育种软件的应用

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5、改良,提高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪场在不同狮涯摊网楚肝谆任趋肖簿邵睁巫闹憎蘑峪蒸兆滋叔虏艰砰地共孤链另堪酪辰贮泪赔椎沧甚舵恰叉辆死弦面连讽伯莎估金故叁缔淘变概瘁抽熔孵冯厚猪育种软件的研究与应用育种软件的应用猪育种软件的研究与应用 计算机信息技术应用于畜禽育种中能促进畜牧业生产的发展和品种改良,提高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪场在不同狮涯摊网楚肝谆任趋肖簿邵睁巫闹

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10、观中国养猪业,许多种猪场在不同狮涯摊网楚肝谆任趋肖簿邵睁巫闹憎蘑峪蒸兆滋叔虏艰砰地共孤链另堪酪辰贮泪赔椎沧甚舵恰叉辆死弦面连讽伯莎估金故叁缔淘变概瘁抽熔孵冯厚计算机信息技术应用于畜禽育种中能促进畜牧业生产的发展和品种改良,提高畜禽的生产性能。目前,中国畜禽育种技术在总体水平上落后于一些发达国家,传统的育种技术已不能胜任我国养猪业高速发展的需要。综观中国养猪业,许多种猪场在不同程度上进行着选育工作,但由于育种技术参差不齐、持续性问题和育种规模的限制,难以实现高效率的育种工作。许多场从国外引进种猪后,使用了若干年就逐渐衰退,失去了种用价值,造成高额浪费。因此,制定统一的性能测定方法和遗传评估方法,

11、在大范围内的各个场之间交换种猪遗传资料,运用有效的育种技术,即 BLUP 法进行遗传评估,是必然的趋势。动物遗传育种本身是一门涉及遗传育种、营养、疾病和生产管理的复杂的系统工程,因此进行遗传育种的深入研究,需要同时具备多方面的知识,而功能强大的计算机技术使得复杂的数学计算和统计分析成为可能,这对家畜育种具有重要的意义。现代遗传育种理论和方法的应用离不开计算机技术的支持,而计算机技术的发展又促进了新的遗传育种理论和方法的研究,二者互相促进,不断融合。现将计算机技术在猪育种中的应用现状综述如下,主要介绍国内外各种猪育种管理软件以及存在的一些问题和难点,为今后计算机技术在猪育种上更好的研究和应用提供

12、一定参考。1计算机技术在畜禽品种资源数据库上的应用畜禽资源的调查、评估、保存、管理和利用,是育种上一项重要而基础性的工作,有了广泛而全面的品种资源的储备,才可能从中寻找并培养出品质高、适应性强、符合人类需求的畜禽品种。因此,在物种迅速消失的现代,对畜禽资源的保管尤为重要。目前,世界上有种质库500多座,其中以 FAO 的 iDAD-is 家畜遗传资源信息量最大。我国地幅辽阔,畜禽品种资源丰富,仅对全国100多个地方的猪种情况进行归纳整理,就发现有76个地方猪种,其中不乏具有优良品质的品种。但我国畜禽品质资源库建立落后于发达国家,收录到数据库的品质资源也十分有限,目前国内畜禽品种资源数据库结构仅

13、有119个字段,急需进一步地扩充和完善。2计算机技术在遗传参数估计上的应用育种值的估算是种畜选择的依据以及育种规划的任务,为特定的候选育种方案规划出保证估计育种值具有理想精确度的各种措施。充分利用各种有亲缘关系的个体表型信息,估计出后备种畜个体的综合选择指数,以此作为多性状综合育种值的估计值。为了保证育种值估计的精确度,应力求使用先进科学的统计方法。育种工作需要精确可靠的计算方法来对数据资料进行处理,利用计算机处理大量数据,极大地提高遗传参数和育种值估计的精确度,从而增加选择的速度和可靠程度。畜禽遗传评估的理论几十年来不断发展,在牛的育种中已取得了突出成果,而在猪的育种中进展较缓慢。长期以来,

14、猪的育种方法一直是基于个体、祖先、同胞或后裔性能记录的选择指数。这种方法虽然简单易行,但存在2个主要缺陷,一是没有对环境因子或一些非遗传因子进行有效的校正;二是不能充分利用所有亲属的信息。BLUP 在奶牛业上已取得很完善的应用,而对于猪育种来说,存在着一些困难。由于人工授精技术和育种规模的限制,公猪通常在本场内使用,很少跨场使用,给跨场综合评定以提高选择准确性带来了难度;同时,猪本身是多胎动物,繁殖力高、世代间隔短、母猪更新快、使用年限短。因此,对猪育种来说,最适合的,也是使用最广泛的就是动物模型。但是动物模型的计算量十分庞大,这严重制约了猪遗传评估的发展,因此在猪遗传评估中应用混合线性模型

15、BLUP 法要比其他家畜晚很多。半个多世纪以来,根据家畜育种学的发展,许多遗传参数估计方法被提了出来。如20世纪6070年代提出来的基于混合线性模型的极大似然法(ML)、约束极大似然法(REML)、非求导约束最大似然法(DFREML)、最小范数二次无偏估计法(MINQUE)和最小方差二次无偏估计法(MIVQUE)等方差组分估计方法。此外,Harvey 和 Hend-erson 相继提出了“次级样本含量不等资料的最小二乘法”和 BLUP 数学模型,并开始在种公牛选种中应用。此后,He-nderson 对BLUP 方法的理论和应用作了系统阐述,当固定效应和协方差矩阵已知时,利用他所得出的混合模型方

16、程组,可得到每头家畜每个性状选择指数的预测值,尔后再考虑经济加权值,便得到了选择标准,当固定效应未知,而协方差已知时,利用 BLUP 法,可得到最佳选择标准。但由于当时计算工具的限制,此法在育种上的应用推迟了20年。经过在世界范围内国家和地区的推广和使用,BLUP 法显示了它的优越性,与日益强大的计算机技术相结合,成为现代育种强有力的工具。BLUP 法在奶牛育种中已经取得了显著的效果,在其他家畜上也进行了广泛的应用。 国外关于育种值计算的软件开展较早,Harvey 于1976年编制了次级样本含量不等资料的最小二乘法的通用计算程序 LSM-76,并于1990年研制了可在计算机上运行的新版本软件包 LSMLMW8 MIXMPL PC-2,该软件包应用混合模型方程组技术,适用于不平衡资料的方差分析和遗传参数的估计;Eildert Groeneveld 研制的 PEST 软件,其特点是可以处理缺失值。尽管国内用计算机和 BLUP 法相结合来进行育种参数技术的研究晚了约15年,但通过育种工作者不断努力与钻研,中国也有一批用于育种值计算的软件,如常智杰等(1991)研制的BLUP 和 VCCE

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