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1、一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便 protocol 的管理功能强大，商业版正式版：6900 美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics 公司的产品，该公司的 gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信 arraypro 也不会差。 phoretix Array Nonlinear Dynamics 公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威 Bergen 大学编写，是一个用 JAVA 语言写的应用程序，界
2、面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装 JAVA 运行环境 JRE1.2 后(5.1M)后，才能运行。 2、 基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、 基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EX
3、CEL 软件的插件，由 Stanford 大学编制。 4基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示 Cluster 软件分析的图形化结果。现已和 Cluster 成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于 JAVA 语言的系统树生成软件，接收 Cluster 生成的数据，比 Treeview 增强了某些功能。 5基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA 微矩阵（microarray）软件，批量设计 DNA 和寡核苷酸引物工具 二、RNA 二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理
4、，将 Zuker 的根据 RNA一级序列预测 RNA 二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由 Turner 实验室获得。提供了一些模块以扩展 Zuker 算法的能力，使之为一个界面友好的 RNA 折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw 中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。RNA 文库（RNA Library）用一种容易操作的方式来组织你所有的 RNA 数据文件。 基本配置：Windows
5、95,Windows98 或 WindowsNT。Pentium以上芯片，32 兆内存。 RNAdraw 是一个进行 RNA 二级结构计算的软件。 1. 它 是 Windows下的多文档窗口 (multipledocument interface) 软件，允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。2. RNAdraw 中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。3. RNA文库（RNA Library）用一种容易操作的方式来组织你所有的 R
6、NA 数据文件。 loopDloop 2.07b Java 语言写成的绘制 RNA 二级结构的软件，需要安装 JAVA 虚拟机。 Circles 0.1.0 Java 语言写成的绘制 RNA 二级结构的软件，需要安装 JAVA 虚拟机。 三、序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理（增加、修改、查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定（数据）-分析-结果（显示、保存和入库）三步完成。
7、在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和实验方法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、加以注释，输出高质量的图像。Vector NTI Suite 还有以下独立的分析程序，完成相关分析。这些独立的程序，可以通过选定-分析- 结果三步调用。 l 3DMol显示 PDB 格式分子的三维结构 l Align X序列相似性比较 l Align Xblocks序列局部完全相同比较 l ContigExpress将小片段拼装成长序列 l GCGConverterGCG 格式文件转换成 NTI 的格式 l PubMed/Entrez
8、 Search搜索 PubMed、PDB、GenBank l Back Translation核酸-蛋白-核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor矩阵数据编辑 l Tools Manager连接其他程序和网络连接的界面。分成 Align、Analyze、Assemble、Tools 四部分。 DNAStar5.03 即著名的 Lasergene Suite，由 EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II 七个模块组成，该软件的 MegAlign 模块，可以对多达 64000 的片段进行拼装。整个拼
9、装过程即时显示，并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar 是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件，可见其功能强大。 Omiga 2.0 实际上，大部分对核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0 中都能找到；而且界面非常友好。Omiga 作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。用 Clustal. W 进行同源序列比较，发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化，序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为 RNA 链，以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元（M
10、otif）及开放阅读框（ORF），设计并评估 PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点（Proteolytic Sites）、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示，表格设有多种分类显示形式。利用 Mange 快捷键，用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数，可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从 MacVectorTM、Wisconsin PackageTM 等数据库中输入或输出序列。另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生
11、多肽片段。 DS gene : Omiga 2.0 的换代产品，accelrys 公司 Discovery studio 系列，accelrys 公司的 insight II,GCG 是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件，DS gene 是 GCG 的个人机简版，功能强大，而且可以直接与 GCG 服务器相连。由于受到 vector NTI 的界面影响，DS gene 与 Omiga 2.0 相比界面有了很大的改变。 DNASIS for Windows 2.5 版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97 年推出的一个功能强大的序列分析软件。
12、包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行 DNA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，足可满足一般实验室的要求。在 DOS 时代，DNASIS 7 等版本便是流传甚广并曾给过许多人以帮助的分子生物学软件，因此我们有理由期待 Win 版的 DNASIS 会带给我们惊喜。 DNASIS MAX 1.0 DNASIS 2.5 的更新换代产品。综合序列分析软件，体积比上一个版本一下膨胀了许多。界面风格也改变了很多。 DNATools 5.1 与 Omiga, DNAsis, PCgene 等软件属于同一类的综合性软件,操作简单功能多。DNATools 设计的用户
13、友好、强壮，以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。DNATools 包容性很好，能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时（通过寻找常用序列格式的特征），会显示这个文件的文本形式，以便你编辑生成正确的蛋白质或 DNA 序列，编辑后可以再被载入程序。若你的序列是 DNATools 格式时（DNA 或寡核苷酸序列），程序不加注解的载入序列，程序模式调整成可以接受载入的数据类型（蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一个项目中可以加入几千个序列或引物，并在整个项目中分析这些序列及标题。这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。这样就可以用自定义
14、的标题识别序列，而不必通过它们的文件名。 Bioedit 一个具有序列简单分析和序列对比功能的软件。该软件有一个简单亲切的界面，集成其他已经很有效果的序列比对软件。另外该软件还有很多有用的相关站点连接。虽然该软件看起来结构简单，但却又很强的可充性，可以自由整合许多软件，例如 viewtree. Jellyfish 2.1 只水母不简单，可以用来进行 DNA 翻译，序列排队比较，限制酶消化，提交序列进行 BLAST，研究项目管理等。操作十分简单，只需拖动与点击便可。 Genetools Genebio 公司的核酸序列分析软件，虽然不及 vectNTI 和 DS gene 强大，它具有 repea
15、t /vect find 使其他分析软件所不具有的，值得一提的是该软件具有的 CpG island分析。 DNAMAN 限制酶分析，引物设计，对排（aligment）,翻译，数据库操作，Blast ，序列装配（Sequence assembly）.易学易用，操作方便。 四、限制酶切位点分析： DNAssist2.0 大多软件只对线性序列进行分析，那么 cNNNNNNNNgaatt 环状的序列就找不到 EcoR I 的位点。DNAssist 1.0 能很容易把这个 EcoR I 位点找出来。另外 DNAssist 在输出上非常完美，除了图形、线性显示外，还有类似 DNASIS 的列表方式，列出有
16、的位点（按酶排列，按碱基顺序排列）。 五、质粒绘图： Gene Construction Kit 2.0 这一个非常好的质粒构建软件包。与大多数分析的软件不同，它制作并显示克隆策略中的分子构建过程；包括质粒构建，模拟电泳条带；当然还可以质粒作图（有无序列均可）。通过它绘出来的图还可以继续用来构建克隆策略图谱。只是该软件由于功能太强，使用起来也不简单；幸亏它附有详细的使用帮助，认真研究后，应该没有问题。 Winplas 2.6 该软件用来绘制发表质量的质粒图，可广泛应用与论文、教材的质粒插图。其特性包括：1.知道序列或不知序列结构均能绘制质粒图；2. 可读入各种流行序列格式文件引入序列信息；3. 自动识别限制位点 可构建序列结构，功能包括：从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等；4. 绘图功能强大，功能包括：位点标签说明、
