n2 、i n t r o n5 ) 、P R L 、E S R 4 6 2 、E S R 4 6 5 、I G F I 、T G F p 一2 、T G 耶- 3 、T G F p - 4 十一个基因座位候选基因，以及鸡2 号、4 号、z 染色体上2 0 个微卫星标记进行鸡产蛋性能和蛋品质性状分子标记研究。1 首次在文昌鸡
2、中检测了与产蛋性能相关的十个候选基因座位的多态性。在这十一个基因位点中，处于H a r d y W e n b e r g 平衡状态的有六个，它们分别是G N R H R ( i n t r o n1 ) 、N P Y ( T S S ) 、P R L 4 5 0 ( i n t r o nI ) 、E S R 4 6 2( 5 。f l a n k i n gr e g i o n ) 、I G F ( 5 U T R ) 、T G 邱一3 ( i n t r o n4 ) ：非H a r d y W e n b e N平衡状态的有五个：G H R 4 4 2 ( i n t r o n2
3、) 、G H R 4 3 6 ( i m r o n5 ) 、E S R 4 6 5 ( 5 f l a n k i n gr e g i o n ) 、T G F p 一2 ( P r o m o t e rr e g i o n ) 、T G F p 一4 ( e x o n1 ) 。其中E S R 4 6 5 ( 5 f l a n k i n gr e g i o n ) 、T G F p 一2 ( P r o m o t e rr e g i o n ) 、T G F p 一4 ( e x o n1 )位点中未发现多态。2 初步确定了1 个新的与鸡产蛋性能相关的分子标记，该标记位于E
4、 S R基因5 调控区域，对两种纯合基因型的片段进行回收、克隆、测序比较发现，E S R 基因5 侧翼序列片段中第5 8 0 位核苷酸A A T A 缺失，因而造成该基因5 侧翼序列的多态性。确定了4 个与鸡产蛋性能相关的分子标记：G N R H R 基因内含子1 处的劫u l l 凹I 酶切位点、N P Y 基因转录起始区域的O r a l 酶切位点、E S R 基因5 调控区域的S S C P 位点、I G F I 基因5 非编码区域愚r I 酶切位点；3个与鸡蛋品质性状相关的分子标记：G H R 基因内含子5 的N s p I 酶切位点：I G F I 基因5 非编码区域愚f I 酶切位
5、点；T G F B 一3 内含子4 的8 s l f 酶切位点。兰一堑型查堂堕主兰垡笙奎3 对基因型与所检测个体相应的产蛋性能、蛋品质性状采用G L M 分析进行遗传效应研究，结果表明：G N R H R 基因对3 0 0 龄产蛋数、4 0 0 日龄产蛋数有显著影响( 显性作用) ，其中，G N R H R A I A 2 基因型个体比G N R H R 基因型个体3 0 0 日龄产蛋数高8 2 6 ( P ( b u f f e r 缓冲液2 0uI ，2 0 0 9 Me a c hd N T P ，1 5 r a MM g C l 2 ，引物浓度为1 0 9 M ，2 UT a qD N
6、 A 聚合酶，5 0n g基因组D N A 。反应条件为9 46 C 热变性5r a i n ，然后9 4 4 5s ，5 5 6 0 。C复性4 5s ，7 2 。C 延伸4 5s ，3 5 个循环，最后7 2 。C 延伸1 0m i n 。十一对引物最佳P C R 扩增体系见表2 4 。3 2扬州人学博十学位论文表2 4 候选基因最佳P C R 扩增条件T a b l e2 - 4T h eo p t i m i z e dc o n d i t i o n so fP C Rf o rc a n d i d a t eg e n e s预变性变性 基冈退火延伸循环数延伸 P r e d
7、e n a t u r aD e n a t u r a G e n eA n n e a l i n gE x t e n s i o nC i r c l e sE x t e n s i o n 1 i z a t i o n- l i z a t i o nG N R H R9 4 5m i n9 4 4 5S58 4 5 s7 2 4 5 s3 57 2 1 0 m i nN P Y9 4 5m i nG H R 4 3 69 4 5m i nG H R 4 4 29 4 5m i nP R L 4 5 09 4 5m i nE S R 4 6 29 4 5m i nE S R 4
8、6 59 4 5r a i n9 4 4 5S9 4 4 5S9 4 4 5S9 4 4 5s9 4 4 5S9 4 4 5s5 8 4 5 s5 6 4 5 S5 9 4 5 S5 9 4 5 s5 8 4 5 S5 6 4 5 sG F I9 5 5m j n9 5 4 5s6 0 4 5 sT G F B 一29 4 5m i nT G F 8 39 4 “ C5r a i nT G F 8 - 49 4 5m i n9 4 4 5S9 4 4 5s9 4 4 5S5 5 4 5 S5 8 4 5 s5 8 4 5 S7 2 4 5 s3 57 2 4 5 S3 57 2 4 5 S3
9、07 2 4 5 S3 07 2 4 5S3 57 2 4 5 s3 57 2 4 5S3 57 2 4 5 s3 57 2 4 5 s3 57 2 4 5 S3 57 2 1 0 m i n7 2 5 m i n7 2 l0 m ir l7 2 1O m i n7 2 1 0 r a i n7 2 1 0 m j n7 2 5 m i n7 2 1 0 m j n7 2 C1 0 m i n7 2 1 0 m i n吴旭：文昌鸡产蛋性能及蛋品质性状分子标记的研究里8 5 候选基因P O R - R F L P 分析G N R H R 内含子1 的P C R 扩增产物用B p u l l 0
10、2 1 内切酶进行酶切：I G F I 基因5 非翻译区的P C R 扩增产物用P s t I 内切酶进行酶切：G H R 4 3 6 内含子5 的P C R 扩增产物用N s p l P q 切酶进行酶切；G H R 4 4 2 内含子2 的P C R 扩增产物用H i n d l l l 内切酶进行酶切；N P Y 转录起始区域的P C R 扩增产物用D r a l t 内切酶迭行酶切；T G E B 一3 内含子4 的P C R 扩增产物用B s l I 内切酶进行酶切；酶切产物用3 的琼脂糖凝胶电泳检测。6 x 寸引物的最适酶切条件及酶切类型见表2 5 和表2 6 。表2 5 候选基因
11、的最适酶切条件T a b l e2 - 5T h eo p t i m i z e dd i g e s t e dc o n d i t i o n so fc a n d i d a t eg e n e s P C Rp r o d u c t s一=寻2一一寸口c卜n鬯HI“【o口一函nHo卜一一u“uo冀o=一No占(1母一卜_)H一”n乙，”!一HN一导I葛一访tog一卜一一N9寸c卜nN一工一卜i口cj盆o)|“quo葛l口H6巴d【日 oo芒器牮n=鼍山窨一1山：詈oZ一一。vd)脚叫嚣咪树懈，虮。0d)婶净嗽洲、c，群。划o o o _ 【*吩。寸ooo l*叫oo oo I
12、=oo。o o岍o o o蝴骚极o o o 【卜oo；* o N oo_【oooooln _ 【o兰_ 【N oo o o 一* N q No _o o o 【卜NcN 【oc ，o o o 【*卜NoIN oo *_【oo o o _ 【* * 甘No I_ I oo * * 卜N o* * N o oo o o _ 【o N o on一ol卜田oo ，n _ 【o* * 寸旧。删收跚轻磐鼙规牮孙戗誓毯嘤眼嘲赵堑珉黼螂艰强槲瓤葵掣船童一蚤!1日j叮暑暑Q口oE日芒型u墨Qouco一葛I。bo。LI卜心n旦D捌卜轻峨彬罂g垦嚣赳峰眶嘲删磊莲-c韶似管罩J士l婪扑 0 0 5 ) 。3 2P R
13、 L 基因作为候选基因的效应分析3 2 1P R L 基因单核苷酸多态眭的检测采用P r e m i e rP r i m e r5 0 引物设计软件对P R L 基冈的内含子1 设计特异引物。引物序列见表2 3 ，以文昌鸡基因组D N A 为模板进行P C R 扩增，结果表明其片段长度与所设计的片段大小一致，而且没有非特异的条带，因此町以用来进行S S C P 分析。对该P C R 产物的S S C P 分析在文昌鸡基因组中检测到3 种基因型( 图4 5 ) 。图4 - 5 文昌鸡P R L 基因内含子1P C R 产物的S S C P 电泳F i g 4 - 5P C R S S C Pp
14、 a t t e r nf o rP R Li n t r o n132 2P R L 基因多态性与产蛋性状的相关分析与讨论由表4 - 5 可以看出，文昌鸡的3 0 0F 1 龄产蛋数、4 0 0 龄产蛋数、平均连产天数和双黄蛋数在不同基因型矧存在差异，其中E l E l 型的个体无论在产蛋数和平均连产天数上，都高于其它两种基因型个体。但不存在显著性差异。即酶切位点P R L 对文昌鸡产蛋性状不存在显著影响。表4 5 文吕鸡P R L 基冈不同基因犁与产蚩性状的相天性T a b l e4 - 5C o r r e l a t i o na n a l y s i sb e t w e e ng
15、 e n o t y p e so fP R La n de g g 一( a y i n gtr a i t si nW e n c h a n gc h i c k e n基因型 性状加性效应显性散应G 。“O t y p e A d d i t i v eDominantTrat siE I E IE I E2E ! E !一一3 0 0 日龄产蛋数 8 62 68 39 48 00 00 1 4 40 0 4 3 8 6 8 39 48 0N E ( 3 0 0 d )4 0 0 日龄产蛋数1117 41 O q039 73 02 28 00 9 51s11 17 41O 13N E ( 4 0 0 d j平均连产大数 ，1 629 227 90 0 9 800 0 43 。A D C E双黄蛋数 3 70038o09902 3002 03 7uD y E注：表上数值为最小一乘均数，标有相同字母表示若异不显著，+ 号、小写字母表示差异显著，+ + 号、大写字母表示莘异极显并。N o t e ：A I It h ed a t e si nt h et a b l ea r e
