真菌dna提取方法

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1、一、SDS 法基本原理是研磨的组织细胞用热的 SDS 裂解后,加入高浓度的 KAc,0放置以除去蛋白和多糖类杂质,最后用乙醇或异丙醇沉淀。1、 试剂(1)提取缓冲液Tris-HCl 100mmol/L(pH8.0)EDTA 50mmol/L (pH8.0)NaCl 500 mmol/L灭菌后加 -巯基乙醇至 10 mmol/L(2)裂解液 20%SDS(3)高盐溶液 5mol/L KAc(4) RNaseA 10mg/ml(5) 异丙醇(6)灭菌 ddH2O 或 TE2、 仪器离心机, 恒温水浴, 台式高速离心机,电泳装置3、实验程序(1) 、离心菌体,再用灭菌 ddH2O 冲洗 2 次,放入

2、经液氮预冷的研钵中,加入液氮研磨至粉末状,用干净的灭菌不锈钢勺转移粉末到加有 500L 提取液的离心管中,轻轻混匀。(2) 、 向管中加入 50L20%SDS 溶液,混匀,不可过于强烈震荡以防基因组 DNA 断裂 ,65保温 10min,并不时摇动。(3) 、 加入 150L 5mol/L KAc,混匀,置冰上 20-30 min。(4) 、 4,15 000rpm 离心 15min,转移上清到另一离心管中,加入 0.7V 的异丙醇,混匀,-20沉淀 30 min 。(5) 、12 000rpm 离心 10min 回收基因组 DNA 沉淀,吹干后加入适量的灭菌 ddH2O 或 TE溶解 DNA

3、。(6) 、 加入 1/10 体积的 RNaseA,37保温 20min,除去 RNA。(7) 、 C:I 抽提后,加 2V 乙醇,-20 沉淀 30 min 。 12 000rpm 离心 10min 回收基因组DNA 沉淀。(8) 、 用 400L 70%乙醇洗一次后,吹干,加入适量的灭菌 ddH2 O 或 TE 溶解 DNA。(9) 、 电泳检测完整性。二、lysed cells directly by phenol(一) 、试剂:1、STE Buffer (100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.0)2、TE buffer (10 mM

4、Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.0)(二) 、实验程序1、 。离心菌体2、400 l STE Buffer (100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.0)洗 2 遍3、8000g for 2 min4、The pellets were resuspended in 200 ll TE buffer (10 mMTris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.0)5、50 mg of 425600 m size-fractionated glass beads (Sigma) were added to the cell

5、suspension.6、100 l Tris-saturated phenol (pH 8.0) was added to these tubes, followed by a vortex-mixing step of 120200 s to lyse cells.7、13 000g for 5 min at 4 to separate the aqueous phase from the organic phase.8、160 l upper aqueous phase was transferred to a clean 1.5 ml tube.9、40 l TE buffer was

6、 added to make 200 l and mixed with 100 l chloroform10、centrifuged for 5 min at 13 000g at 4 11、Lysate was purified by chloroform extraction until a white interface was no longer present; this procedure might have to be repeated two to three times.12、160 l upper aqueous phase was transferred to a cl

7、ean 1.5 ml tube.13、40 ll TE and 5 l RNase (at 10 mg/ml) were added and incubated at 37 for 10 min to digest RNA.14、Then 100 l chloroform was added to the tube, mixed well and centrifuged for 5 min at 13000g at 4 .15、150 l upper aqueous phase was transferred to a clean 1.5 ml tube.16、The aqueous phas

8、e contained purified DNA and was directly used for the subsequent experiments or stored at -20 .三、蜗牛酶破壁法(一) 、试剂:1、500 L PBS(0.01 mo l/L N a2 HPO4 和 N aH2 PO4, pH7.0, 0.15 mol /L NaCl)2、蜗牛酶溶液中(0.1 mo l/L 磷酸缓冲液, pH7.4, 0.25mo l/L MgC12 用 0.22 m 细菌滤膜过滤除菌)3、裂解液(2% Triton X-100, 1 % SDS, 0.1 mol/L NaCl,1

9、0 mmol/L T 、Tris-HCl,pH8.0, 1mmol /L EDTA)4、5mol/L KAc( pH 8.9)(二) 、实验程序1、离心菌体,沉淀中加入 500 L PBS(0.01 mo l/L N a2 HPO4 和 N aH2 PO4, pH7.0, 0.15 mol /L NaCl)重悬 , 12 000 r /m in 离心 2 m in; 弃上清, 重复悬浮一次2、沉淀溶于 100 L 含 20 mg /mL 的蜗牛酶溶液中(0.1 mo l/L 磷酸缓冲液, pH7.4, 0.25mo l/L MgC12 用 0.22 m 细菌滤膜过滤除菌)3、45 作用 2 h

10、4、加 100 L 裂解液(2% Triton X-100, 1 % SDS, 0.1 mol/L NaCl,10 mmol/L T 、Tris-HCl,pH8.0, 1mmol /L EDTA)5、- 20 冷冻 , 然后室温震荡溶解, 反复 3 次6、向悬浮液中加入 150 L 5mol/L KAc( pH 8.9)轻轻混匀7、10 000 r/min 离心 5 min; 将上清转移到一新的 1.5 mL 离心管中8、乙醇沉淀四、改良 CTAB 法1、取 1.5 mL 菌液,12000rpm*2min ,MQ 洗 2 遍2、加入 500 L 5CTAB(含 1 -巯基乙醇), 液氮中速冷

11、30 s, 立即 65 30 s, 反复 3次3、加入 1/3 体积的玻璃珠, 漩涡振荡器上高速振荡 4 min5 min4、65 保温 20 min , 每隔 10 min 摇匀 1 次5、加入等体积酚:氯仿:异戊醇(25:24:1,V/V/V), 12000 r/min 离心 10 min6、将上清液移入到新的离心管中, 加入等体积的氯仿: 异戊醇 (24:1,V/V), 12000 r/min 离心 10 min 。7、在上清中加入 2 倍体积预冷的无水乙醇,20静置 20 min30 min, 12000 r/min 离心 10 min。8、倒掉上清, 加 70的酒精 200 L 洗沉

12、淀,室温干燥9、加入 100 L TE 使 DNA 完全溶解10、加入 RNase A (10 mg/mL) , 65保温 30 min 以上11、重复 7-9,最后 DNA 溶于 30 L ddH2O 中。五、亚精胺对 DNA 进行纯化利用亚精胺对含多糖、多酚类物质较多的植物、真菌等材料的 DNA 进行纯化,以去除杂质,利于后续试验。1、加入 400lTris-HCl(100mM 8.0) ,溶解 DNA2、400l 亚精胺(5mM )振荡3、4 ,放置 15 分钟4、4 ,17000g,离心 15 分钟,弃上清5、加 400l盐溶液(10mM MgCl2、300mM NaCl2) ,400

13、l 异丙醇,振荡,室温放置 15分钟。6、17 000g,离心 15 分钟7、70%乙醇,轻摇,洗涤8、晾干后溶解。六、TRIzol1、离心菌体,MQ 洗 2 遍2、液氮研磨3、加 1 ml TRIzol 每 5-10*106 Yeast cells,反复吹吸 4、15-30*5min5、0.2 ml 氯仿,混匀 15sec,然后 15-30*2-3 min6、12000g*15min at 4 7、去除水相8、0.3 ml 无水乙醇沉淀中间相和有机相,颠倒混匀,15-30*2-3 min9、2000g*5min at 410、去除苯酚-乙醇上清11、沉淀(含 DNA)用 1ml 洗液(0.1M 柠檬酸钠,10%乙醇)重悬,15-30 *30 min,定期混匀,2000g*5min at 4离心12、重复一次13、75%乙醇(1.5-2ml)重悬沉淀(DNA) ,15-30 *10-20min,2000g*5min at 4离心14、5-15min 烘干15、300-600 L 8 mM NaOH 溶解 DNA(终浓度 0.2-0.3g/L) ,16、HEPES 调节 PH 至 7-8,加 1mM EDTA,-20 保存。

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