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1、一.设计新的缓蚀剂 目的:阐明了使用描述符计算和统计模型来设计新的分子。 时间: Visualizer模块:材料,定量构效关系,Forcite(可选) 先决条件:没有 二.背景 腐蚀是一个真正的挑战,许多化工企业,以及正在一个难题要学习科学(Grafen苏达权等,1985)。腐蚀是发现在循环水系统、油井、建 筑材料、反应容器、管道,以及其他许多地方的材料,如燃料、润滑剂、洗涤剂、金属加工液使用。 当一个化学反应的腐蚀现象之间发生资料和周围介质。这就要求阴极和阳极地区对材料表面化学势他们之间的差异以及电荷转移机 制。反应和地区可以依靠条件的介质,例如在pH值和存在的活化阴离子。 腐蚀抑制剂设计工
2、作在几个方面,例如阻塞或阴极和阳极网站,或者清除激活离子。他们能够采取行动之前,他们必须被流放到材料表 面,哪些地方限制他们的稳定性。他们必须将吸附在表面上如果成功,这就是他们的作用方式。这涉及到物理吸附和chemisorption这 样的过程。通常,抑制剂必须建立厚厚的资料,哪些地方限制其体积性质。 所涉及的过程过于复杂,难以模型从第一原则。最好的方式来利用分子建模,以协助设计新的,好的缓蚀剂来封装知识如何执行现有抑 制剂成一个结构与活性关系(SAR)和运用这一预测新结构的行为。最好的预测的结构,然后被调查的活动能在实验室里 三.介绍 在这一课中,你将会执行一些基本的步骤设计一种新型缓蚀阻垢
3、剂。 这篇教程涵盖: *开始 *对于进口和验证了该结构和实验数据 *对正结构 *计算分子描述符的 *履行初始数据进行分析 *建立并验证了构效关系或模型 *添加atom-based描述符 *建立并验证新模型 *创建一个新的候选人缓蚀阻垢剂 *预测的压抑的候选人 注意。为了确保你可以追随这篇教程一模一样的本意,你应该使用这些设定组织者的对话框来确保所有你的项目设置为他们的 Accelrys默认值。看到创建一个项目教程请示如何恢复缺省设置。 小费。本教程是最好的文件扩展名,进行与对每一份文档显示出来。如果文件扩展名是不显示在你的项目中,请参阅项目探险家探险 家话题请示如何重新配置。1。开始 开始,由
4、开始的材料工作室,创造了一个新的项目。 开设新项目对话框并进入缓蚀阻垢剂的项目名称,点击OK按钮。 而创造出新的项目是缓蚀阻垢剂中列出的项目的探险家。 现在创建一个新的研究表文件。 选择文件|新从菜单栏打开新的文件对话框。选择研究表,并点击OK按钮。 这项新研究表CI.std重命名的。 一项研究表可以被认为是主要的观点上的多个结构和评价模型,并将会被自动创建和管理在这个教程。 你将进口一个SD文件包含了结构和实验数据需要这教程。 选择“编辑|插入从从菜单栏。浏览到例子 结构构象双击Corrosion.sd文件夹和文件。 Corrosion.sd 文件包含的结构和实验数据为 19 个不同缓蚀剂分
5、子。其结构被插入的第一列学习表。附加柱含结构的名字和阻垢缓 蚀性能数据的进口的分子。在这个例子中,高价值的同时,更好的阻垢缓蚀性能的抑制剂执行。2。对于进口和验证了该结构和实验数据 第一步,在验证性结构中研究表是肉眼检查他们并且设法把结构特征值对现在的阻垢缓蚀性能提供了参考。 双击结构腐蚀- 1 CI.std研究在桌子上。 这将打开一个文件视图研究表。 从选择窗口|瓦垂直的菜单栏。 这个安排开启的文件以这样一种方式,让你看到两者的结构和阻垢缓蚀性能研究专栏的桌子。 研究表和视图 在研究工具栏,点击表观众一步一步前进按钮视图通过抑制剂结构研究的CI.std列在桌子上。 如果你查看数据,你会看到有
6、同源序列中,这一套化合物,用一个线性烃链长度的增加附加在tri-substituted氮原子。值得注意的是, 这个系列的缓蚀作用是一种非线性函数中的油气,分子链的长度。 小费。如果结构几何结构上看不准确,你可以用Forcite或鞋面模型来优化研究中各种结构的桌子。关闭 CI 视图。抑制数据来验证了,你应该的分布进行调查,采集的数据。大多数回归算法依赖于数据,是被研究被态分布,所以如果你的数据不是态 分布,你应该考虑应用数值变换来实现一个正态分布。材料工作室能够让您分析您的数据,以确定它是否可以被认为符合正态分布。 选择CI.std缓蚀作用和点击页眉、标记的C柱选择整个专栏。初步分析统计| |选
7、择从菜单条的单变量分析。一个新的文件叫做CI -单变量Analysis.xgd被显示出来。它包含一些统计,descr措施在缓蚀作用的数据研究专栏的词表。单变量分析的一部分的抑制数据标签在选择分布Analysis.xgd CI -单变量。 标签显示分布的百分比在每个统计数据。如果你比较一下这些价值观的百分比,会被发现在正态分布处理,你可以看到,除本8、9月的阻垢缓蚀性能数据 接近正常的分布。因此,不存在任何真正需要完成一数值变换。 小费。如果你需要完成的一次变革,你可以使用的两种方法。|数据转换作了初步的分析比较的能力可以互动,峭度及分布,偏数据变化多样的基本变换包 括日志,平方根,等等。或者,
8、可以创造一种功能模型,从而将柱用更多种类的数学函数。 你可以绘制图形数据的比较来完成你的数据有一个完美的正态分布。 按住CTRL键,然后点击“列标题为B和C,选择这两个词单变量Analysis.xgd柱。选择工具|情节图从菜单栏打开情节图对话框。改变图表式对一维,点击 情节按钮和关闭对话框。 一条线图形,graph.xcd CI -单变量分析显示出来。 graph.xcd密切CI -单变量分析和CI -单变量Analysis.xgd。 当提示,点击“Yes”按钮来拯救这个文件作为项目的一部分3。对正分子 一些描述符,你也许会使用,如偶极矩组件,依赖于在所有的分子,在原来的位置。Visualiz
9、er包含的材料的工具,让您对齐分子到特定的轴,然后叠加多个 结构。使他们有相同的对齐。当所有中的水分子的阻垢缓蚀性能数据集具有相同的核心,你将会排列这些核心到特定的轴,然后叠加时,所有的分子的核 心。 第一步是要提取核心从学习的桌子上。 双击结构腐蚀- 1 CI.std研究在桌子上。按CTRL + C来拷贝的结构。 单击工具栏上的新箭,符号不外乎就是客观选择三维文件的下拉列表。在新的三维符号不外乎就是客观文件,按CTRL + V键。 核心结构将贴在新的三维符号不外乎就是客观的文件。这将成为图案的对齐。core.xsd重命名新文档。 你将会排列的分子,使长分子轴总是和x轴。你可以通过选择结盟的所
10、有分子所组成的分子和原子的排列到视图使用按钮。这些分子有那么对齐到当前视 图。 小费。你也可以和他们的主轴对齐分子,一个最适合底线,或是一个最适合飞机。使用创造质心按钮来创建这些其他对象。 点击重置看法按钮。双击原子在core.xsd之一,并点击对齐到视图按钮。 这种分子排列,这样其长轴和x轴是对齐在当前视图。之前,你可以把其他的分子与定义的核心结构,您应该把所有的氢原子,确定没有冲突的核心和对齐 的分子。 按住 ALT 键和双击一个白色的氢原子在 core.xsd 选择所有的氢原子的分子。按删除键。 的氢原子被丢弃的分子。你现在已经准备迭加的结构。你要用征集文件的结构来查看你所演奏的同时学习
11、表的叠加。收藏文件允许你去观察多种分 子或物理系统的无他们身体的交互。 让CI.std当前的文件并单击列标题A选择整个专栏。右键点击选定的结构和选择提取藏品从快捷菜单。 收藏文件、提取CI.xod展示,它包含各种结构的从学习的桌子上。 选择工具|叠加结构从菜单栏。 这使得叠加结构对话框。材料工作室提供的两种主要的体形你可以执行了几种不同方法的拟合。你可以使用一种适合使用领域目标的方法。算法可以适 应领域要么硬脂或静电场或两者的组合。这些选择最合适的方法定义在标签的叠加结构对话框。 在对齐标签的叠加结构设置对话框,core.xsd目标文件。 当分子全部共享一个共同的核心,你就可以使用这个发现的模
12、式匹配任何普通下部结构的功能。当你已经删除的氢原子,你可以使用core.xsd为核心的子 结构。 该期权的检查发现模式标签复选框和选择列表core.xsd从下拉选单中。按下按钮,点击叠加时,关闭对话框。 收藏文件、提取CI.xod,更新是与包裹结构和一项新的研究显示,Similarity.std桌子。这项新研究表包含了所有对齐的结构和相似性每到指定的核心结 构。为核心的结构是相同的,每个案例的相似性度量方法应该是实际相同。在提取 CI.xod 旋转结构,看看这对齐。 周围的建筑都对齐的核心结构,着重通过绿色wireframes周围的每一个原子中发现的模式。你应该删除这些wireframes再继
13、续。 按住ALT键和双击绿色wireframes之一在提取CI.xod,按删除键。 最后一步,这个过程是回到了结构回到学习表。 点击鼠标右键,在提取CI.xod选择回到学习表从弹出的快捷菜单中。如果一个对话框出现,点击“Yes”按钮。 指的是对话框的事实,你有开放的视野的结构要求,如果你想要更新那些观点与新兴的排列结构。 选择文件|节省项目从菜单栏的窗口|关闭所有紧随其后。 4。计算分子描述符的 你现在就去计算可能描述符变量。这些也被叫作独立变量。 在这个项目中双击CI.std塔A探险家和选择。 点击列标题细胞提供了一个简单的方法来选择所有的数据,在专栏。 点击模型定量构效关系模型的工具栏上的
14、按钮打开模式对话框。该模型是关键组件对话管理模型。在定量构效关系模型是一个过程,它需要一组输入和提供一套输出。例如,一个能量最小化模型进行了结构作为输入, 提出了优化结构作为输出。在这一点上,在一个典型的定量构效关系研究,你就算描述符。这些是评价模型,并利用单一结构作为一种输入,并提供一个单独的数字或一组密切相关的 数字来作为输出。简化这项任务提供了定量构效关系模型,并计算了各种各样的不同的描述符。这些可以浏览模型使用的对话框。 点击标题栏的对话框类模型中。的名单是按照类模型描述模型、展示在条目上的最上方。 图片模式对话框单击运行按钮在模型上对话框。这个发射一份工作来计算选定的快速描述符和添加
15、结果到学习表。这项工作的探险家,让你也会开监控现状的定量构效关系模型的工作。一旦工作完成,工作完成对话框被显示出来。快速的描述符应作为首选描述符,你估算任何做为系统。它们包含了广泛的描述符的展览始终都显示出了很好的相关性与许多性质的兴趣发现制药、化 学领域。然而,快速的描述符不直接访问化学数据模型和仿真引擎的材料工作室,提供显著的额外的化学信息。为了说明这些附加价值的资讯来源,你应 该马上添加描述符,符号不外乎就是客观接入化学数据模型。右键点击在引擎柱对模型选择拆卸过滤器对话框的大小,并从弹出的快捷菜单中,能够显示所有的条目。小费。你可以有多个栏目活跃的过滤器,在同一时间内。点击标题在模型的模
16、式对话框。选择元素计输出的专栏。按住SHIFT键和选择总分子质量。该模型的对话框应该现在看起来像一个如下图所示。 图片模式对话框单击运行按钮和关闭对话框。和以前一样,你就会看到那份工作显示在工作的探险家,和一个确认对话将打开当工作完成。小费。当计算描述符,你应该开始以最简单的描述符第一。快速的描述符和基本元素描述符是要么一维或二维描述符,这意味着它们没有geometry- dependent。如果你可以建立一个良好的模型,这些简单的描述符,你不需要关心的是结构的准确性你使用(例如确切的债券的角度)。现在的CI.std表包含价值观研究对于每一种模型输出,显示在蓝色的。单击并拖动滚动条,在底部的研究向右,桌子,滚动和检查表,研究的一些模型输出。注意。那里是不变的栏目;例如,手性中心都是0。没有必要明确移除这些栏目。他们回归引擎将自动过滤。你也可以锁柱,这样当你滚动桌子对面的一些列,仍可见,在任何时候。滚动到左边的学习表。选择C,并点击锁柱柱上的按钮的工具栏。滚动到正确的现在研究表。你会看到,只有列上了锁的右边栏目将画卷。5。初始数据分析履行 构建之前,你应当履行相关模型的一些
