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1、本 科 毕 业 论 文题 目 三种混养模式下鱼类肠道菌群的PCR-DGGE 的比较研究姓 名 学 号 4专 业 水族科学与技术指导教师 职 称 教 授中国武汉二一一 年 六 月分 类 号 密 级华 中 农 业 大 学 本 科 毕 业 论 文三种混养模式 下鱼类肠道菌群PCR-DGGE的比较研究The Comparative Study on Fish Intestinal Microbiota from Three Polyculture Patterns by PCR-DGGE学生姓名： 学生专业：水族科学与技术指导教师： 华 中 农 业 大 学 水 产 学 院二 一一 年 六 月三种混养模
2、式下鱼类肠道菌群PCR-DGGE的比较研究I目 录摘 要 .II关键词 .IIAbstract.IIIKey Words .IV前言 .11 材料与方法 .41.1 实验材料 .41.1.1 养殖模式与样品采集 .31.1.2 实验主要仪器及试剂 .41.2 试验方法 .51.2.1 鱼类肠道样品与水样的制备 .51.2.2 肠道及水样微生物的提取 .61.2.3 PCR-DGGE 分析 .51.2.4 DGGE 图谱中部分优势条带的序列分析和系统发育分析 .71.2.5 数据分析 .62 结果与分析 .62.1 DGGE 指纹图谱与肠道菌群群落差异 .82.2 序列和系统发生分析 .123
3、讨论.123.1 鱼类肠道菌群的作用 .123.2 养殖模式与食性对鱼类肠道菌群差异性分析 .133.3 鱼类肠道菌群结构分析.13参考文献 .14致 谢.16华中农业大学2011届本科毕业论文II三种混养模式下鱼类肠道菌群PCR-DGGE 的比较研究摘要本文对三种混养模式下不同鱼类的肠道菌群的差异进行了比较研究。实验采用PCR 扩增的变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术。通过实验，建立了三种养殖模式下鱼类肠道细菌的 DGGE 图谱，观察各种鱼类在不同的养殖模式下肠道细菌的多样性差异。通过四个月的养殖和数据分析，PCR-DGGE 指纹结构及针对部分特定的 PCR-DGGE 谱带序列分析显示
4、，不同模式下草鱼的肠道菌群相似性较高（42.2%） ，投喂配合饲料的草鱼与摄食浮游生物的鲢、鳙、匙吻鲟肠道菌群结构相差最大（41.6%） ，说明食性对鱼类肠道菌群的影响超过了养殖模式对鱼类肠道菌群的影响。同为滤食性鱼类，除二号养殖模式下的鳙的肠道和匙吻鲟的消化道菌群具有较高的相似性（50.3%）外，匙吻鲟的消化道菌群和鲢鳙的相似性低，说明鱼的消化道结构可能对肠道菌群也起一定的影响作用。细菌 16S rDNA V3 区特征片段经 DGGE 分离条带切割，共得到 15 条条带，克隆测序后进行系统进化分析，结果显示这 15 条条带分别归属于 4 个细菌类群：变形细菌门（Proteobacteria）
5、 ，拟杆菌门（bacteroidetes） ，厚壁菌门（Firmicutes）和梭杆菌门（Fusobacteria ） ，与以往报道的肠道菌群结构相一致。不同的养殖模式会使鱼类肠道微生物多样性产生差异。相同养殖模式下，食性对肠道微生物的影响较大，说明鱼类肠道菌群对食性具有高度的依赖性，食性的改变可能造成鱼类肠道菌群的紊乱甚至会导致鱼类对疾病的抵抗能力下降。这为鱼类的饲料研发和鱼病防治提供了基础参考资料。关键词混养模式；鱼类；肠道菌群；PCR-DGGE；16S rDNA三种混养模式下鱼类肠道菌群PCR-DGGE的比较研究IIIThe Comparative Study on Fish Intes
6、tinal Microbiota from Three Polyculture Patterns by PCR-DGGEAbstractThis article made a comparative study on the differences of fish intestinal bacteria from three polyculture patterns. The experiment was made by PCR-DGGE. Through the experiment, the DGGE profiles of the fish intestinal bacteria fro
7、m three polyculture patterns was made, observing the differences of the diversity of fish intestinal bacteria. After four months cultivation and data analysis, the analysis of PCR-DGGE fingerprinting structure and some specific sequence of PCR-DGGE bands showed that there were higher similarities of
8、 Grass carp intestinal bacteria from different patterns(42.2%), besides, the intestinal bacteria structure of the Grass Carp fed on compound feed and the Silver carp, Bighead carp and Polyodon spathala had the greatest difference(41.6%), it showed that, compared with the polyculture patterns, the fe
9、eding habits had a greater influence on the fish intestinal bacteria. The same as the sieve fish, except the intestinal bacteria of Bighead carp and Polyodon spathala from the second polyculture pattern has a higher similarity (50.3%), the others have a lower similarity, it shows that the intestinal
10、 structure also has an effect on the intestinal bacteria. 15 DGGE bands reflecting varying phylotypes were excised , cloned and sequenced. Phylogenetic analysis of 15 cloned bands showed that bacterial phylotypes were made up of 4 phyla bacteria, Proteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes and Fusobacteria, which was consistent with the results of previous studies. Different polyculture pat
