《上海超算操作及脚本》由会员分享，可在线阅读，更多相关《上海超算操作及脚本（9页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、上海超算中心 castep 任务正好赶上周末，技术人员不上班，只能自己摸索学习，记录一下整个操作过程，留待以后使用参考。使用了四天了，其中遇到了很多困难，得到了工程师很大的帮助！在此谢谢上海超算提供的计算资源！操作步骤：1.网页登陆（教育网，网通，电信等网络的地址不同），输入 VPN 用户名和密码2.主机应用，开始 VPN 客户端3.运行 FTP 软件（工程师提供的免安装版 8uftp.exe），地址为：192.168.235.XX，用户名和密码为主机账号和密码4.运行 putty 软件（免安装），IP：192.168.235.XX，Connection type 为Telnet，Saved
2、Sessions 下输入 inode01，点击 Save，会在 Default Settings下新建 inode01，最后 Open5.在 linux 登陆界面输入主机账号和密码，即可进行字符操作6.新建一个工作目录（例如 job1，job2 等），命令为 mkdir job17.将计算需要的文件*.cell，*.param 和所需的赝势文件（*.cell 中最后有列表）上传到对应的工作文件目录，并把主目录下的 RunMS60.sh 和 subMS60 复制到各个工作目录下，命令为 cp RunMS60.sh job18.重点修改各个工作目录下的 subMS60，修改时必须使用 vi 命令编
3、译，如果是在 windows 系统下用文档编辑的 subMS60，那么上传之后必须设置可执行权限：chmod +x subMS60，有时还需要转换成 unix 格式：dos2unix subMS60。具体修改内容见下文9.修改后，在工作目录下运行命令 bsub -J GeometryOptimination(不是必须的，只是为了区分工作） ./subMS6010.bjobs 命令查看任务状态（RUN 为运行，queue 为排队等待）计算及相关的准备工作1)打开 MS 软件，并在 Castep Calculation 对话框中设置好所有的计算参数，然后从下方的“Files | SaveFiles
4、”中将参数保存下来图 12)使用 Windows 资源管理器，打开 MS 计算目录。假如在打开 MS 软件时，选择Crate a new project，并在 D:MS 目录中生成了名称为 test 的新任务，那么计算目录就在D:MStestfilesDocuments 目录中。在该目录中，保存有 Castep 所需的计算文件.cell 和.param 文件。对于隐藏的.cell 文件，需要从 Windows 资源管理器的 “工具 | 文件夹选项”，选择“查看”，并将“隐藏已知文件类型的扩展名”前的勾去掉来显示文件扩展名，同时，要选择“显示所有文件和文件夹”。确定后，将能够看到该目录下的.ce
5、ll 文件。注：关于 1）和 2)，MS 的教程中有详细的讲解。图 23)使用任意文本编辑器打开.cell 文件，在文件的最后部分将能够看到 Castep 计算所需要的赝势文件，例如：%BLOCK SPECIES_POTB B_00.recpotN N_00.recpot%ENDBLOCK SPECIES_POT此时，需要找到这些文件，对于 MS4.3 以后版本，该文件的路径为：shareResourcesQuantumCastepPotentials，早期版本在 ResourcesQuantumCastepPotentials 下。4)将计算所需的.cell、.param 和赝势文件上传到魔
6、方机器工作目录下，并将计算所需的 RunCASTEP.sh 和 subCASTEP 文件也拷贝到工作目录下。此时，需要打开subCASTEP 并修改 APP_NAME、NP、filesurname 部分。其中，APP_NAME 是队列名称，在 B 区有 snode 和 score 两个队列可供使用，两者的区别在于 snode 队列所需 CPU 必须是 16 的整数倍，而 score 则无此限制。NP 表示的是所需要的 CPU 总数，对于 snode 队列该数值必须是 16 的整数倍；而score 则无此限制。filename 是文件名称，也就是 xxxx.cell 文件的前半部分，不包括.ce
7、ll 后缀名。修改完成后需要按照以下方式提交计算作业：bsub J JobName ./subCASTEP在这里， -J JobName 是任务名称，主要用于区别该任务，可不填写。./subCASTEP为当前路径下的 subCASTEP 路径，不要忘记”./”。5)需要注意的是，由于 MS 软件设置的问题，在 Castep 计算中，若选择了相应的性质，诸如 BandStrucutre 或者 DOS，程序会自动生成 xxxx_BandStr.cell 和xxxx_DOS.cell。在 Linux 下进行计算时，Castep 不会自动关联性质的计算工作，需要手动进行设置。首先，要将 xxxx.ch
8、eck(结构优化的时候产生一个 check 文件,如果一个结构没有进行过几何优化是不能产生.check 文件的，也就是不几何优化是没有办法计算Properties 任务的)文件拷贝并重新命名为 xxxx_BandStr.check 文件。其次，修改 subCASTEP 文件，将 filename 修改为 xxxx_BandStr。(也就是意味着每次只能单独计算一个性质)重新执行命令bsub J JobName ./subCASTEP 计算能带结构。诸如 DOS、Phonon 等性质计算与能带结构计算相类似。6)当计算完成后，需要通过 ftp 工具下载所有的计算结果，并替换原目录中的所有文件。打
9、开 MS 软件，从左侧的 Project Explorer 中，单击右键选择 Refresh，可以更新该目录。图 3从“Modules”菜单中调用 Castep | Analysis，可以直接选择相关性质进行分析。如需更新结构，则需要选择“Structure”，在原有 xsd 文件激活的同时，按下 Update 可以更新结构。如果是结构优化或者动力学计算，按下 Create 可以生成轨迹文件。 7）.重点说下弹性常数的计算。弹性常数保存好要计算的参数设置之后，需要把所有的.cell 和.param 文件上传到服务器，但是在计算的过程中不会自动关联每一步的计算，需要在脚本 subMS60 中进行
10、细微的修改，具体修改见下文。修改前（样本，不能用于计算）#!/bin/sh#scriptfor subing Material Studio job -SSC by TW#Usage:bsub ./subMS60#Usersshould modify filesurname to corresponding valuses#filesurnameis the surname of your input file. For example , input file is c1.input, sofilesurname is c1MY_MPI_TYPE=hpmpiMY_MPI_HOME=$HOME
11、APP_NAME=snodeNP=64RUN=RAWfilesurname=0.125#exportmyapp=dmol3exportmyapp=castepexe#exportmyapp=onetep#exportmyapp=discovery#exportmyapp=gulp#exportmyapp=dftbexportMS=$HOME/MS6.0exportmymachine=$PWD/nodelist#startcreating .nodelistrm-rf $mymachine & /dev/nullfori in echo $LSB_HOSTSdoecho $i $mymachin
12、edone#.nodelistdone./RunMS60.sh-np $NP $filesurnameoldfilesurname=$filesurnameif $myapp = dmol3 -a -e $oldfilesurname_DOS.input thenfori in car mdf tpvec tpdensk tpotldocp-r $oldfilesurname.$i$oldfilesurname_DOS.$idonefilesurname=$oldfilesurname_DOS./RunMS60.sh-np $NP $filesurnamefiif $myapp = dmol3
13、 -a -e $oldfilesurname_BandStr.input thenfori in car mdf tpvec tpdensk tpotldocp-r $oldfilesurname.$i$oldfilesurname_BandStr.$idonefilesurname=$oldfilesurname_BandStr./RunMS60.sh-np $NP $filesurnamefiif $myapp = castepexe -a -e $oldfilesurname_DOS.cell thenfori in checkdocp-r $oldfilesurname.$i$oldf
14、ilesurname_DOS.$idonefilesurname=$oldfilesurname_DOS./RunMS60.sh-np $NP $filesurnamefiif $myapp = castepexe -a -e $oldfilesurname_BandStr.cell thenfori in checkdocp-r $oldfilesurname.$i$oldfilesurname_BandStr.$idonefilesurname=$oldfilesurname_BandStr./RunMS60.sh-np $NP $filesurnamefirm-rf $mymachine
15、 & /dev/null修改后:#!/bin/sh#script for subingMaterial Studio job -SSC by TW#Usage: bsub ./subMS60#Users should modifyfilesurname to corresponding valuses#filesurname is thesurname of your input file. For example , input file is c1.input, sofilesurname is c1MY_MPI_TYPE=hpmpiMY_MPI_HOME=$HOMEAPP_NAME=sn
16、odeNP=64NP_PER_NODE=1 去掉这行RUN=RAW filesurname=0.125 (输入文件名需要根据你 提交的任务修改)#export myapp=dmol3 （这行前面添加# 注释掉否则是用 dmol3 计算的）export myapp=castepexe(这行去掉前面 #，表示用 castep 计算)#export myapp=onetep#export myapp=discovery#export myapp=gulp#export myapp=dftbexport MS=$HOME/MS6.0 (路径是这个路径)exportmymachine=$PWD/nodelist#start creating .nodelistrm -rf $mymachine& /dev/nullfor i in ech
