分子生物学 常用基本词汇表

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1、A 英 文 名 词 中 文 名 词 解 释 A （ Adenine ） 腺嘌呤 作为碱基的两种嘌呤中的一种。 active site 活化位点 蛋白质三维表面催化作用发生的区域。alignment 比对 为了确定两个同源核酸或蛋白质序列的累 计差异而进行的配对称为比对。 alignment of alignments 比对的比对 即比对的对象不是简单的序列，而是序列的比对。alleles 等位基因 一个基因的不同版本。 alpha carbon 碳 在氨基酸中与侧链（ R- 基团）相连的中 心碳原子。 alternative splicing 可变剪接 从一个单独的 hnRNA 生成两个或多个

2、 mRNA 分子的过程。 amino terminus (N-terminal) 氨基端（ N 端）在一个多肽中，具有自由氨基的分子端，对应于基因的 5- 端。anti-parallel 反向平行 表示相反的方向；在双链 DNA中，这意味着如果一条链是 5 到 3 的，则其互补链 方向 是 3 到 5 的。 Bbase pair 碱基对 （1）在双链 DNA中嘌呤和嘧啶之间的相互作用（特别指 A和 T之间，G 和 C之间）；（2）双链 DNA序列长度的基本单位。 beta turns 转角 在反向平行的 折叠片中，当 链反转方向的时候蛋白质内部形成的 U型结构Bioinformatics 生物

3、信息学 应用信息科学的理论、方法和技术，管 理、分析和利用生物分子数据。Biocomputing 生物计算 本书中特指用计算机技术分析和处理生 物分子数据。Basic Local Alignment Search Tool ( Blast) 基本的局部比对搜索工具（ Blast ） 一种常用的序列数据库搜索工具。 blotting and hybridization 印迹和杂交 将分子（通常是核酸分子）从 凝胶转移到膜上，接着用绑定有特定感兴趣的分子的标记探针进行洗脱的过程。 bootstrap test 自举检验 对 置信程度进行量化的检验。branch and bound method 分

4、支约束法 一种空间搜索方法，通过约束条件减少搜索空间，提高搜索效率。 branches 分支 在 系统发生树中，通过分支连接两个 节点。 CC ( Cytosine) 胞嘧啶 作为碱基的两种嘧啶中的一种。 CAAT box CAAT 盒 大多数真核启动子具有的一段短序列，其片段模式为 C-A-A-T ， 通常出现在 转录起始位点上游 80 个 核苷酸的地方。许多因子可以与 CAAT盒结合 。 carboxy terminus 羧基端 在多肽链中，含有羧酸基团 ( COOH) 的分子端，对应于基因的 3 - 端。cDNA （ Complementary DNA ） cDNA ( 互补 DNA)

5、通过逆转录酶从 RNA 模板合成的 DNA 。 cDNA library cDNA 文库 从 mRNA 序列中产生的所有 DNA 序列的集合。这种类型的文库只包含编码蛋白质的 DNA （基因）。 central dogma 中心法则 从基因的核酸序列中提取信息并以此合成蛋白质的过程（ DNA ? RNA ? protein ） 。character 特征 在 系统发生树中 ， 具有有限状态数的 特征。 charged amino acid 带电氨基酸 在一定的生物 pH 值下，带有正电或负电 的氨基酸。chromatin 染色质 在真核生物细胞核内部由大量 DNA 以及与此相关的组蛋白组成的近

6、似均匀混合物。chromosome 染色体 在原核生物，包含一个细胞基因组的 DNA分子称为染色体。在真核生物中，与蛋白质复合在一起、包含大量遗传信息的线型DNA分子。 clone 克隆 无性繁殖，如生物体克隆、基因克隆等。cloning 克隆 在类染色体载体中插入特定的 DNA 一段，使得它们可以在活细胞中得以保存并复制。Coding sequence 编码序列 DNA 序列中为蛋白质编码的部分。Codon 密码子 基因编码部分的三核苷酸组合，对应于一 个特定的氨基酸。 Complementary 互补的 （ 1 ）通过氢键连接的核苷酸对（ G 和 C; A 和 T; A 和 U ） ；（

7、2 ）核苷酸链的反向平行对。 Computational Molecular Biology 计算分子生物学 主要研究分子生物学数据的分析方法，开发分析工具。conformation 构象 蛋白质的空间构象。consensus sequence 一致序列 在两个或多个同源序列的每一个位置上多 数出现的核苷酸或氨基酸组成的序列conserved sequence 保守序列 在进化过程中基本保持不变的核酸与蛋白质序列，它们往往与特定的功能相对应。Contig 连续交叠群 基因组测序过程中将许多短的序列片段链 接成很长的连续片段。convergent evolution 趋同进化 指相似基因型或表型

8、性状的独立进化。例如 ， 眼睛在各种生物体 （ 如哺乳动物、软体动物以及昆虫 ） 中独立进化 ， 结构各异。core fold 核心折叠 构成蛋白质空间形状的基本模式。CpG island CpG 岛 在 哺乳类动物基因组中的一个 500bp 到 3000bp 的区域 ， 该区域中的二核苷酸 CpG 的含量比其他区域的正常水平要高。通常，与此相关的是真核生物管家基因的启动子区域。 crystal 晶体 由分子的规则排列组成的固体结构。Ddegeneracy 简并性 指某些氨基酸可以被一个以上的三联密 码子编码的特性。 denatured protein 变性蛋白质 指蛋白质因为受热作用或者去污

9、剂或尿素等化学作用而失去了正常的三级结构和四级结构的结果。 deoxyribonucleic acid (DNA) 脱氧核糖核酸 （ DNA ） 由相连的核苷酸组成的双链生物二聚体 ， 其核苷酸含有脱氧糖基。DNA 是遗传的分子基础。 dipeptide 二肽 由一个肽键连成的两个氨基酸。 disulfide bond 二硫键 二硫键是蛋白质中两个半胱氨酸侧链之 间形成的化学键 。DNA DNA 参见 脱氧核糖核酸。 domain 域（结构域） 指蛋白质结构中相对独立的、具有特定 功能的空间区域。 dot plot 点阵图 对两条序列进行图形化比较的方法。图形中的一系列的斜线对应于序列相似的区

10、域。 dynamic programming 动态规划 一种可以有效地探求一定复杂问题的各种可能的解决方案的程序；它将一个问题合理分解成一些小的子问题，然后利用部分计算解得到最终答案。 Eenhancer 增强子 可以与真核转录因子特异性结合的 DNA 序列片段。增强子序列可以在任何一个方向上起到逐渐增加转录水平的作用。enzyme 酶 一种生物催化剂（通常是 蛋白质），能通过降低活化能使特定的化学反应可以更快地进行。EST （ Expressed sequence tags ） EST 表达序列标签 从 cDNA 的 5 或 3 端获取的短的 DNA 片段。 euchromatin 常染色质

11、 指真核生物中组蛋白高度甲基化（ 乙酰 化？）并且 DNA 低度甲基化的开放染色质。exhaustive search 穷举搜索 对问题所有可能的解进行评估。exon 外显子 一个 hnRNA 分子的各个部分，它们被剪接后连在一起形成 mRNA 。 expression profile 表达谱 基因在不同时空的表达模式。 Ffamily 家族 在整个长度范围内有多于 50 的氨基酸序列相同的蛋白质称为一个家族。 fold 折叠 通常和术语“结构模体”有近似的含义，但是特别暗示在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域。fourfold degenerate site 四重简并位点 指那些改

12、变一个核苷酸为任何其它三个中的一个都对核糖体将氨基酸插入到蛋白质没有影响的密码子位点。GG （ Guanine ） G （ 鸟嘌呤） 两种嘌呤中的一种。gap penalty 空位罚分 为了减少序列比对中出现的空位，对空位 进行减分的操作。gaps 空位 在两个具有共同祖先序列的比对中，为了反映插入或删除所引入的一个或一些破折号。GC content GC 含量 在 DNA 序列中，核苷酸 G 、 C 的组成 相对于 A 、 T 的比例 。gel electrophoresis 凝胶电泳 指在电场的作用下，使带电分子穿过聚丙烯酰胺、淀粉或者琼脂糖凝胶，从而根据其大小和带电性进行分离的过程。ge

13、ne 基因 DNA 或 RNA 中，代表特定功能的某一段核苷酸序列；一种遗传的功能单元，它控制着一个或多个性状的传递和表达。gene content 基因内容 一个基因组所包含的所有基因称为该基因 组的基因内容。gene expression 基因表达 利用存储在 DNA 中的信息来合成 RNA 分子，进而生成相应蛋白质的过程。gene identification 基因识别 利用各种方法识别基因组中的基因序列。gene ontology 基因本体论 关于基因和蛋白质知识的标准词汇，是今后实现各种与基因相关数据的统一、进行数据转换、开展数据挖掘的基础。gene order 基因次序 基因在染色

14、体上的排列顺序。gene tree 基因树 基于同源基因分析得到的系统发生树。genetic map 遗传图谱 以具有多态性的遗传标记为“路标”，以遗传学距离为图距的基因组图谱。genome 基因组 一个生物体全部遗传物质的总和。genomics 基因组学 研究基因组序列，研究序列与功能的关系， 研究基因组中所包含的遗传信息。genomic library 基因文库 包含有基因组 DNA 插入的克隆片段集合。genotype 基因型 一个个体或群体全部或部分的基因组成。global alignment 全局比对 在全局范围内对两条序列进行比对打分的 方法。GU-AG rule GU AG 规则

15、 这是一条与真核生物蛋白质编码基因相关的规则，说的是 RNA 内含子序列 5 端 的起始两个核苷酸总是 5-GU-3 ，并且其 3 端 的最后两个核苷酸总是 5-AG-3 。Hhairpin turn 发夹环 在 RNA 链中自身反转允许形成分子内 碱基配对的位置。Hash table Hash 表 一种数据结构，可以存储多个数值；不像矩阵要用整型索引获取存在其中的数， hash 表可以用任何类型的值（包括字符串）作为索引。Hidden Markov Models (HMM) 隐马尔柯夫模型（ HMM ） 在序列分析中常用的一种数学模型。 heterochromatin 异染色质 指转录停滞、

16、紧密包裹着的染色质 ； 和高度 DNA 甲基化以及低度的组蛋白乙酰化有关。heuristic methods 启发式方法 反复试验 ， 利用经验解决问题的一 种方法。homologs 同源 序列 具有公共祖先的序列。horizontal gene transfer 基因水平转移 基因从一个物种传递到另一个物种的过程。虽然病原体和转座子通常被疑似为导致它的原因，但是基因这种运动的机制仍然未知。Human Genome Project, HGP 人类基因组计划 通过全球合作，绘制人类基因组的全部序列图谱。 housekeeping gene 管家基因 发育过程中在任何时间、在任何器官 都高度表达的基因。H-P (hydrophobic-polar) model H-P （疏水极性）模型 以固定半径的单个原子表示蛋白质中的一个氨基酸残基的简单网格模型。hydrogen bonding 氢键 由于极性共价键的作用，使得电荷作用发生轻微分离而形成的分子相互作用。hyd