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1、如何用 ncbi 设计引物1.打开 ncbi 主页,在选项栏选择 gene,输入要搜索的基因名字,如果有 ID 号,可以直接搜索 ID。2.在结果页找到 genebank,获得目的基因序列3.目的基因序列1. 获得目的基因序列之后,可以选择最简单粗暴的方法复制粘贴到 seqbuilder,或者从ncbi 导出文件,如图,右上角有个 send,点开可以选择输出文件。一般选择 FASTA 格式。如果想直接用 ncbi 在线设计引物的,可以选择 pick premiers ,想要验证特异性的点击run blast 接着继续说设计引物,跳转到引物设计页面之后,模板就已经输入好了,我们只需要调整一下引物
2、的参数,如果产物长度啊,引物 Tm 值之类的在页面最下方还有一个 advanced parameters,点开会有更详细的引物参数可以修改,一般默认的就够用啦,不太需要改变 参数选好之后,最后就可以点击 get premier 得到引物结果。Detail reports 有每一条引物的详细数据。虽说 premier blast 使用很方便,但是引物的可选择性太少,所以大部分人都是手动或者软件设计,最后再用 blast 验证特异性。如何验证特异性?1. 打开 ncbi 主页,点击 blast2. 输入要验证的序列,选择合适的数据库,选择要验证的基因组,点击 blast,结果就出来啦。结果页首先是序列的基本信息,后面会有详细图谱, 每个同源序列的信息也会列出来 基本就是这样子了,设计引物就是一个不停筛选的过程。