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1、1. 将对接好的 ligand 和蛋白 merge(好像每次只能用一个 ligand 和一个蛋白, 否则 pymol 里会把几个 ligand 当作一个2. Merge 后 export structure,存成 pdb 格式3. 在 pymol 中打开.pdb4. 在里面找出 ligand,点 sele 的 A(action)/renameRename 这个 ligand,这里命名为 lig5. 选 all,H(hide)everthing6. 选 lig，S(show)sticks7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon8.在后面的 color 调整颜色,这里 ligand 选 by
2、 element2j50 选 white9.下面显示氢键,点击 2j50 的 Action,选择 find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了10.然后再找氢键作用的残基，可以在上面直接点选，但最好找出氨基酸代码来选取（因为这里面点不准）Rename 它们，以便以后好找，这里 rename 为 res，show 它们为 line，color 为 by element 11.再选 display，将 background 改成 white12.然后分别点选这几个 res(因为颜色不同,所以很容易找出来), 右键 label/residue
3、s13.label 出来后, 还可以调整它们的位置,点一下左图 viewing,就变成了右图的 editing,这时就可以按住 ctrl 键拖动 label 的位置了12.大体已经完成了,再进行一些修饰Setting/transparency/cartoon/50% 蛋白的透明度Setting/label/size 18 调节字体的大小Setting/edit allcartoon 的颜色改回白色(在 filter 里输 cartoon 可以快点找出来,改完后按回车)/或者输入命令 Pymolset cartoon_color white在改氢键的线型,在 dash gap length wi
4、dth 进行调整把虚线改好看点Stick 也可以改细点13.电子密度1) 首先,登陆 http:/eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白2) download maps 3) 选 ccp4 格式,generate map4) 下载后解压,重命名为*.map.ccp45) 在 pymol 里打开 ,在打开的.map,action/mesh,color/blue6) 选中 lig,在 PyMOL 输入 isomesh map,2j50.map,2.0,sele,carve=1.67) 这样就从原来的 map 里 iso 出 lig 周围的蛋白的电子密度,把 2j50.map_mesh 关了就可以看见了然后再调整它的粗细电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.另外,ray 1900,980 就能生成 1900*980 分辨率的图片,然后 file/save image as 输出.png
