《MIT 5.841晶体结构精修H原子》由会员分享，可在线阅读，更多相关《MIT 5.841晶体结构精修H原子（6页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、1 氢原子 我们用X射线衍射测量的是电子密度。原子越重越大，电子 密度就越大，衍射效应就越强。也就是说，在重原子存在时， 轻原子在一定程度上难以定位。所有原子中质量最轻的是氢， 它只有一个电子，通常远离原子核，所以氢原子用X射线衍射的 方法探测相当困难。 原子间相对高的电子密度和振动影响使得X-H键长变短。 引自George M. Sheldrick同意使用 氢原子 与碳相连的氢原子常常是从氢相连原子的坐标计算确定 它的位置，因为其标准键的键长和键角是已知的。 水分子中的氢原子必须在实验中检测，否则不能被包括 在模型中。 重金属氢化物中的氢原子更难被检测，相当强的接近重 原子位置的傅里叶断尾波
2、往往能够超过氢原子的较弱的电子 密度的极大值。从背景噪声中分辨出氢原子，需要高度精确 且完整的数据和合适的标度。2 氢原子 在多数情况下，在X射线晶体结构精修过程中，对原子模 型中与碳原子结合的氢原子的定位，几乎完全没有或只有极 少的来自于衍射实验直接信息。芳香碳上的的氢原子、CH、 CH 2 基团和大部分的CH 3 基团容易定位。需要测定乙腈中的 CH 3 ,Cp*或甲苯的扭转角。 在SHELXL中处理氢原子: HFIX 通过计算确定氢原子的位置，再使用riding model 进行精修。也就是刚性基团的约束，即AFIX 。 HFIX指令生成氢原子的位置和合适的AFIX指令。 这主要适合于C
3、-H，也可用于某些的N-H，O-H。 与金属原子结合的氢原子不能使用此方法。3 指令语句 HFIX mn atomnames m描述氢原子的几何构型和数目。 n决定如何精修氢原子。 SHELX 手册列出所有可能的m和n的数目。 书的30-31页列出了最重要的组合。 Atomnames（原子名称） 是所有可以与氢原子的原子 列表。 。 在SHELXL中处理氢原子: HFIX 在SHELXL中处理氢原子: Semi-free 精修 酸中的氢原子在定位之前可能是空缺的，用差值傅里叶 图应该可以找到。 好的替代方法： 由peaklist (list of Qs in .res file)得到氢原子坐标
4、 将氢原子直接放置在与其相连的原子的下方 改变原子的名称(Q H) 和类型（12）. 改变U值(0.05 -1.2 或者 -1.5). 用DFIX限制X-H和H-H间的距离 看lst文件了解目标距离 这种方法比riding modle更简洁，并且限制少，但是需要 高分辨率低温衍射数据。4 在SHELXL中处理氢原子: 氢键 如果指令HTAB出现在ins文件的开头，SHELX在结构中的所 有polar 氢原子中进行搜索，并且检查氢键。 列在.lst文件中的氢键，其受体原子与氢原子间的距离比 接受原子的半径小2.0 ，并且给体原子，氢与接受原子间的 键角大于110。 一旦识别出氢键，HTAB的次级
5、指令可以进行非标准计算： HTAB donor-atom acceptor-atom （HTAB 给体原子 受体 原子）。 SHELXL采用不确定标准，与ACTA联合，可以生成氢键和合 适的列表 在cif文件中。 EQIV用于指定受体原子的对称性。 原子类型归属-电子为蓝色 我们测量电子密度非原子序号。电子密度的精确性依赖于 模型的正确性，它和电子密度函数的解一样重要。 化学知识：分子几何学（键长，键角和键的数量等） Cu(I)是无色的， Cu(II) 是蓝色的。 碳可形成四个单键。 Pt(II)是平面的， Pt(IV) 是八面体配位的。 Zr(III)是深绿色至黑色的， Zr(IV)是浅黄至无色的。 等等。 晶体结构在化学上必须是合理的，否则就是错误的！5 原子类型归属-电子为蓝色 我们测量电子密度非原子序号。电子密度的精确性依赖 于模型的正确性，它和电子密度函数的解一样重要。 晶体学知识热位移椭圆体是什么？ 过小的椭圆体表明 真正的元素可能比现有模型中的重 过大的椭圆体表明 真正的元素可能比现有模型中的轻 例子：通过精修THF中的全部五个碳原子找到氧原子 原子类型归属-电子为蓝色 画一个球体（或椭圆体），其体积相当于模型中假想电 子体积的50%。如果实际的原子有更多的电子，这个体积就 会低于平均值。如果实际原子有较少的电子，体积就会大于 平均值。6 原子类型归属-电子为蓝色
