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1、Comment l1: 在开始里输入 cmd进入其环境中，输入 d冒号回车进入 D盘，再输入 cd空格、路径、回车，例如：cd D:biosoftwareModeltestModeltestbin回车，再运行命令：Modeltest.exemodel.out回车即可生成 model.out文件，其中的命令中的名称要与文件中的名字一致Comment y2: 以下为 paup建树常用的信息，直接拷贝即可。Comment y3: 此行可根据得到的.out中选择的模型下 begain paup中具体进行修改。Comment y4: 以下为 mrbayes建树常用的信息，直接拷贝即可。1、进行model
2、testA, 序列名称中不可以用横线“”可用下划线“ ”，用clustax比对序列并生成.aln 格式的文件；B, 在clustax的下拉菜单中选择save as，将文件另存为.nxs格式的文件，然后将其扩展名改成.nex，用于后面的modeltest 检测；C, 打开.nex文件 ， 将modeltest里的补丁paupblock 拷入此文件的末端，再另存.nex文件；D, 在paup软件中打开修改后的.nex文件（可将paup创建快捷方式到目标文件夹进行分析运算） ，运行，生成model.scores，将该文件拷到modeltest的bin文件夹；E, 在cmd下运行：cd .(路径、回车
3、 )，运行命令：modeltest3.7.win model.out即生成model.out文件 （更改根目录时，如从C盘到D盘，输入d: 回车即到d盘，然后输入路径即可） ；F, 打开model.out文件，寻找合适的模型（model selected: .） ，一般最大似然值（-lnL）越大，参数（k）越少，模型越合适。2、PAUP构建基因树（花费的时间很长，一般先做mrbayes ）A, 在以上生成的model.out文件中找到“最适模型下的begin paup.”信息，将其拷贝到最初的有.aln转换成的.nex 文件的末尾，并加入相应的参数：。 。 。 。 。 ，保存。begin pa
4、up; log file=bootstrapconsensus.log;Lset Nst=2 TRatio=3.3424 Rates=gamma Shape=0.4337 Pinvar=0;HSEARCH ADDSEQ=random;savetrees file=pus_nj_bs.trees format=nex; contree /majrule=yes strict=no le50=yes usetreewts=yes showtree=yes treefile=pus_finalbootstrap.trees treefile=pus_finalbootstrap.trees;log
5、stop;end;B，在paup 中运行 ，即生成该树文件。3、Mrbayes构建基因树A, 在以上生成的model.out文件中找到“最适模型下的begin paup.”信息，将其拷贝到最初的有.aln转换成的.nex 文件的末尾，并加入相应的参数：。 。 。 。 。 ，保存。begin mrbayes;Comment y5: 改数字，得到的.out中选择的模型下 begain paup中具体进行修改。Nst=2,表示两参数模型。其它不必改。Comment y6: Pinvar=0,用 gamma分布，如果非 0，要改。lset nst=2 rates=gamma ; mcmcp ngen=
6、700000 nchains=6 temp=0.2printfreq=200 savebrlens=yes samplefreq=100 burnin=300000;mcmc;sumt burnin=500contype=allcompatshowtreeprobs=yes;end;最后，删除.nex文件上方一行命令：symbols=ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ将其拷贝到Mrbayes 运行程序的文件夹中。B，在Mrbayes 中运行，命令：execute 文件名.nex .即生成.con文件，打开文件，将有树信息的部分内容（tree）另存为.txt文件，然后用tree.view打开即可，也可直接用treeview打开.con文件。概率值小于等于0.01可终止（后验概率0.9的树枝合并，来人工调整）Option to use tree weiedghts in majority-rule consensus requested, but no tree weights are available.
