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1、基础基础 Pymol 命令命令这里主要介绍一下 Pymol 的一些基本命令操作。就像 Linux 一样，要想更好的操作 Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol 是区分大小写的，不过目前为止 Pymol 还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。当你开始用 Pymol 来完成一个项目时，你也许想会让 Pymol 自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个 log 文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol 像 Linux 一样支持 Tab 键命令补全：Pymol log_open log-file-name.pml如果
2、你想终止记录，只需要键入：Pymol log_close好了，现在载入 pdb 文件（继续前用的 pdb 文件）：Pymol load 2vlo.pdb现在 Pymol 就创建了一个叫 2vlo 的对象，你可以在内部 GUI 窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字（如 test）：Pymol load 2vlo.pdb, test下面说说如何来操作你新建的对象。首先：Pymol show representationPymol hide representation其中 representation 可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres,
3、surface 和mesh。使用这 2 个命令可以让 Pymol 以不同的方式显示蛋白质结构。例如当我们键入：Pymol hide linesPymol show ribbon我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有 2 个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让 Pymol 只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令：Pymol label all, chains这个命令的作用是让 Pymol 给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”AE 组成，第二个则由 FJ 组成。好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”AE 或者 FJ 去掉即可：Pymol h
4、ide ribbon, chain f+g+h+i+j上面的东东还可以这样完成：Pymol select test, chain f+g+h+i+jPymol hide ribbon, test上面的第一句命令的作用是选择“链”FJ，并命名为 test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。比如你可以：Pymol hide everything, testPymol show cartoon, test这样你会得到：说到这里就提到了 Pymol 的一个比较重要
5、的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是：Pymol select selection-name, selection-expression其中名字可以由字母A/aZ/z，数字09已经下划线_组成，但是要避免使用：! # $ % & * ( ) “ | ? /如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：Pymol delete selection-namePymol delete object-name下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。预定义的颜色名字可以在外部 GUI 窗口的 Settings Colors 中找到：Pymol color color-namePymol color
6、color-name, selection-expression比如我们可以：Pymol color red, ss hPymol color yellow, ss sPymol color green, ss l+“其中“ss”代表 secondary structure，“h”代表 Helix，“s”代表 Beta sheet，l+“代表 Loop 和所以其他结构。这 3 句的作用分别是把所有的 Helix 变成红色；把所有的 Beta sheet 变成黄色；把所有的 Loop 以及其他部分变成绿色，于是我们得到：Pymol 可以同时打开多个 pdb 文件：Pymol load objec
7、t-name-1.pdbPymol load object-name-2.pdb如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：Pymol disable object-name-1Pymol enable object-name-1你也可以用 disable 命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。Pymol disable selection-name使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如 zoom，orient 等等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。放大选定目标：Pymol zoom selection-
8、name定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示：Pymol orient selection-name你也可以用 view 命令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式：Pymol view key, action其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：store 或者 recall。如果不加任何“action”，则默认为 recall：Pymol view v1, storePymol view v1, recallPymol view v1说了这么多，最后说说如何保存文件吧。Pymol 有 3 个层面的保存方式
9、，下面来分别说说。1. 使用 log_open 命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档：Pymol log_open script-file-name这样以后当你再次调用该文档时，Pymol 将执行上面的所有命令：Pymol script-file-name不过注意，如果你想记录当前视角，则必须使用 get_view 命令。你可以选择外部 GUI 窗口中的 File Append/Resume/Close Log 来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。你可以随时编辑该文档。在 linux 下，该文档的默认保存目录为当前用户的 home 目录。2. 如果你想下次打开 Pymol 时直接回
10、到当前所在的状态，那么你可以选择外部 GUI 窗口里面的 File Save Session，创建一个会话文件（.pse）。该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于，首先文档文件可以编辑，但会话文件不可以；记录文档文件前必须先运行 log_open 命令，而会话文件可以随时创建；最后文档文件以文档形式运行（），而打开会话文件则必须选择外部 GUI 窗口中的 File Open。什么时候需要创建会话文件呢？比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选择，不满意时只需要重新打开该会话文件即可。也就是说创建会话文件起到了“undo”的作用，这正是 Pymol 所缺少的。希望开发
11、者能赶快加入该功能，那么这个会话文件好像就没什么大用了，呵呵。3. 如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可以把它保存为图片。在这之前你可以使用 ray 命令来优化你的图像，它可以使你的图像具有三维的反射及阴影特效：Pymol rayPymol pngyour_path/image_name最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。Pymol 命令的语法与目标选择的表达命令的语法与目标选择的表达上次介绍一些上次介绍一些 Pymol 的基本命令。现在来具体说说的基本命令。现在来具体说说 Pymol 命令的语命令的语法，还有在选择操作目标应该如果表达。个人觉得这部分内容对学习
12、法，还有在选择操作目标应该如果表达。个人觉得这部分内容对学习Pymol 来说是至关重要的。来说是至关重要的。从上次讲的一些例子中不难看出，从上次讲的一些例子中不难看出，Pymol 的命令都是由关键词的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（）加上一些变量（argument）组成，格式如下：）组成，格式如下：Pymol keyword argument其中关键词（其中关键词（keyword）当然是必须的，而变量则不是必须的，比如）当然是必须的，而变量则不是必须的，比如退出命令退出命令 quit 就不需要附加变量：就不需要附加变量：Pymol quit当然更多的命令通常是需要加变量的，比如
13、放大命令当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令 zoom，但是你，但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为 Pymol 的的许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一样的，其中的目许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一样的，其中的目标选择标选择 all 就是就是 zoom 的默认变量：的默认变量：Pymol zoomPymol zoom all还有些命令可以带多个参数，比如加色命令还有些命令可以带多个参数，比如加色命令 color，它的用法如下：，它的用法如下：Pymol color color-name
14、Pymol color color-name, selection-expression第一个第一个 color 虽然只带一个变量虽然只带一个变量“color-name“，但其实它包含了第二，但其实它包含了第二个默认变量个默认变量 all，所以它的作用是把整个结构变成，所以它的作用是把整个结构变成“color-name“的颜色。的颜色。第二个第二个 color 带两个变量，和第一个的区别就是把默认的目标选择变带两个变量，和第一个的区别就是把默认的目标选择变量量 all 变成了变成了“selection-expression“，也就是说只有被这个变量选中，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变
15、成的部分才会被变成“color-name“定义的颜色。定义的颜色。要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号“,“隔开。隔开。通过这个例子，大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如通过这个例子，大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如“color-name“，就是一个颜色名字而已，没什么复杂的。另一些则不，就是一个颜色名字而已，没什么复杂的。另一些则不一样，比如一样，比如“selection-expression“，它可以很简单，也可以非常的，它可以很简单，也可以非常的复杂。这个东东，我称之为选择表达，对复杂。这
16、个东东，我称之为选择表达，对 Pymol 命令的使用非常重要，命令的使用非常重要，所以下面要详细的讲一下。所以下面要详细的讲一下。选择表达（选择表达（selection-expression）表示的实际就是一些被选中的部）表示的实际就是一些被选中的部分，它们可以是一些个原子，一些个分，它们可以是一些个原子，一些个 Helix，一些个，一些个 Beta sheet，或，或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线_组成，但是因避组成，但是因避免使用下列符号：免使用下列符号：! # $ % & * ( ) “ | ? /选择表达由所谓的选择表达由所谓的“selector“加上加上“identifier“
