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1、综合数据库 INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank） 。由日本的DDBJ、欧洲的 EMBL 和美国的 GenBank 三家各自建立和共同维护。 EMBL 库，欧洲分子生物学实验室的 DNA 和 RNA 序列库。 http:/www.ebi.ac.uk/embl.html GenBank ，美国国家生物技术信息中心 （NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的 DNA 序列的总数据库。http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/ DNA Databank of Japan (DDBJ)
2、 ，日本核酸数据库。 http:/www.ddbj.nig.ac.jp/ GSDB 是由美国国家基因组资源中心（NCGR ）维护的 DNA 序列关系数据库（Genome Sequence DataBase） 。 http:/www.ncgr.org/gsdb/ TIGR DATAbase,是世界上最大的 cDNA 数据库，还有大量的 EST 序列和人类基因索引（HGI） 。 http:/www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html DNA 序列数据库包括与 DNA 的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。BioSino 是中国自主开发的核酸序列公共数据库。http:
3、/www.biosino.org/ CUTG,MM 子使用频度表。http:/www.dna.affrc.go.jp/nakamura/CUTG.html http:/www.kazusa.or.jp/codon/ http:/www.dna.affrc.go.jp/nakamura/CUTG.html EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database） 。http:/www.epd.isb-sib.ch/ TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。http:/transfac.gbf.de/TRANSFAC TRRD.真核生物基因组转录调控区数
4、据库。http:/www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ OOTFD,转录因子和基因表达数据库。http:/www.ifti.org/ RepBase,真核生物 DNA 中重复序列数据库。http:/www.girinst.org/server/repbase.html MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。http:/nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html ALU 数据库是人及其他灵长类代表性的 Alu 重复片段。http:/ncbi.nlm.nih.gov(/pu
5、b/jmc/alu/) Simple Repeats,简单重复序列库。http:/ncbi.nlm.nih.gov COMPEL,复合元件数据库。ftp:/ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/) MPDB,分子探针数据库。http:/www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html HvrBase,灵长类 mtDNA 调控区序列库，主要是人的 HVI 和 HVII 两个高变异区的序列。http:/monolith.eva.mpg.de/hvrbase/ PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据
6、库。http:/sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/ PLACE 是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件 DNA 模体的数据库,只涉及维管植物。http:/www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/ ftp:/ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)Mendel 数据库, 搜集植物 STS 和 EST 序列。 http:/jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/ HOX Pro 同源异型盒(homeobox)基因数据库。http:/spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox
7、-pro00.html OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database)。http:/www.cme.msu.edu/OPD/ dbSTS,序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库。http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/ ftp:/ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS) dbEST.这是 GenBank 的重要组成部分 ,它包含若干物种的已表达的序列标记信息. http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ ftp:/ncbi.nlm.nih.gov
8、(/repository/dbEST) AmmtDB,后生动物线粒体 DNA 多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA 的多 DNA 序列对比数据 ,以及哺乳动物 mtDNA 主调控区序列联配数据 . r.it:8000/BioWWW/#AMMTDB target=_r.it:8000/BioWWW/#AMMTDBhttp:/bio-r.it:8000/BioWWW/#AMMTDB/url HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库 (HOmologous VERtebrate GENes)。http:/acnuc.univ-lyon1.fr/ ftp:/ftp.infobi
9、ogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen) DNA 结构参数库. ftp:/transfac.gbf.de(/pub/structure_library) NUCLEOSOME 数据库, 收集实验测定的核小体数据,用于预测 DNA 中与组蛋白八聚体结合的位点. ftp:/ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/ SELEX_DB,随机化序列库 . http:/www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/ ASDB,交替剪接基因的数据库. http:/hattrick.lbl.gov:8888
10、/ Intronerator, 秀丽线虫内含子和交替剪接数据库。http:/www.cse.ucse.edu/kent/intronerator/ IDB 和 IEDB 前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库。http:/numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html EID,外显子、内含子数据库。http:/mcb.havard.edu/gilbert/EID/ ExInt,外显子、内含子数据库。http:/intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html NDB,核酸晶体结构数据库。ftp:/ndbserver.rutger
11、s.edu/ http:/dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html VectorDB,载体数据库。http:/ Vector 和 Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息。ftp:/ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig) ftp:/ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector) RNA 序列和核糖体数据库:1993 年成立的 RNA 学会，在出版 RNA 刊物同时，还维护着两个信息网页：http:/www.pitt.edu/rna1/ http:/www.cup.org/Jour
12、nals/JNLSCAT/rRNA/rna.html snoRNA,小核仁 RNA 数据库。http:/www.bio.umass.edu/biochem . noRNA-DataBase.html Small RNA 数据库。http:/mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html RNAse P 数据库，包含 RNA 水解酶 P 的 RNA 亚基序列、联配、二级结构和三维模型。http:/jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html tmRNA 网点。包含 tmRNA 序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新 tmRNA
13、的导引，以及简要综述等。http:/www.indiana.edu/tmrna/ tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的 tmRNA 序列数据。http:/psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html gRNA,导引 RNA 数据库。http:/www.biochem.mpg.de/goeringe/ SRPDB, 信号识别粒子数据库。http:/psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html TransTerm,信使 RNA 的组分和翻译控制信号数据库。http:/biochem.otago.ac.nz/Transte
14、rm/ l 类病毒和类病毒样 RNA 数据库。http:/www.callisto.si.usherb.ca/jpperra/ UTRdb 和 UTRsite。UTRdb 是真核生物 mRNA 的 5端和 3端非翻译区序列的非冗余数据库，UTRsite 搜集这些非翻译区序列中的功能片段。http:/r.it:8000/EmbIT/UTRHome/ ncRNA,似 mRNA 的非编码 RNA 数据库。http:/www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html RNAmods,RNA 修饰数据库。http:/www-medlib.med.utah.edu/RNA
15、mods/RNAmods.html ftp:/medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods) AARSDB,酰氨基 tRNA 合成酶数据库。http:/rose.man.poznan.pl/aars/index.html tRNA 序列和基因、结构与功能数据库。http:/www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/ PLMItRNA 基于 FastA 的绿色植物线粒体 tRNA 分子和 tRNA 基因的数据库。r.it:8000/srs6/ target=_r.it:8000/srs6/http:/bio-r.it:8000/srs6/url http:/www.ebi.ac.uk/services/ 16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB 、 23S-likeMDBexp 数据库，是一批 16S和 23S 核糖体 RNA 突变数据库。http:/www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html ftp:/acad.fandm.edu(/nar
