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1、名词解释(共 21 分，每小题 3 分)：Motif/部分酶切/贪婪算法/无根树/汉明距离/有向无圈图/Open reading frame/Intron/exon /限制性酶切图谱/穷举搜索算法/大 O 记号/缺口罚分联配/有根树/反序排序法选择题（共 20 分，每小题 2 分） ；填空题（共 14 分，每空 1 分） 矩阵和数组的加、减、乘、除；矩阵中元素的引用，绘制不同图形使用的函数， 什么是 for, while 循环等等。 给定序列 t 条，如何计算剖面矩阵得分，汉明距离。什么是反序排序，断点 若 8 为引入缺口罚分， 2 为缺口中每个字符的罚分，则序列中 5 个连 续的单字符缺口罚
2、分之和为 。蛋白质序列比较的常用得分矩阵有 和 。 菲波那契问题中第 8 个菲波那契数 F(8)是 。计算题（共 30 分，每小题 10 分） ；论述题（共 15 分） 1考虑部分酶切， ，以下为已知的任意两个酶切位点之间片段的长度集合 L1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 4, 4, 5, 5, 5, 6, 7, 7, 7, 8, 9, 10, 11, 12 求解 L 的部分酶切问题（即寻找 XL 的 X） ，即酶切图谱上所有酶切位点 的位置的集合，包括开始和结束。2现有两条序列分别是 v = TACGGGTGA 和 w=GGACGTACG，假设匹配得分=1，错配得分=2，空位罚分=1
3、，利用动态规划算法对这两条序列进行全局比对，画出对应于计算过程的得分矩阵及最优路径，并给出这两条序列最终的比对结果。3现有两条序列 v = TACGGGTGA 和 w=GGACGTACG，假设匹配奖励为+1,错配罚分为2 和插缺罚分均为 1.填写序列 v 和 w 之间的局部联配的动态规划表。并给出这两条序列局部比对的最终结果。 5.利用反序设计一个排序 基因组的近似算法（即将它变换成恒等 排列） （书写伪代码） ，并估计该算法的性能保证。 6.对于发现基序和寻找中间字符串问题，穷举搜索法 /分支定界法/贪婪算法/ 动态规划法需要运行的时间（即算法复杂度）分别是多少？各方法的优缺点 是？3给定一棵树 T，其每片叶子是由 4 个字母（A T C G）所标记，44 阶的可加权得分矩阵如下表，求解树 T 最小化加权简约得分的内部顶点的标记。2给定一个 44 阶的可加距离矩阵 D，求解一棵符合 D 的含有 4 片叶子的 加权无根树 T，列出计算过程。
