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1、DNA 合成仪的使用方法亚磷酰胺寡核苷酸合成为例介绍该类仪器的一般操作步骤。亚磷酰胺 DNA 合成的试剂有：保护碱基的5 DMT，A、G、C、T 亚磷酰胺单体，四唑偶联催化剂，乙酐，N 甲基咪唑封闭试剂，三氯乙酸（TCA）脱保护溶液，12氧化混合物，乙腈清洗溶剂，氨水切除溶液。使用步骤如下：1）仔细检查合成仪上所有试剂瓶中的试剂量，必要时换掉试剂瓶，特别注意乙腈的量，因为该溶剂用量较大。2）将标记好的清洁的收集瓶装在合成仪上。3）将要合成的 DNA 序列输入合成仪。4）检查选择的合成步骤是否正确。5）选择结束方法：TritylOffAuto 是仪器的原始状态，若打算以5， DMT 基团连接纯化
2、寡核苷酸，将其转变为 TritylOnAuto 结束状态。6）选择结束方法，一般为系统的原始状态。7）在每个柱监视器的 Username 下，输入你所希望的保存名字。8）以代码代替相应的 DNA 序列标记每一个收集瓶。9）打印出每一个柱设置的详细资料。10）检查打印出来的资料是否正确。11）运行 StartColumn 步骤检查每一个柱的位置，确保合成仪上合成柱处于正确的位置。12）检查连接在合成仪上的溶剂残留（废液瓶）是否充满。13）如果分部收集器用来收集每个 DMT 脱保护步骤的流出物，确保试管充分清洁干净，并打开分部收集器，确保 DMT 废液管路通向分部收集器。 14）启动循环，运行开始程序清洗试剂管路，除去原来的试剂。注意：TritylOnAuto 表示在合成寡核苷酸的5端核苷酸带有一个 DMT，并将其从固相载体上切下来，储存在收集瓶中；TritylOffAuto 表示在合成寡核苷酸的5，端核苷酸没有保护基团，将其从固相载体上切下来，储存在收集瓶中；TritylOnManual 表示合成寡核苷酸的5端核苷酸带有一个 DMT，寡核苷酸没有从固相载体上切下来，而是保留在合成柱中；TritylOffManual 表示在合成寡核苷酸的5，端核苷酸没有保护基团，寡核苷酸没有从固相载体上切下来，而是保留在合成柱中。
