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1、鉴定 T细胞受体谱系中的特异性组 李肖肖 T细胞受体 (T-cell receptor, TCR) 的序列非常多样, 比任何一个个体的 T细胞有更多的可能序列组合。来自斯坦福大学医学院的 Glanville等采用肽和主要组织相容性复合体 (peptide and major histocompatibility complex, p MHC) -四聚体 (tetramer) 分选的一组细胞和结构化数据来分析 TCR序列, 从而确定了 TCR抗原特异性的最小要求。他们从这个分析中开发了一个算法, 称为 GLIPH (grouping of lymphocyte interactions by p
2、aratope hotspots, 通过互补位热点的淋巴细胞相互作用分组) 。他们用这个算法来聚类 TCRs。由于保守基序的存在和互补性决定区 3 (complementarity-determining region 3, CDR3) 序列的全局相似性, 此方法的共享特异性 (sharing specificity) 概率很高。他们发现, GLIPH 能够可靠地将来自不同供体而具有共同特异性 (common specificity) 的 TCR进行分组, 并且保守的 CDR3基序有助于确定作为抗原肽经常接触点 (often contact points) 的 TCR簇。他们从具有潜在结核分枝
3、杆菌 (Mycobacterium tuberculosis) 感染的 22个个体的反应性 CDT细胞中分析了 5 711个 TCR 链序列, 作为独立验证实验。他们发现了 141个TCR特异性组, 包括 16个不同的组, 其中含有来自多个个体的 TCR。这些 TCR组通常共享 HLA等位基因, 可用于预测可能的 HLA限制, 并且大量结核分枝杆菌 T细胞表位使得他们能够鉴定所有五个测试组的 p MHC配体。诱变 (mutagenesis) 和从头 TCR设计证实, GLIPH 所鉴定的基序具有关键性, 足够用于共享抗原识别 (shared-antigen recognition) 。因此, GLIPH 算法可以分析大量的 TCR序列, 并确定 TCRs和个体共享的 TCR特异性组, 这大大加快了T细胞应答的分析和特异性配体的鉴定。
