《linux初级入门应用》由会员分享，可在线阅读，更多相关《linux初级入门应用（16页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、Linux 初级入门应用Linux 系统操作与 Windows 系统操作方式不一样，与早期的 Dos 系统相似，需要通过 command 来操作，虽然说现在有了 x windows 系统可以通过鼠标来操作 Linux 系统，但要使用 Linux 系统还是需要学会 command。第一步，记住一些常用的 command。ssh mu01 远程登录 mu01 服务器ctrl 按两次 +1+Enter / ctrl 两次+2+Enter/进入 mu01 服务器 / 进入 mu02exit 离开当前服务器clear/ screen清除屏幕上的所有内容ctrl+z 或者 c结束当前指令，回到当前目录mk
2、dir xxx 建立 xxx 文件夹touch xxx.txt建立 xxx.txt 文件rm xxx.xxx 删除文件 xxx.xxx rmdir 删除空文件夹rm -rf删除非空文件夹ls 列出本文件夹下的所有文件和子文件夹ls -l显示文件和目录的详细资料（这条命令在写 script 中非常常见）ls la显示所有文件（包括隐藏文件）和目录的详细资料cd xxxx 进入 xxxx 子文件夹（若直接输入 cd，则表示回到根目录下）cd . 返回上层文件夹start x当计算机在 Linux 系统时来启动 x windows 系统pwd显示当前的绝对路径wc l xxx.xxx计算文件行数gr
3、ep 查询文件中的特殊表达例如 grep Normalxxx.xxx查询 xxx.xxx 文件里的 Normal 字符并把有此字符的一行显示到屏幕上cat xxx.xxx查询 xxx.xxx 里的所有内容more xxx.xxx查询 xxx.xxx 的内容，并且一次显示一屏。find xxx搜索文件 xxx,并且把 xxx 文件中的所有文件中的子文件都输出到屏幕上qsub xxx递交 xxx 作业到服务器上qstat查看当前服务器上有哪些作业showq查看当前服务器上的作业详情vi xxx.xxx 建立新文件 xxx.xxx, 或者查询文件 xxx.xxx，vi 以下的命令：i 进入修改状态E
4、SC 退出修改状态:wq 保存退出:q! 不保存退出:set nu 显示行号/某个字符串 查找某个字符串gedit打开文件,可以编辑 top 打开任务管理器top 下的命令：先按 u 再输入高斯用户名再回车：查看高斯所属的进程先按 u 再输入超级用户名再回车： 查看系统所属的进程先按 u 再输入空格再回车： 查看全部进程直接按 q： 退出任务管理器先按 k 再输某个进程对应的 pid，然后输入 yes： 强制结束某个进程module load g09调用 g09 模块（运行高斯前需输入此命令）nohup g09 xxx.gjf xxx.log & 运行高斯文件 xxx.gjf 进行后台计算fo
5、rmchk xxx.chk xxx.fchk 用 xxx.chk 文件生成 xxx.fchk 文件（ps:使用 formchk 命令是时需要调用高斯模块“module load g09”）tail f xxx.xxx在屏幕上显示 xxx.xxx 文件的最后十行tail n xxx.xxx在屏幕上静态显示文件的倒数 n 行head n *.com显示文件*.com 的前 n 行chmod +x energy.sh使 energy.sh 脚本变得可以执行，chmod 命令在计算机执行作业时使用较多./xxx.sh执行脚本 xxx.shcp a b当前文件夹下把名称为 a 的文件复制为名称为 b 的
6、文件cp /home/wang/jobs/ /home/wang/mk把文件夹 jobs 里的 文件复制到 mk 文件夹里scp xxx.xxx nod:/aaa/bbb/ccc 将 xxx.xxx 这个文件复制到 nod 下的/aaa/bbb/ccc 文件夹下例如 1： scp a mu02:/home/jobs/bbb,将 a 文件复制到 mu02 服务器的/home/jobs/bbb 文件夹下scp nod:/aaa/bbb/xxx.xxx /home/wang/jobs把 nod 节点账户下的 xxx.xxx 复制到 home/wang/jobs 文件夹下（假如是复制到打开终端的文件
7、夹下，也就是当前文件夹，则不需要路径，直接用一个点代替就可）scp -r xxx nod:/aaa/bbb将 xxx 这个文件夹复制到 nod 下的/aaa/bbb/文件夹下例如：scp r charge wangmu02:/home/wang/jobsprintenv显示环境变量uname a查看机器的型号，位数date查看系统时间和系统日期date -s 15:12:07把系统时间改为 15:12:07date -s 101010把系统日期改为 2010 年 10 月 10 日（这是公历，不是农历 ）history显示出以前所用过的命令，输出在屏幕上cubman 使用高斯的 cubman
8、命令cubegen 使用高斯的 cubegen 命令ps 某个进程的进程号查看某个进程的状态ifconfig 查询电脑 IP 地址passwd 账户改密码su 账户名转换到当前账户du -sh查询该文件夹大小env列出全部环境变量关于解压解压 FileName.tar tar xvf FileName.tar解压 FileName.gz解压 1：gunzip FileName.gz解压 2：gzip -d FileName.gz解压 FileName.tar.gz 和 .tgztar zxvf FileName.tar.gz解压 FileName.bz2解压 1：bzip2 -d FileNa
9、me.bz2解压 2：bunzip2 FileName.bz2解压 FileName.tar.bz2tar jxvf FileName.tar.bz2解压 FileName.bz解压 1：bzip2 -d FileName.bz解压 2：bunzip2 FileName.bz解压 FileName.tar.bztar jxvf FileName.tar.bz解压 FileName.Zuncompress FileName.Z解压 FileName.tar.Ztar Zxvf FileName.tar.Z解压 FileName.zipunzip FileName.zip解压 FileName.r
10、arrar x FileName.rar以上为较为常用的命令，linux 还有许多其他的命令，可以根据自己的需要去学习，另外 sed 与 awk 两个命令功能较为强大，可以自己上网搜寻两者用法。第二步，熟悉这些命令，自己可以到 linux 计算机上试试这些命令，然后对 linux 系统操作达到一定的了解。递交 g09 作业的方法：一，使用脚本，把作业递交到机器上，排队计算。这个方法适用于批量计算，比较省事，不用守在机器前。这里以高斯计算为例：chmod +x *.gjf/*.comdos2unix *.gjf/*.comqsub xxxx.sh(脚本)二、直接运算。此方法的优点是不用排队，假如
11、机器上排队的作业在运算，也可以立即进行运算。缺点是不能关闭终端，直到任务结束，适用于小分子，计算量小的作业。例如，我们要用高斯进行计算，可以先调用高斯模块，然后输入命令直接计算。module load g09g09 xxx.gjf/.com三、运用脚本直接运算，如果作业量不大，但是数量较多，一个个敲命令比较麻烦，这个时候可以写脚本，优点是既可以快速得出结果，又可以省掉很多麻烦。缺点是不能关掉终端。同样以高斯计算为例：module load g09for i in *.gjfdog09 $idone四、运用脚本后台运算，此方法很好，简便，而且不用时刻开着终端，省事。高斯为 example：mod
12、ule load g09for i in *.gjfdonohup g09 $idone&(貌似有待考证 ,此方法最后验证跟上一种方法比没什么很大的优势，唯一的优势在于可以在同一终端上进行其他的操作)递交 nwchem 作业（nwchem 的缺点，每次运行只能调动一个核）一、直接递交一个作业module load nwchemnwchem xxx.nw xxx.out二、递交脚本批量运算chmod +x aaa.shdos2unix aaa.shqsub aaa.sh三、多核并行运算（此方法克服了 nwchem 单核运算的缺点）用此方法需要先编译好的可以多核并行的 nwchem,或者自己编译过
13、程中设置 openmpi这里介绍已经编译好的多核并行 nwchem 怎样使用。1、在你的用户主目录下建立目录 chemsoft2、把下载得到的 nwchem6.0_x86_64.tar.gz 解压缩到这个 chemsoft 下：tar zxvf nwchem6.0_x86_64.tar.gz3、进入目录 nwchem/tests/，执行单 cpu 命令：/home/wang/chemsoft/nwchem/bin/runnwchem.sh xxx.nw xxx.out输出正常则单机运行成功。再执行并行命令：/home/wang/chemsoft/nwchem/bin/runnwchem.sh
14、xxx.nw 4 xxx.out输出正常代表用 4 核并行成功例：四、也可以单个进行后台（循环后台递交作业暂时还不知道方法）与高斯方法一样可以使用 nohup command &,但是这个有点不同。使用多核后台时需这样：nohup /home/wang/chemsoft/nwchem/bin/runnwchem.sh xxx.nw 4 xxx.out &完成以后回车，然后在按任意键返回，这时候不要急着关掉终端，而是在命令窗口输入exit再回车，关掉终端即可。linux 系统处理文件时，可以写一些脚本来处理批量文件，非常方便。这里我们主要用的是 shell 脚本，shell script 可以用来写输入文件，任务监控和输出文件的结果处理，能节约我们很多时间，这里来看看一些简单的shell script 怎么编译。一、语法的基本介绍1、开头脚本 xxx.sh 开头第一行#!/bin/sh符号#!用来告诉系统它后面的参数是用来执行该文件的程序，我们机器上一般使用/bin/sh 来执行程序。2、注释在进行 shell 编程时，用# 开头的句子表示注释，直到这一行结束。在编写脚本时建议使用注释，可以起到说明，提示的作用
