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1、第一章 界面介绍 本章详细介绍了 Crystalmaker 的操作界面，便于用户选择操作命令和保存文件。本章所有 的图片都是在 Mac OS X 10.5 “Peopard”上获得的。菜单介绍 Crystalmaker (Mac version) 记录、应用文件，隐藏或退出程序 File 打开、创建、保存和关闭文件。输出相关的文本和图片 Edit 编辑文本、结构和化学键；拷贝图片到剪切板，或者取消上步操作 Selection 选择原子相关的操作，例如标注、显示、隐藏原子 Model 选择结构模型显示的形式 Rendering 对模型的显示进行不同的设置 Transform 旋转、测量图片命令。
2、可以测量化学键角度，或者产生粉末/单晶衍射花样 Window 对 Crystalmaker 操作界面进行设置 Help 提供在线帮助和用户手册图片界面 结构在图片界面中显示。选择 Window Show Ruler 可以添加标尺。图片面板 结构主要在图片面板中显示，在这里可以对结构进行旋转和测量操作，或者使用快捷键对 其进行操作。工具栏 工具栏是对工具板的很好补充。对于常用的命令还设置了快捷键。打开或关闭工具栏： 选择 Winsow Show/Hide ToolbarSidebar 包括 Site Browser 和 Notes pane 打开/隐藏 Sidebar 的两种方法： (1) 点击
3、 Toolbar 上的 Sidebar; (2) 选择 Window Show/Hide Sidebar隐藏 Notes pane 的三种方法： (1) 点击 Toolbar 上的 Notes pane 来显示/隐藏 Notes pane； (2) 双击 Sidebrowser 和 Notes pane 之间的分隔栏； (3) 把 Sidebrowser 和 Notes pane 之间的分隔栏拖动到最下面隐藏 Site Browser 的方法： (1) 把 Sidebrowser 和 Notes pane 之间的分隔栏拖动到最上面；Site Browser Site Browser 提供关于结
4、构中原子的信息。可以按照元素、位置标注对列表进行重新排列、 同时在 Site Browser 中，可以对原子的颜色、可见度、标注以及半径进行编辑，并对单个 位置或者同元素的原子簇进行编辑。Notes pane 在 Notes pane 中，可以保存关于结构的文本信息Overview Window Overview Window 提供关于复杂结构的动画和视频制作、文件浏览以及结构输出的具体细 节等信息，由 Views, History, file 和 Log 四部分构成。View Pane View pane 有以下用处： (1) 记录从特定视角观察晶体的图片； (2) 在统一界面中同时操作几个
5、晶体； (3) 制作动画和视频创建操作结构的视图，方法有二： (1) 点击 window toolbar 中的 Snapshot； (2) 选择 File Take Snapshot 一张结构图片就会出现在 View pane 中。从已有文件中创建视图： (1) 把一个或多个文件拖动到 Views pane 中。每个文件就会加载到 Graphics window 中，缩 略图会再在到 Views pane 中；(2) 当 Views pane 可视时，点击 Add 按钮，然后选择想要加载的文件。加载一个视图： 点击 views pane 中的视图，使用键盘上的箭头进行选择。重新排列视图： 点击
6、并拖动视图，对其进行重排重命名视图： 点击视图文件，输入新的文件名，按 Return 或 enter 键完成设置更新视图： 用户可以重新生成一个视图，以匹配与现在显示的结构： 右键单击要选择的视图，选择 Replace with current view同步视图 Crystalmaker 强大之处在于它能快读的同步多个窗口。这样，如果一个视图和另一个相关， 用户可以对它们的显示进行设置，诸如原子颜色、渲染样式、位向、尺寸等。使用同步命令： (1) 确保主视图在 Graphics window 的最前面，这个结构的设置将应用到所有的其他结构中；(2) 选择 Transform Synchroni
7、ze 命令； (3) 出现一个对话框，显示需要同步哪些视图； (4) 点击 OK 开始同步。动画视图Overview Actions 菜单上的 Play 命令，可以反复播放视图，同时还可以全屏播放或者结构旋转。用户可以控制播放的速度。按 escape 退出动画播放。从视图中生成视频使用 Overview Actions 菜单上的 Play 命令，可以生成一个 Quicktime 视频。这在展示结构行为和相转变时比较有用。Files Pane 用户可以在这个面板上管理最近的文件，并在快速的在不同的结构间进行切换。 新近打开的文件会显示在 Files Pane 的左上角。用户也可以把未打开的结构加
8、到 Files Pane 中，并会显示为缩略图。添加文件到 Files Pane： (1) 把一个或多个文件拖动到 Files Pane 中；(2) 或者点击 Overview 上的 Add 按钮，然后选择想要加载的文件。把文件从 Files Pane 移除： (1) 右键点击文件缩略图，选择 Remove 命令；(2) 点击 windows Actions 按钮，选择 Clear Files List，移除所有文件。重新排列缩略图： 点击拖动缩略图，对其进行重新排列。使用 Files Pane 打开一个文件： (1) 点击文件的缩略图，在现在窗口中打开文件； (2) 右键点击缩略图，选择 O
9、pen in New Window，在新窗口中打开文件。显示 Slideshows 和 Animations 使用 Views pane，我们可以使用 Files pane 中的文件来展示 Animated slideshows。选用Overview Actions 菜单。History Pane Crystalmaker 会跟踪文件修改，并把它们显示在 History Pane 中。History Pane 左上侧的缩略图为用户最近打开的文件；接下来的缩略图代表按时间顺序编辑 过的文件。点击缩略图，转到那个阶段的文件。Log Pane Overview window 上的 Log Pane
10、显示了状态信息和屏幕工具的操作结果和化学键搜索结果。用户可以把 Log Pane 中的信息拷贝到其他程序中。在 Overview Actions 菜单中，选择Text Options 可以对文本进行编辑。工具面板(Tools Palette) 工具面板中的屏幕工具，可以操作、测量和编辑结构。测量工具加上旋转工具，可以对晶 体进行精确位向操作。 用户可以在键盘上输入相应的字母来选择工具。 在工具面板的最上面，会显示晶体结构或单分子的彩色图片：这是显示是否在分子模式的 快捷方法。分子模式用来描述原子团以及其它没有长程对称的结构。使用工具面板 选择 Window Palettes 显示工具面板。所有
11、窗口的大小和位置都在在上次退出程序时自动 保存。设定工作台 选择 Window Workspace，在其子菜单中显示工作台。全屏模式 Crystalmaker 支持全屏模式，便于用户专注于结构。 全屏模式下，Graphics window 会自动调整以适应全屏的尺寸。通过把鼠标移至屏幕的上部，用户仍然可以使用菜单命令。进入全屏模式： 点击 window toolbar 或者 Tools palette 上的 Full Screen 按钮，或者快捷键 F。退出全屏模式： (1) 按 Escape 键； (2) 或者点击 Tools pallete 中的 Standard Screen，快捷键 F
12、。在线帮助系统 Crystalmaker 的在线帮助可以通过以下途径获得： (1) 选择 Help 菜单； (2) 点击一些出口中左下角的 Help； (3) 点击 F1。第二章 软件预览 本章分为三个连续的部分，分别介绍 Crystalmaler 的不同功能。第一部分我们将建立一个 新的晶体结构，包括对称性和化学键。第二部分我们研究不同的显示选项，包括图形样式 和不同的模型类型。最后一部分我们将使用程序中的不同工具来测量结构、显示配位团， 以及以文本文件和网页的方式输出数据。第一节 建立无机物晶体结构 本节我们介绍如何创建、显示和保存一个新的晶体结构。我们将以和其他无机物结构类似 MgAl2
13、O4为例。结构数据 在 Crystalmaker 中，可以使用数据编辑器来编辑晶体常数、对称性以及位置坐标。同时还 可以编辑颜色、原子半径，定义化学键等。 使用以下结构数据：输入结构数据 (1) 选择 File New Crystal 命令； (2) 出现以下 Edit Crystal 对话框：(3) 在 Spacegroup 栏中输入以下字符： F d 3 m origin 2 (字符间留空格)。如果输入格式错误，Crystalmaker 会提醒用户。 如果空间群符号输入正确，只有一个晶格常数会保留。Crystalmaker 识别出输入的空间群 符号对应一个立方晶体，并且只需要 a 单胞参数
14、。 (4) 按 Tab 键移至 a 栏，输入 8.08，对话框如下：(5) 现在我们需要考虑晶体的非对称基元中的三个位置，对于每个位置，Crystalmaker 需要 以下信息： 位置标注(最多六位字符，字符间不能有空格)； 一个或多个化学符号以及它们的占位率值(Crystalmaker 使用元素符号来决定其原子半径和 原子颜色；元素符号可以是一个或两个字母)；每个位置的 xyz 位置坐标。可以以分数(1/2)或小数(0.5)形式输入。 (6) 点击 Add 按钮，或者按回车键开始编辑一个新的位置； (7) 窗口中会出现包括默认的标注、位置坐标和占位率的条目。我们对这些设置进行编辑；(8) 加
15、亮位置位置标注。输入一个新的标注(最多六位字符，不能包括空格)我们选择 Al(1)。按 Tal 键移至下一个编辑栏； (9) 假定这个晶体有序，我们只需要输入单一的占位率值。此例中我们输入“Al 1.0” ； (10) 在 x, y, z 栏中输入 0.5，编辑窗口如下：(11) 按 Return 键完成编辑该位置； (12) 现在，按照结构数据表给出的信息，分别输入 Mg 和 O 位置的数据。使用 Add 按钮添 加新位置，或使用 Remove 删除一个位置； (13) 当完成晶体数据输入后，对话框如下：显示晶体现在，所有的结构数据都以输入，接下来我们要显示一个单胞内的所有原子： (1) 点
16、击以上 Edit Crystal 窗口的 OK 按钮； (2) Edit Crystal 窗口消失，状态窗口出现。 在状态窗口中，使用输入数据建立的晶体就会出现。这时，一个立方形外形，包括一组原 子的结构就会出现。改变原子的颜色和半径 如果用户输入的元素符号被 Crystalmaker 识别，就会自动赋予它一个颜色和半径。 如果用户想要在晶体中包括其他元素类型，并且改变 Crystalmaker 的默认设置，使用 Site Browser 可以对原子的颜色和半径进行定义，如下：(1) 选择 Window Show Sidebar 命令，出现 Site Browser 窗口。如果还是不能显示，选择 Window Sidebar Site Browser 命令； (2) 我们开始编辑原子颜色。Colour 栏多个可以改变单个位置颜色的按钮； (3) 点击一个颜色按钮，选择一个新的颜色； (4) 我们开始编辑原子半径。需要注意的是原子半径的单位为埃； (5) 点击 Mg 的半径值； (6) 输入一个新的值，例如 1.0，然后按 Ret
