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1、Fastq_clean使用说明 Fei lab Boyce Thompson Institute for Plant Research, Cornell University, Tower Road, Ithaca, NY 14853, United States of America, Jan 29, 2014 1. 简介 . 3 2. 下载与安装 . 4 2.1 运行环境 . 4 2.2 与硬件相关的参数 . 4 2.3 从一个实例出发 . 4 3. 处理Illumina数据 . 6 3.1 基本原理 . 6 3.2 整体流程 . 7 3.3 参数详解 . 9 3.1.1 必须参数 . 9
2、 3.1.2 可选参数 . 10 3.1.3 R脚本相关参数 . 11 3.1.4 BWA相关参数 . 11 3.1.5 根据测序长度调整参数 . 12 4. 质量控制信息详解 . 14 4.1 获取质量控制信息 . 14 4.2 使用质量控制信息 . 16 5. 案例分析 . 16 6.1 rRNA污染过多 . 16 6.1.1 软件版本和数据 . 16 6.1.2 问题解决流程 . 17 6.1.3 看看无法配对的读段 . 19 6.1.4 总结 . 19 6.2 拼接的转录组是否还有污染 . 19 6.3 读段比对到参考基因组比例低 . 20 6.3.1 软件版本和数据 . 20 6.3
3、.2 问题分析 . 21 6.3.3 问题解决 . 22 6.3.4 总结 . 23 6. 常见运行错误 . 24 7. 参考文献 . 25 用户须知：用户须知： 本 程 序 下 载 地 址 为https:/ http:/ 。 版权归文章作者所有。用户可下载并在学术研究中使用本流程，但必须引用我们 已发表的文章。 Zhang M, Sun H, Fei Z, Zhan F, Gong X, Gao S: Fastq_clean: An optimized pipeline to clean the Illumina sequencing data with quality control. I
4、n: Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2014 IEEE International Conference on: 2014. IEEE: 44-48. 不允许任何商业性应用或二次开发。如有任何问题或程序出现错误，请联系： C.J.Chen（陈程杰） Email : 1. 简介简介 Fastq_clean 是一个依据 Illumina 平台测序数据 （DNA-seq 和 RNA-seq） 特点 优化而成的处理流程。 其功能是清理原始测序数据 （raw data） 中的低质量碱基、 测序接头、rRNA 和病毒等污染。Fastq_clean 从 v2.
5、0 开始也可用于处理其他测序 平台的数据（如 ion torrent） 。 由于在实际应用中，仅有 Illumina 平台提供双端测序数据，Fastq_clean 只提 供对 Illumina 平台的双端数据处理功能。 2. 下载与安装下载与安装 2.1 运行环境运行环境 1）需运行于 Linux 操作系统 2）预装 Perl，一般情况下 linux 自带 3）预装 R/Bioconductor 4）程序 BWA（版本：0.5.7-r1310）及 Samtools（版本： 0.1.18） ，已包含于本 软件包内 安装 R: # RPM 软件管理机制（如 Fedora） sudo yum install R-devel # DPKG 软件管理机制（如 Ubuntu） sudo apt-get install r-base-dev 安装 Bioconductor: R source(“http:/bioconductor.org/biocLite.R“); biocLite(); biocLite(“Short
