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1、Linux 初级入门应用Linux 系统操作与 Windows 系统操作方式不一样,与早期的 Dos 系统相似,需要通过 command 来操作,虽然说现在有了 x windows 系统可以通过鼠标来操作 Linux 系统,但要使用 Linux 系统还是需要学会 command。第一步,记住一些常用的 command。ssh mu01 远程登录 mu01 服务器ctrl 按两次 +1+Enter / ctrl 两次+2+Enter/进入 mu01 服务器 / 进入 mu02exit 离开当前服务器clear/ screen清除屏幕上的所有内容ctrl+z 或者 c结束当前指令,回到当前目录mk
2、dir xxx 建立 xxx 文件夹touch xxx.txt建立 xxx.txt 文件rm xxx.xxx 删除文件 xxx.xxx rmdir 删除空文件夹rm -rf删除非空文件夹ls 列出本文件夹下的所有文件和子文件夹ls -l显示文件和目录的详细资料(这条命令在写 script 中非常常见)ls la显示所有文件(包括隐藏文件)和目录的详细资料cd xxxx 进入 xxxx 子文件夹(若直接输入 cd,则表示回到根目录下)cd . 返回上层文件夹start x当计算机在 Linux 系统时来启动 x windows 系统pwd显示当前的绝对路径wc l xxx.xxx计算文件行数gr
3、ep 查询文件中的特殊表达例如 grep Normalxxx.xxx查询 xxx.xxx 文件里的 Normal 字符并把有此字符的一行显示到屏幕上cat xxx.xxx查询 xxx.xxx 里的所有内容more xxx.xxx查询 xxx.xxx 的内容,并且一次显示一屏。find xxx搜索文件 xxx,并且把 xxx 文件中的所有文件中的子文件都输出到屏幕上qsub xxx递交 xxx 作业到服务器上qstat查看当前服务器上有哪些作业showq查看当前服务器上的作业详情vi xxx.xxx 建立新文件 xxx.xxx, 或者查询文件 xxx.xxx,vi 以下的命令:i 进入修改状态E
4、SC 退出修改状态:wq 保存退出:q! 不保存退出:set nu 显示行号/某个字符串 查找某个字符串gedit打开文件,可以编辑 top 打开任务管理器top 下的命令:先按 u 再输入高斯用户名再回车:查看高斯所属的进程先按 u 再输入超级用户名再回车: 查看系统所属的进程先按 u 再输入空格再回车: 查看全部进程直接按 q: 退出任务管理器先按 k 再输某个进程对应的 pid,然后输入 yes: 强制结束某个进程module load g09调用 g09 模块(运行高斯前需输入此命令)nohup g09 xxx.gjf xxx.log & 运行高斯文件 xxx.gjf 进行后台计算fo
5、rmchk xxx.chk xxx.fchk 用 xxx.chk 文件生成 xxx.fchk 文件(ps:使用 formchk 命令是时需要调用高斯模块“module load g09”)tail f xxx.xxx在屏幕上显示 xxx.xxx 文件的最后十行tail n xxx.xxx在屏幕上静态显示文件的倒数 n 行head n *.com显示文件*.com 的前 n 行chmod +x energy.sh使 energy.sh 脚本变得可以执行,chmod 命令在计算机执行作业时使用较多./xxx.sh执行脚本 xxx.shcp a b当前文件夹下把名称为 a 的文件复制为名称为 b 的
6、文件cp /home/wang/jobs/ /home/wang/mk把文件夹 jobs 里的 文件复制到 mk 文件夹里scp xxx.xxx nod:/aaa/bbb/ccc 将 xxx.xxx 这个文件复制到 nod 下的/aaa/bbb/ccc 文件夹下例如 1: scp a mu02:/home/jobs/bbb,将 a 文件复制到 mu02 服务器的/home/jobs/bbb 文件夹下scp nod:/aaa/bbb/xxx.xxx /home/wang/jobs把 nod 节点账户下的 xxx.xxx 复制到 home/wang/jobs 文件夹下(假如是复制到打开终端的文件
7、夹下,也就是当前文件夹,则不需要路径,直接用一个点代替就可)scp -r xxx nod:/aaa/bbb将 xxx 这个文件夹复制到 nod 下的/aaa/bbb/文件夹下例如:scp r charge wangmu02:/home/wang/jobsprintenv显示环境变量uname a查看机器的型号,位数date查看系统时间和系统日期date -s 15:12:07把系统时间改为 15:12:07date -s 101010把系统日期改为 2010 年 10 月 10 日(这是公历,不是农历 )history显示出以前所用过的命令,输出在屏幕上cubman 使用高斯的 cubman
8、命令cubegen 使用高斯的 cubegen 命令ps 某个进程的进程号查看某个进程的状态ifconfig 查询电脑 IP 地址passwd 账户改密码su 账户名转换到当前账户du -sh查询该文件夹大小env列出全部环境变量关于解压解压 FileName.tar tar xvf FileName.tar解压 FileName.gz解压 1:gunzip FileName.gz解压 2:gzip -d FileName.gz解压 FileName.tar.gz 和 .tgztar zxvf FileName.tar.gz解压 FileName.bz2解压 1:bzip2 -d FileNa
9、me.bz2解压 2:bunzip2 FileName.bz2解压 FileName.tar.bz2tar jxvf FileName.tar.bz2解压 FileName.bz解压 1:bzip2 -d FileName.bz解压 2:bunzip2 FileName.bz解压 FileName.tar.bztar jxvf FileName.tar.bz解压 FileName.Zuncompress FileName.Z解压 FileName.tar.Ztar Zxvf FileName.tar.Z解压 FileName.zipunzip FileName.zip解压 FileName.r
10、arrar x FileName.rar以上为较为常用的命令,linux 还有许多其他的命令,可以根据自己的需要去学习,另外 sed 与 awk 两个命令功能较为强大,可以自己上网搜寻两者用法。第二步,熟悉这些命令,自己可以到 linux 计算机上试试这些命令,然后对 linux 系统操作达到一定的了解。递交 g09 作业的方法:一,使用脚本,把作业递交到机器上,排队计算。这个方法适用于批量计算,比较省事,不用守在机器前。这里以高斯计算为例:chmod +x *.gjf/*.comdos2unix *.gjf/*.comqsub xxxx.sh(脚本)二、直接运算。此方法的优点是不用排队,假如
11、机器上排队的作业在运算,也可以立即进行运算。缺点是不能关闭终端,直到任务结束,适用于小分子,计算量小的作业。例如,我们要用高斯进行计算,可以先调用高斯模块,然后输入命令直接计算。module load g09g09 xxx.gjf/.com三、运用脚本直接运算,如果作业量不大,但是数量较多,一个个敲命令比较麻烦,这个时候可以写脚本,优点是既可以快速得出结果,又可以省掉很多麻烦。缺点是不能关掉终端。同样以高斯计算为例:module load g09for i in *.gjfdog09 $idone四、运用脚本后台运算,此方法很好,简便,而且不用时刻开着终端,省事。高斯为 example:mod
12、ule load g09for i in *.gjfdonohup g09 $idone&(貌似有待考证 ,此方法最后验证跟上一种方法比没什么很大的优势,唯一的优势在于可以在同一终端上进行其他的操作)递交 nwchem 作业(nwchem 的缺点,每次运行只能调动一个核)一、直接递交一个作业module load nwchemnwchem xxx.nw xxx.out二、递交脚本批量运算chmod +x aaa.shdos2unix aaa.shqsub aaa.sh三、多核并行运算(此方法克服了 nwchem 单核运算的缺点)用此方法需要先编译好的可以多核并行的 nwchem,或者自己编译过
13、程中设置 openmpi这里介绍已经编译好的多核并行 nwchem 怎样使用。1、在你的用户主目录下建立目录 chemsoft2、把下载得到的 nwchem6.0_x86_64.tar.gz 解压缩到这个 chemsoft 下:tar zxvf nwchem6.0_x86_64.tar.gz3、进入目录 nwchem/tests/,执行单 cpu 命令:/home/wang/chemsoft/nwchem/bin/runnwchem.sh xxx.nw xxx.out输出正常则单机运行成功。再执行并行命令:/home/wang/chemsoft/nwchem/bin/runnwchem.sh
14、xxx.nw 4 xxx.out输出正常代表用 4 核并行成功例:四、也可以单个进行后台(循环后台递交作业暂时还不知道方法)与高斯方法一样可以使用 nohup command &,但是这个有点不同。使用多核后台时需这样:nohup /home/wang/chemsoft/nwchem/bin/runnwchem.sh xxx.nw 4 xxx.out &完成以后回车,然后在按任意键返回,这时候不要急着关掉终端,而是在命令窗口输入exit再回车,关掉终端即可。linux 系统处理文件时,可以写一些脚本来处理批量文件,非常方便。这里我们主要用的是 shell 脚本,shell script 可以用来写输入文件,任务监控和输出文件的结果处理,能节约我们很多时间,这里来看看一些简单的shell script 怎么编译。一、语法的基本介绍1、开头脚本 xxx.sh 开头第一行#!/bin/sh符号#!用来告诉系统它后面的参数是用来执行该文件的程序,我们机器上一般使用/bin/sh 来执行程序。2、注释在进行 shell 编程时,用# 开头的句子表示注释,直到这一行结束。在编写脚本时建议使用注释,可以起到说明,提示的作用